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现设有畜牧、兽医、草原3个研究所、院办公室、组织人事处、科研管理处、财务处、牧业科技开发公司、后勤服务中心及工会等机构。内设青藏高原牦牛研究中心、青海草业工程研究中心2个省级研究中心；有青藏高原优良牧草种质资源研究和高原放牧家畜动物营养与饲料科学省级科学技术重点实验室2个、青藏高原特有草种资源开发及应用国家地方联合工程实验室1个；动物营养与饲料科学、草业科学2个硕士点。全院现有在职职工187人，其中专业技术人员159人，具有高级职称的69人，享受国家级、省级政府津贴专家3人，省级优秀专业技术人才5人, 博士8人、硕士23人、中级职称53人。全院现有总资产2251万元，其中仪器设备图书资料等近500万元。出版学术期刊《青海畜牧兽医杂志》。中外文藏书万余册，中外文期刊178种近万卷，联合国粮农组织在我院设有定点赠送藏书点。青海省畜牧兽医科学院是以畜牧、兽医、草原应用研究和开发研究为主的畜牧业综合性研究机构，重点研究和解决青藏高原畜牧业生产中亟待解决的带有全局性、关键性的技术问题。主要开展家畜品种培育改良、疫病防治研究、新兽药疫苗研制；饲草饲料、人工草地建植、天然草地保护与利用；牧草育种栽培、放牧家畜饲草料供给与营养平衡、牛羊育肥以及畜牧业综合配套技术研究等。建院50多年来，先后取得283项科研成果，其中获国家及省部级奖励93项，有45%的科研成果已得到推广应用，产生了显著的社会效益和经济效益。

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动物营养学报中国畜牧兽医就我所知是影响力居前两位的畜牧类杂志。