ecology发表研究论文

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近日，洛阳师范学院植物多样性保护课题组联合菲沙基因在国际主流期刊 Molecular Ecology Resources （IF=，中科院一区）上发表了题为“ The chromosome-scale genome assembly,annotation and evolution of Rhododendron henanense subsp. lingbaoense ”的研究论文。该研究通过PacBio+Hi-C技术首次构建了我国特有杜鹃种-灵宝杜鹃的高质量参考基因组，随后基于比较基因组分析揭示了灵宝杜鹃与其它杜鹃间的共线性，同时也初步揭示了灵宝杜鹃逆境适应性的分子机制，从而为灵宝杜鹃的种质资源保护与进化研究提供了新见解。

杜鹃花具有较高的观赏、园艺与药用价值，近期也有大量关于杜鹃花属的基因组与转录组研究报道，这些报道对于杜鹃花属基因家族的进化和广泛的表型可塑性研究具有重要意义。但到目前为止，我国特有杜鹃种-灵宝杜鹃的基因组尚未有报道，这限制了对其遗传资源、环境适应性及分子进化的研究，因此构建灵宝杜鹃基因组具有重要理论意义。

材料 ：灵宝杜鹃（ Rhododendron henanense subsp. lingbaoense） 测序策略 ：PacBio（220×）+Hi-C（100×）+Illumina（90×）

通过Survey分析，预估灵宝杜鹃基因组大小为，杂合为。随后研究者利用高深度的PacBio测序和Hi-C辅助组装，构建了高质量的染色体水平灵宝杜鹃基因组，其基因组大小为 ，Contig N50=，Scaffold N50= 。接着，研究者通过多种方法证实了基因组组装的完整性与准确性，三代数据的比对率为，BUSCO评估基因组完整性为97%，二代数据检测基因组单碱基错误率仅为；且与已发表的其它杜鹃属物种相比，本研究组装的基因组完整性和准确性都是最好的。

结合从头注释、同源注释和全长转录组注释，研究者在灵宝杜鹃种鉴定到 31098 个蛋白编码基因，平均每个基因的长度为 bp ，其中的基因都可以得到功能注释。灵宝杜鹃基因组中的序列都是重复序列，其中LTR的含量最高。此外，研究者在灵宝杜鹃中还鉴定到 2251个rRNAs、448个tRNAs、488个snRNAs 以及94个miRNAs。

研究者选取14个近缘物种用于灵宝杜鹃的比较基因组分析，共鉴定到15483个基因家族，其中168个是灵宝杜鹃特有的基因家族。系统进化树分析表明， 杜鹃属内的亲缘关系较为密切 ，其分化时间大致在 ~ 百万年前，而猕猴桃、山茶属与杜鹃属的分化时间大致在百万年前。

共线性分析表明，马缨杜鹃（ Rhododendron delavayi ）、圆叶杜鹃（ Rhododendron williamsianum ）、杜鹃（ Rhododendron simsii ）与灵宝杜鹃间的共线性非常好，且以单染色体与单染色体间的共线性为主，但不同杜鹃的基因组间也存在染色体重排事件。通过WGD分析，检测到杜鹃属和山茶属有一个相似的WGD峰（Ks值在到），结合分子时钟，研究者确定了杜鹃属植物先发生一次WGD事件（百万年前），而后与近缘种山茶属产生了分化。基因扩增收缩分析表明，灵宝杜鹃中有2257个基因家族发生了扩张， 扩张基因显著富集在与对水杨酸的响应、细胞对酸化学的响应、防御反应的调节、应激反应的调节相关的通路中，这证实了灵宝杜鹃对逆境有着极强的抗性；收缩的基因则显著富集在与萜合酶活性、碳氧裂解酶活性和ADP结合相关的通路中。

之前研究表明， MYB的同源基因调控植物发育、花朵颜色和胁迫反应中发挥重要作用 ，研究者随后鉴定了灵宝杜鹃中MYB基因家族的变化。结果表明，灵宝杜鹃中存在110个MYB的同源基因，在13条染色体上都有分布，其MYB基因的数目要小于棉花、油菜等物种，且灵宝杜鹃中部分MYB基因存在串联重复事件。此外，基于MYB基因构建的系统进化树表明，灵宝杜鹃的MYB基因与拟南芥中的MYB基因属于不同的分类。这些结果将有助于后续MYB基因的功能验证工作。

