淡水养殖对浮游植物和浮游动物的影响是综合的,浮游植物和浮游动物的种类数量变动总是密切相关的 (何春贵,2006) 。许多经济鱼类,特别是我国特有的鲢鳙都以浮游生物为食; 不少经济甲壳动物,如各种蟹、虾类在幼虫期以硅藻、裸藻为食。浮游动物更是许多经济鱼类和甲壳动物的优质食物和开口饵料。Drernardi R et al.(1965) 研究罗非鱼在 Kinneret 湖中对浮游生物的摄食选择性后指出,罗非鱼对浮游动物和大型的浮游植物的繁衍具有明显的抑制作用。Brooks J L et al.(1965) 在研究美国 Crystal 湖滤食性鱼类时指出,在鱼种群密度较小的 1#、2#观察站中的桡足类、枝角类浮游动物的数量明显高于种群密度较高的 3#观察站。张国华等 (1997) 发现养殖生物对浮游动物的摄食促进了浮游植物种群的增长,小型藻类大量繁殖,生物量和数量急剧上升,水体 pH 值升高,嗜酸性浮游动物种类减少,浮游动物的群落结构趋于简单,多样性指数下降。滤食性养殖动物对浮游植物的摄食必将恶化植食性浮游动物的饲料条件,引起植食性浮游动物种群数量降低。在水平分布上,浮游植物的密集区总是同浮游动物高生物量区的位置一致,而且浮游动物的生物量高峰期总是紧跟浮游植物的数量高峰期,显示了植食性浮游动物对浮游植物的摄食依存关系。
鱼类的捕食作用对浮游生物的群落结构的数量动态有明显的影响。一般说来,没有选择性和选择性小的鱼类对浮游动物的影响主要体现在密度上,而不是在种类组成上 (刘正文,1997) 。捕食作用对生物多样性的影响也是很重要的,既可能提高群落的物种多样性,又可能降低群落的物种多样性。
唐鑫生等 (1999) 研究新溪口江段发现,轮虫的四季数量变化,明显地与浮游植物的数量呈正相关,这可能与轮虫以浮游植物为主食有关。蔡庆华 (1995) 在进行浮游生物间相互关系的多元分析中发现,武汉东湖浮游动物的密度和生物量由叶绿素 a 的含量决定,与叶绿素 a 相关程度由大到小依次为轮虫、桡足类和原生动物。王春生等 (1998)研究发现,秋季浮游动物丰度与浮游藻类的细胞总密度和浮游硅藻的细胞密度之间有正相关的趋势。
除少数肉食性浮游动物种类外,一般的浮游动物,尤其是甲壳动物主要依靠浮游植物为食。所以,在浮游植物丰富的水体中,滤食性浮游动物一般也较多 (侯来利,2007) 。普遍认为浮游动物滤食浮游植物的效率不是决定浮游植物的种类而是浮游植物的大小。浮游动物滤食颗粒的大小范围通常为 1 ~15 μm,滤食峰值在 2 ~5μm 之间。所以,当水体中大型藻类大量繁殖之际,由于食物不适口,浮游动物的数量反而下降。杨宇峰等(1998) 的研究认为,近邻剑水蚤能捕获和摄食实验所提供的所有浮游动物,尤喜食小型浮游动物。郑师章等 (1994) 认为植食性浮游动物的摄食活动导致浮游植物种群数量降低,而当浮游植物数量降低到一定水平后,必然会影响浮游动物的数量,而随着浮游动物数量的下降,摄食压力减小,浮游植物种群又会再次增加,这样就形成了一个双波动的种间数量变动特征。