确定研究对象之后，研究方法的选择自然是新比较财政学所要进一步解决的问题。作为经济学的一个分支学科，比较财政学自然应主要以实证方法为主，但也要注意与规范研究方法的结合。比较财政学强调比较分析研究方法的运用，通过比较，去粗取精、去伪存真，不断地向真理靠拢。无疑，这只是研究方法的高度概括。具体说来，比较财政学的发展必须注意以下两种研究方法：
第一，制度研究方法。比较财政学广泛涉及财政制度问题，因此，强调制度经济学的研究方法可以充分利用近年来新制度经济学的研究成果，深入研究财政制度的选择问题。关于新制度经济学，有两种理解，一是认为新制度经济学是将制度作为内生变量，运用新古典经济学工具进行研究；二是认为新制度经济学的研究方法是多元的，它不仅仅是新古典的，还应包括文化、传统、意识形态等等，需要进行多学科综合研究。主张采取第一种定义的有诺斯、科斯、张五常等人，这种研究方法在中国已有广泛影响；第二种定义虽然与现实更接近，但它同样难以摆脱旧制度经济学缺少统一分析的弊病。比较财政制度分析在很大程度上是制度研究方法的运用。
第二，新古典经济学的正统研究方法。制度分析强调了制度是内生变量，而正统方法主要是要用已有的大量新古典分析工具。过分强调制度分析，可能会以偏概全。新古典经济学的研究方法不去过多地强调“中国特色”，而是将各种各样的现实置于同一框架下进行分析，寻找现象发生的机理，探究理论的真谛。
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