内蒙古大学于1962年招收研究生，1984年获博士学位授予权。研究生管理机构源于1978年成立的内蒙古大学研究生办公室，1988年成立研究生处，2001年3月成立研究生院(筹)，2010年正式成立研究生院。
学校共培养毕业博士723人，硕士14901人，目前在校研究生6500余人。1999年我校1篇博士论文获全国优秀博士学位论文，2009年、2011年又有2篇博士学位论文获全国优秀博士学位论文提名论文，26篇博士学位论文获内蒙古自治区优秀学位论文。
校拥有中国少数民族语言文学、动物学2个国家重点学科，生态学1个国家重点培育学科；有18个自治区重点学科、8个自治区重点培育学科。设有省部共建草原家畜生殖调控与繁育国家重点实验室，蒙古学中心教育部人文社会科学重点研究基地，另有自治区重点实验室、工程技术研究中心、人文社会科学重点研究基地等40个（科技类32个,人文社科类8个）。
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