总 结

本研究通过PacBio和Hi-C技术构建了染色体水平的灵宝杜鹃基因组，在此基础上通过与其它杜鹃植物及近缘植物进行比较分析，阐述了灵宝杜鹃的基因组进化、WGD事件、与逆境适应性相关基因的扩张与分类，从而为灵宝杜鹃种质资源保护、新品种选育及遗传进化研究提供了新见解。

衡量一位商人的优劣是看他（她）为社会创造了多少财富，提拔一位军人的职称是看他（她）立了多少战功，而评价一位科研人员的业绩是看他（她）发表了多少论著。虽然现在很多人对用SCI收录期刊文章衡量科研人员的业绩颇有微词，但是鉴于目前的客观现实，我们也必须接受。就如同用高考来考核高中生，我们不能因为制度中存在的某些缺陷而因噎废食，而应积极改善SCI收录期刊文章评价体制中的不利一面，限制其不利一面，不断完善其评价体系。 国际期刊评审要点 前不久，我为一家SCI期刊审了一回稿，从评审人的角度我了解了评审的各个要点，正确理解这些评审要点，在写文章中注意它们，无疑会提高我们科研论文的投稿命中率。 这家国际期刊的评审要点主要体现在以下三个方面:首先是文章的结构，即：研究问题或假设是否用一两句话进行说明，研究重要性是否用一个或两个段落解释清楚，研究方法是否适当，研究结果是否做出了详细的解释，文稿写作是否具有逻辑性，研究工作是否具有实际的科学贡献，引用的论据是否具有说服力。第二方面是文章的技术，即：英文（词汇和语法）的表达是否清晰、简洁和正确，文稿的长度与其贡献是否匹配，摘要部分是否呈现易懂的方法、结果和结论，标题是否与文稿内容一致以及图表是否有用且具有高质量。最后一方面是文章的质量，即：研究的重点是集中在方法或理论还是具体案例？研究问题或假设是否是衍生的理论和文献回顾？如何评价作者的解释和结论的质量？ 这些评审要点都设计了三个答案，评审人只需对照文稿逐一做好这些选择题即可。该期刊的每个评审要点可能都对应着一定的分数，评审人审完稿后，编辑可能会看到这篇文稿的分数进而决定这篇文章的未来。因此，我们如果在写论文的时候能真正领悟并把握好这些要点，任何一个评审人想不打高分都难。 选择合适的期刊 “酒好也怕巷子深”，为了让研究者的每篇有价值的文章发表在合适的杂志上以引起广泛的同行关注、合作或资助等，几年、十几年乃至几十年磨一剑的文章理应发表在更权威、更高影响因子的杂志上。细细梳理起来，一篇文章的发表无不是凝聚着研究者繁重的体力劳动与脑力劳动。我们和导师、同行或者同学积极讨论即将开展的研究工作的思路、文章的构思，有时候并不明朗，我们只好“摸着石头过河”——边做实验边调整思路。中期冒着严酷的自然环境条件进行繁重的取样、做实验和分析数据，实验中出了问题还得咨询导师、同行或者朋友等。后期写论文我们挑灯夜战，为了寻找一篇合适的文献“众里寻他千百度，蓦然回首，那人却在灯火阑珊处”。末期写论文初稿的时候不厌其烦地修改与提高，投稿的时候一家杂志拒稿，立马接着投到另外一家，同样被拒之后，一而再，再而三……当我们写文章的万丈豪情被再一次拒稿打击得一落千丈的时候，或许我们在盘算着：到底是应该重新补做实验还是投稿到另外一家杂志去合适呢？因此，将自己的研究工作做好后，选对杂志并顺利发表出来，将是对研究者大量辛苦脑力与体力劳动的一种最好的回馈。 现在很多人做了很好的研究工作，但是发表的文章却平平。我并不是说他（她）的文章写得不好，而是说，发表文章的杂志一般般，即发表在影响因子档次较低的SCI杂志上。或许，我们调整文章的结构将最吸引人的地方放在最显眼的位置上，提高一下写作技巧，选择一些更为恰当的用词，我们的研究工作可发表在更权威或更高影响因子的SCI期刊上。因为期刊的影响因子越高，研究工作被引用的频次将越高，研究工作可能得到更为广泛的同行关注。记得2007年我去西北大学（在陕西西安）开会的时候与一位老师交流，我说某项工作被另外一个老师用中文抢先发表出来了，这位老师几分痛心地说：“发糟蹋了，这么好的工作应该发表在更好的杂志上。”的确，一个很有趣的研究工作，最好发表在最适合的杂志上。例如现在很多搞生态学的人以能在美国生态学会主办的Ecology上发表论文作为荣耀，其实Ecology相比生态学的其他杂志影响因子并不高，记得Ecology的影响因子前几年的时候只有三点几，但是很多生态学者却惟独钟情于此。这是为什么呢？原来，Ecology是全球主流生态学的门户或招牌杂志，几乎汇集了全世界顶尖级的生态学工作者的生态学理念和最新研究动态。假如某位生态学者的研究论文能在这样的杂志上发表，无疑将得到全世界顶级同行的肯定，而他（她）的研究工作或许能得到全世界的广泛兴趣与交流。 投稿要愈挫愈勇 投稿要愈挫愈勇，投稿要肯定执着。文章写好了投稿就好比找女朋友，当我们满腔热情去“钟鼓乐之”意中人的时候不幸被拒是很正常的事情，因为现实生活中很少有一见钟情的爱情传奇。但是，当尝试了好几个意中人后还是不幸被惨拒，或许，有人担心这辈子是不是真的要打光棍了。错，现实生活中很少有打光棍的，十个中八个曾经找女朋友失败的人最终还是结婚了。所以，我们要坚信投稿的文章经过修改后就一定会被发表的，只是时间迟早的问题，当然每拒绝一次进行反思与提高是十分必要的。 近年来，很多中国投稿者发现投稿被接受并不像以前那么容易了。前不久，我就这种现象专门请教了Biological Conservation的亚洲植物学编辑Richard T Corlett博士。他说，在过去10年到15年时间内，中国、印度、东欧和其他国家的一些大学或研究机构越来越倾向要求所属员工将研究工作发表在国际期刊上，而且对影响因子还给出了限制。例如，中国科学院生态环境研究中心在2011年之前每年年终对员工发表的SCI论文都可以给出不菲的奖励，但是到了2011年，就对影响因子进行了限制和要求，一篇影响因子一点几的杂志现在的奖励强度已经显著降低了。这些规定导致一些国家的期刊被这些蜂拥而至的稿件忙得不可开交，这些期刊只能接受很少的投稿文章，鉴于Biological Conservation只有20%的投稿接受率，因此，大约50%的文章在未经过送审就被编辑直接拒绝了。 事实上，期刊喜欢那些被其他杂志广泛引用的文章，从而可以提升该期刊的影响因子，扩大杂志的发行范围。正因为如此，一些描述性的和地区性兴趣的文章很难发表在这些国际期刊上。

