(一)内设处室 1、综合处(人事处、党委办公室、离退休办公室、监察室)2、计划处3、财务处(审计室)4、水文站网处(水文水资源调查评价资质管理办公室)5、水文监测处6、水资源监测与评价处7、水质监测与评价处8、通信管理处9、信息化处10、国际河流水文处11、科技教育处(《水文》杂志编辑部)(二)所属事业单位1、水利部水文情报预报中心2、水利部地下水监测中心3、网络中心(水利部网站)4、通信运行维护中心5、水利数据中心三、人员编制核定水文局事业编制160名。其中,局级领导职数7名,处级领导职数56名 。