增值税是按照6%的税率缴纳增值税的，普通发票按照3%征收率缴纳。
根据《财政部 国家税务总局关于将铁路运输和邮政业纳入营业税改征增值税试点的通知》（财税〔2013〕106号），软件服务，是指提供软件开发服务、软件咨询服务、软件维护服务、软件测试服务的业务行为。
进行网站制作，属于软件服务中的软件开发服务，属于营改增的范围。如果贵公司为一般纳税人，应开具增值税税专用发票，税率为6%；如果贵公司为小规模纳税人，只能开具增值税普通发票，税率为3%，如对方确实需要增值税专用发票，可到主管税务机关代开。
根据《中华人民共和国增值税暂行条例实施细则》第六条 纳税人的下列混合销售行为，应当分别核算货物的销售额和非增值税应税劳务的营业额，并根据其销售货物的销售额计算缴纳增值税，非增值税应税劳务的营业额不缴纳增值税;未分别核算的，由主管税务机关核定其货物的销售额：
(一)销售自产货物并同时提供建筑业劳务的行为;
(二)财政部、国家税务总局规定的其他情形。
1、纳税人销售或者进口货物，除以下第二项、第三项规定外，税率为17%。
2、纳税人销售或者进口下列货物，税率为13%：粮食、食用植物油、自来水、暖气、冷气、热水、煤气、石油液化气、天然气、沼气、居民用煤炭制品、图书、报纸、杂志、饲料、化肥、农药、农机、农膜、农业产品、以及国务院规定的其他货物。
3、纳税人出口货物，税率为零；但是，国务院另有规定的除外。
4、纳税人提供加工、修理、修配劳务税率为17%。纳税人兼营不同税率的货物或者应税劳务。
参考资料来源：百度百科-增值税发票
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