1998年8月由于煤炭部撤消,学院归属地方,主管部门为河南省煤炭厅和河南省教育厅。
2001年5月经河南省人民政府批准,学院易名为“焦作职工医学院”。三十多年来,社会培养了五万余名合格的医学人才。学院开设有专升本、成人专科、普通中专等医学学历教育。是焦作市职业医师实践技能考试基地,也是卫视部职业技能鉴定焦作市考点现有专任教师157人,其中专职教师85人(高级职称22人中级职称43人)
焦作职工医学院2018年开始与新乡医学院联合招收在职研究生(新乡医学院在职研究生焦作职工医学院教学基地),毕业颁发新乡医学院毕业证。