如果在知网，笔杆网，万方这些比较大的数据库商的文献库里找不到的话，那就去学校图书馆问图书管理员有没有购买台湾的学术文献，如果有，一般都有包含了学术论文的。这种专业的学术论文，大学图书馆和研究机构的图书馆有的概率更高，一般的市立图书馆是不会有的。还是找不到的话，就只能通过虚拟私人网，也就是外网，进行访问台湾的网络，很多大学的文献资料库是免费提供电子版的，有了外网即使在台湾的网站找不到，也可以去海外的名校网站去找，他们的东亚图书馆一般会购买大量的台湾文献，而且大部分学校也是免费开放电子版的。
不收录的，之前我在知网查找过，没有香港、澳门的期刊，台湾倒是有一个是和大陆合办的刊物（台湾研究）。不过关于港澳台研究的期刊倒是不少，建议你可以去知网进行相关的搜索。
台湾学术论文通常来说比较难查询的
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