毕业论文引用的参考文献属于专利法中的现有技术。即使你将参考文献中的技术方案撰写为专利进行申请，那么这样的专利申请会因为已经参考文献公开而不具有新颖性，而不能被授权。但是如果你在参考文献的基础上做出了较大的改进，将改进后的技术方案进行申请，还是有可能授权的。
可以。论文投稿之后可以申请专利，但是专利申请日应当在论文发表日之前，否则，申请日前公开的论文内容将破坏专利的新颖性、创造性，即使专利发明人和论文作者是同一人。
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