一、国库会计核算管理方面的主要变化
在《规定》中首次将国库会计业务按管理要求与具体处理手续分开，单独进行表述。以前的国库制度，如《中华人民共和国国家金库条例》、《中华人民共和国金库条例实施细则》、《国库会计核算操作规程》、抑或其他制度，虽对国库会计业务或多或少都有一些管理要求，但总的讲，还很不系统、不全面。本《规定》对国库会计核算管理作出的系统、全面论述主要包括：
一是明确了国库会计核算的岗位设置与职责。根据国库业务的实际情况规定各级国库应设置记账、复核、综合、会计辅导、系统维护、事后监督和国库会计主管等会计岗位，明确了各岗位的职责，并提出了岗位设置的基本原则，强调记账、复核与事后监督岗位不得相互兼任。WWW.133229.cOM
二是强调建立内部控制制度。强化国库内部控制、加强国库会计核算岗位人员之间的制约监督是消除国库风险隐患、确保国库资金安全的重要举措。本《规定》提出了要建立国库主任（副主任）四级内控目标管理责任制，明确了各级人员的职责，要求逐级把关、负责；提出了建立国库会计核算岗位轮换制度、业务交接制度、重要会计事项逐级审核制度；特别强调了国库会计财务检查责任制度。内部控制制度是国库会计核算管理制度的重中之重。
三是明确了国库会计核算的基本原则。特别提出了一个国库工作机构内有多级多库的，其会计核算业务应按“税票按库清分，账务按库核算，资金统一进出，凭证单独装订保管”的原则办理。旨在维护各级财政的合法利益。
四是对印章、密押和重要空白凭证的使用与管理作出了明确规定。以前各地各级国库使用的印章从名称上、形状上和用途上差异较多，对此《规定》都有具体要求；而对于行库往来专用凭证等重要空白凭证的印制、领取、保管、出入库、使用、作废与销毁等都作了明确规定。
五是对计算机核算首次提出了基本管理要求。在《规定》中明确了国库会计人员使用计算机进行业务处理的原则要求，对计算机使用也作出了管理规定。此外，对国库会计人员的培训与奖惩也作了原则规定。
二、在国库监管方面的主要变化
国库监管是国库工作的重要组成部分，与《中华人民共和国国家金库条例》及其《中华人民共和国金库条例实施细则》等制度相比，本《规定》特别强调了“事中监管”或“临柜监管”，对国库的各项会计核算业务都提出了具体、明确的监管原则与要求。
一是在库款收纳中强调及时收纳，准确、及时办理划分、报解、入库。
二是在库款退付中明确了国库办理退库应坚持的8条基本原则。规定凡属于违反国家法律、法规等政策规定的8个方面的退库，各级国库一律拒绝退付；在库款支拨中明确了具体的管理要求，即：财政机关在签发拨款凭证时，应按规定填明拨款的用途等各项要求，并向国库提供年度财政预算收支计划、财政预算拨款单位的名单及其开户银行和账号等资料。拒不提供有关文件、资料或依据的，国库有权拒绝办理库款的支拨。这也是1998年财政部与中国人民银行、国家税务局在进一步加强国库监管工作的通知中明确规定的。
三是在预算收入更正中，主要强调了以下内容：第一，重申了“谁的差错谁更正”原则，强调由发生差错的一方填制更正通知书，交国库部门办理更正；第二，强调各部门对发现的错误事项，不得办理汇总更正；第三，强调“审计、监察部门发现以前年度的预算收入混库问题，由审计、监察部门专门行文，交出错部门确认并填制更正通知书后，送国库部门办理更正”；四是规定对财政部门因国家政策的特定要求而需调库的，财政、征收机关须出具更正通知书及有关文件，国库部门核实办理。
三、在国库会计核算具体业务方面的变化
（一）将人民银行经理的国库与商业银行、信用社代理的国库办理国库会计核算业务分开表述
以前的国库制度讲国库会计核算业务的处理手续时，都是笼统而言，而本《规定》首次将人民银行经理的国库与商业银行、信用社代理的国库办理预算收入的收纳、支拨、退付、更正等业务的具体处理手续分开表述，使包括代理国库在内的各级国库及国库经收均能在《规定》中找到自身业务的处理手续与要求，便于各级国库具体操作，统一规范。
（二）将预算收入缴入支库为正式入库改为缴入乡（镇）国库为正式入库这是本《规定》较以前的国库制度的重大变化之处。这样改的理由是：《预算法》第四十八规定“县级以上各级预算必须设立国库；具备条件的乡、民族乡、镇也应当设立国库。”也就是说乡（镇）国库有它的法律地位，因此，在制度办法中把乡（镇）国库正式引入国库体系，规范其业务操作，是十分必要的。与此相对应，乡（镇）国库就成为国库的最基层库。而未设乡（镇）国库的地方，预算收入仍以缴入支库为正式入库。
