一、指代不同
1、基础研究：指认识自然现象、揭示自然规律，获取新知识、新原理、新方法的研究活动。
2、应用研究：指为获得新知识而进行的创造性的研究，它主要是针对某一特定的实际目的或目标。
二、特点不同
1、基础研究：为了认识现象，获取关于现象和事实的基本原理的知识，而不考虑其直接的应用。
2、应用研究：具有特定的实际目的或应用目标,具体表现为了确定基础研究成果可能的用途，或是为达到预定的目标探索应采取的新方法（原理性）或新途径。
三、准则不同
1、基础研究：没有特定的应用目的或目标主要表现在，在进行研究时对其成果的实际应用前景如何并不很清楚，或者虽然确知其应用前景但并不知道达到应用目标的具体方法和技术途径。
2、应用研究：应用研究在获得知识的过程中具有特定的应用目的。或是发展基础研究成果确定其可能用途，或是为达到具体的、预定的目标确定应采取的新的方法和途径。
基础研究的特点是：
1、以认识现象、发现和开拓新的知识领域为目的,即通过实验分析或理论性研究对事物的物性、结构和各种关系进行分析，加深对客观事物的认识，解释现象的本质，揭示物质运动的规律，或者提出和验证各种设想、理论或定律。
2、没有任何特定的应用或使用目的,在进行研究时对其成果看不出、说不清有什么用处，或虽肯定会有用途但并不确知达到应用目的的技术途径和方法。
3、一般由科学家承担，他们在确定研究专题以及安排工作上有很大程度的自由。
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