近年来，巴曙松同志有十余篇学术论文获得全国性论文奖励，其中主要包括：1 获得中国发展研究奖(2004年,国务院发展研究中心主办)2 2005年，企业年金的关联交易研究（合著），获得中国保监会主办的第二届年金征文一等奖；3 论文《中国外汇储备管理革新问题研究》获“第九届太平洋盆地国家、地区财政金融会议优秀论文奖”(1997年)；4 论文《转轨经济中的内部人控制与中国金融体制改革》获得中国社会科学院主办的“第二届全国青年优秀社会科学成果优秀论文奖（最高奖）”（1999年）；5 论文《建立基于风险的企业年金监管框架》（合著）获得2006年中国社保论坛征文奖励。6 课题《国际金融危机下系统性金融风险管理》获得第三届管理科学奖“学术奖”
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