2000年、2004年、2008年、2011年,《河南农业科学》连续三次被北京大学图书馆评定为全国中文核心期刊。2006、2008年,被中国科技信息研究所评定为中国科技核心期刊,同年,被中国农科院农业信息研究所评定为中国农业核心期刊。《河南农业科学》先后被多家数据库收录,分别为:CABI文摘数据库(国际农业与生物科学研究中心Centre for Agriculture and Bioscience International)、中国期刊全文数据库(CJFD)、中国学术期刊综合评价数据库(CAJCED)、中文科技期刊数据库、《中国生物学文摘》和中国生物学文献数据库、中国核心期刊(遴选)数据库、万方数据—数字化期刊群。