先后主持国家“973”计划项目、国家自然科学基金重点项目、中国科学院重要方向性研究项目等，总研究经费超过1400万元。主持设计和实施了我国第一项大规模（占地公顷）全球变化多因子控制实验以及国家自然科学基金重大项目、国家自然科学基金重大研究计划重点项目实验。2001年以来，先后在Nature,Ecology,Global Change Biology,Journal of Ecology, New Phytologist,Ecological Applications等国际主流刊物发表SCI论文近40篇（其中第一和通讯作者22篇），累计影响因子，被他人引用520余次，其中一项研究成果被2009年8月13日出版的Nature在Research highlights(460:783c)中给予了报道。多次为Ecology,Global Change Biology,New Phytologist,Bio-geosciences等几十种国际和国内刊物审稿。 最新五篇代表性论文：1. Niu, S., M. Wu, Y. Han, J. Xia, Z. Zhang, H. Yang and S. Wan. 2010. Nitrogen effects on net ecosystem carbon exchange in a temperate steppe. Global Change Biology 16: . Wan, S., J. Xia, W. Liu, and S. Niu. 2009. Photosynthetic overcompensation under nocturnal warming enhances grassland carbon sequestration. Ecology 90: . Xia, J., Y. Han, Z. Zhang, Z. Zhang, and S. Wan. 2009. Effects of diurnal warming on soil respiration are not equal to the summed effects of day and night warming in a temperate steppe. Biogeosciences 6: 1361-1370 (Highlighted in Nature 460: 783c).4. Xia, J., S. Niu, and S. Wan. 2009. Response of ecosystem carbon exchange to warming and nitrogen addition during two hydrologically contrasting growing seasons in a temperate steppe. Global Change Biology 15: . Liu, W., Z. Zhang, and S. Wan. 2009. Predominant role of water in regulating soil and microbial respiration and their responses to climate change in a semiarid grassland. Global Change Biology 15: 184–195.

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