目前,网络药理学的研究方法大致分为两类:一是根据公共数据库和公开发表的已有数据,建立特定药物作用机制网络预测模型,预测药物作用靶点,并从生物网络平衡的角度解析药物作用机制。如Cu J[12]等运用虚拟筛选和网络预测技术成功地预测了大黄二蒽酮A、大黄二蒽酮C、番泻苷C等几种从未报道过的具有抗2型糖尿病作用的成分。
网络药理学的研究离不开生物网络的构建。生物网络是采用数学领域图论的研究手段,借助复杂网络的研究方法,将生物体中各种物质及其相互作用加以抽象。
常用的网络拓扑学分析内容包括度、介数、最短路径、瓶颈、中心节点、模块、楔点等。在生物网络中,大多数节点度较小,而一小部分节点度很大,度值大的节点被认为是中心节点。介数是网络中所有最短路径中经过该节点的路径的数目占最 短路径总数的比例。