设计企业内部控制最基本的原则就是实事求是，“因企制宜”，灵活兼顾。此外，下述一些基本原则也是密不可分的。
1、相互牵制原则。一项完整的经济业务，如果是经过两个以上的有相互制约环节对其进行监督和核查，其发生错弊现象的的几率就很低。就具体的内部控制措施来说，相互牵制必须考虑横向控制和纵向控制两个方面的制约关系。从横向关系来讲，完成某个环节的工作需有来自彼此独立的两个部门或人员协调运作、相互监督、相互制约、相互证明；从纵向关系来讲，完成某个工作需经过互不隶属的两个或两个以上的岗位和环节，以使下级受上级监督，上级受下级牵制。例如，在材料采购控制系统中，采购部门只有凭领导审批后的采购单或合同（纵向牵制）进行采购，而采购的材料必需经过验收（横向牵制）后，才能办理有关手续。因而只有经过横向关系和纵向关系的核查和制约，以使发生的错弊减少到较低程度，或者即使发生问题，也易尽早发现，便于及时纠正。
2、成本效益原则。企业最关心的是经济效益，如果单纯从控制的角度来考虑，参与控制的人员和环节越多，控制措施越严密复杂，控制的效果就越好，其发生的错弊现象就越少，但因控制活动造成的控制成本就越高。因此，在设计内部控制时，一定要考虑控制投入成本和控制产出效益之比，一般来讲，只要对那些在业务处理过程中发挥作用大、影响范围广的关键控制点进行严格控制。对那些只在局部发挥作用、影响特定范围的一般控制点，其设立只要能起到监控作用即可，而不必花费大量的人力、物力进行控制。防止由于一般控制点设立过多、手续操作繁杂，造成企业经营管理活动不能正常、迅捷地运转。因此，控制点设定的数量需根据实际情况，科学设立、易于操作，千万不要因不必要控制点的设立，造成投入产出的得不偿失，力争以最小的控制成本获取最大的经济效果。
3、岗位责任原则。内部控制的设立是与企业的管理模式紧密联系的，企业按照其推行的管理模式设立工作岗位，并赋予其责、权、利，规定相应的操作规程和处理程序。责任和权力是岗位责任原则中的关键因素，有什么样的岗位责任，就要赋予此岗位完成任务所必须的权力，切忌出现岗位责任不明确、权力不清楚的现象。岗位责任主要解决的是不相容职务的分离，在设置岗位时必须考虑到授权岗位和执行岗位的分离、执行岗位和审核岗位的分离、保管岗位和记账岗位的分离等，通过不相容职责的划分，各部门和人员之间相互审查、核对和制衡，避免一个人控制一项交易的各个环节，以防止员工的舞弊行为。另外，必须注意让员工理解其各自的控制责任，一方面要让员工懂得如何完成自己的工作，即操作规程和处理程序；另一方面要让员工明白严格按照规章制度履行职责的重要性。
4、协调配合原则。协调配合原则要求各部门之间、人员之间应相互配合、协调同步、紧密衔接，避免只管相互牵制而不顾办事效率的做法，导致不必要的扯皮和脱节现象。为此，必须做到既相互牵制，又相互协调，保证经营管理活动连续、有效地进行。
在内部控制中相互牵制是基础，协调配合是升华，因而，协调配合对人员素质的要求是很高的，内部控制是由人建立的，也要由人来行使，如果企业行使控制监督职能的人员在思想道德上、心理素质上、技能上和行为方式上未能达到实施内部控制的基本要求，对内部控制的程序和要求含混不清，连最基本的岗位责任也不能执行到位，那么，再谈协调配合显然已不能胜任。
5、系统网络原则。按照系统网络原则的要求，各项控制点应在企业管理模式的控制之下，设立要齐全且点点相连、环环相扣、不能脱节。各个控制点的设立必须考虑到控制环境、控制活动对它的影响。控制环境和控制活动构成了企业的氛围，它主要包括员工的诚实性和道德观、岗位匹配能力、组织结构、管理模式和经营风格以及人力资源管理政策等，无论哪一个环节出现问题，其对内部控制的实施都会带来极大的负面影响，因而，建立必要的风险评估、信息沟通和监督机制，随时适应新情况，适时调整不适合的控制点，以保证整个网络下的控制点连成一片，协调顺畅地发挥作用。
综上所述，企业的内部控制从设计的角度来看，应能达到一个基本目标，即在保证企业经济效益最大化的前提下，保证企业顺畅运转而又不失控制，同时，要能对非常规业务进行有效的反应，通过对内部控制的检测和评价，保证企业内部控制能进行有效的自我调节。
