不影响。目录在论文查重时，目录会识别标灰，是不参与查重的，可知手打的目录和生成的目录都是一样的，和查重没关系。
会。论文借鉴别人的没毛病，本来普通毕业论文都是在前人的基建上添砖加瓦。如果你抄袭的一篇，然后重新自述，重复率标红的几率还是比较高的。最好是完稿后，把论文按学校要求的检测软件，去进行查重一遍。论文重复率达标就没事，不达标自己也好心里有底，把标红的重复片段进行修改，不要因为舍不得检测费用，因论文不合格而耽误毕业。
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