（三）特别突出了“行库往来”业务与事项，把加强“行库往来”管理作为防范国库资金风险的重要举措，对其作了全面规定
1992年中国人民银行曾发文增设了“行库往来”会计科目，用于核算人民银行内部国库与会计营业部门之间的资金往来款项，自1993年起用。但实际工作中，各地在使用本科目核算时做法各不相同。在《规定》中，首先设计了“行库往来专用凭证”，供各级国库使用；其次把该凭证作为重要空白凭证进行管理，规定了严格的印制、保管、领取、使用、填制、核算、作废与销毁的原则和措施；再次明确了国库与会计营业部门之间资金款项往来的业务处理规定。通过加强对“行库往来”相关业务与事项的管理，可以最大程度地减少国库工作中的隐患，保证国库资金的安全。
（四）对国库会计科目进行了适当调整
根据近几年国库工作的实践，《规定》对国库所用会计科目进行了适当调整，使国库会计科目名称、核算内容更加准确、完整。
一是增加了“待报解中央与地方共享预算收入”科目。用于核算人民银行各分支库当日收纳的、未划分报解的中央与地方共享预算收入款项。
二是合并、减少了国债发行、兑付所用科目。
三是调整了科目核算内容。如把原各级国库均可使用的“中央预算收入”科目改为总库专用会计科目；将“待报解中央预算收入”科目由原来核算未报解的中央与地方共享预算收入款项，改为核算未报解的中央预算收入的款项；将原来只有商业银行国库经收处使用的“待结算财政款项”科目，改为各级国库和国库经收处均可使用，其中，人民银行用于核算因预算收入级次不清等待处理款项，商业银行代理国库和国库经收处用于核算当日收纳的、未报解的各项预算收入款项。
国库会计科目增、删、调整后的国库会计科目能更准确地反映国库会计核算的真实情况。
（五）在国库会计核算中全面细化了手续，对各级国库的各项会计核算业务的处理手续都有具体规定
由于《规定》首次把乡（镇）国库正式作为最基层国库来表述，因此，在预算收入收纳、划分、报解、入库的核算中，乡（镇）国库是着墨最多的地方，做了详尽规定。在国库会计核算中还增加了有关报表，如预算收入对账日报表、月报表和年度决算报表等，完善了国库会计的报表体系。再如，在预算收入收纳、报解中首次明确表述了手工报解库款和通讯联网报解库款的具体处理手续，包括下级库如何报解、上级库如何接收，均规定细致。其中，通讯联网报解库款时，要求上级库收到下级库传输的库款通讯文件后，认真核实，并将打印出的通讯联网清单一式两份中的一份，按会计要件签收手续送会计营业部门，由会计营业部门逐笔复核密押和填制联行来账电划补充报单（三联），其中一联送国库部门与通讯文件核对相符后，进行账务处理。
（六）增加了对国库会计核算中一些特殊业务的处理规定
国库工作涉及方方面面，常有因各种原因而导致拨款或退库不能顺利办理、票据被退回的情况发生。但如何处理，一直没有明确规定。在本《规定》中，对退库款项和支拨款项退回，都分国库票据提出错误和凭证（退库凭证或预算拨款凭证）填写有误两种情况，分别表述具体的处理手续，使国库各项核算工作均有制度可依。
（七）对预算收入更正事宜做了具体规定
一是对预算收入更正提出了明确的原则；二是改变了更正通知书的格式，将原来的三联式改为五联式，以适应预算收入缴库中各种形式的差错更正需要；三是对串科目、串库等差错，规定了具体的会计处理手续。
（八）为适应国库内部控制和国库监管的需要，增设了大量登记簿
国库业务登记簿，在原来为满足会计核算、统计分析需要而设置的预算收、支和收入退库登记簿的基础上，增加了为满足国库内部控制和国库监管需要而设立的许多登记簿，如行库往来票据签收登记簿、会计档案保管登记簿、业务交接登记簿、事后监督登记簿、柜面监督登记簿、业务检查登记表、计算机运行日志等。这些登记簿涉及了国库工作的各个环节，且都设计了标准格式。对于满足会计核算、统计分析、国库监管需要和强化国库内部控制、消除隐患、防范国库资金风险，都具有较好作用。
（九）将按预算收入角度对账，改为按部门的角度对账
1998年中国人民银行与财政部、国家税务总局联合下发了《国库与财政、征收机关对账办法》，分别中央预算收入和地方预算收入，规定了对账的参与部门和对账方法；《规定》则改为按部门表述对账，即按国库与财政、税务等部门之间，分别对什么账和如何对账进行表述，使国库对账脉络更加清晰，便于掌握和操作。此外，《规定》还增加了国库与财政核对支出和库存账的表述。
主要变化还有：适应当前形势，对国债发行、兑付的核算与管理进行了修订；还在国库档案管理中引入了磁介质档案管理的有关内容，规定了使用计算机处理国库业务，其会计档案的保管原则等等。
