1、概念差异
（1）社会活动的属性不同。司法会计鉴定是一种法律诉讼活动，审计是一种社会经济监督、鉴证和评价活动。
（2）社会活动的范围不同。司法会计鉴定从属于法律诉讼活动，它不属于独立的社会活动，而只是围绕案件所涉及的财务会计问题进行鉴别判断活动；审计是一项独立的社会活动，它涉及经济的各个方面。
（3）目的不同。司法会计鉴定的目的是为了查明案情，审计的目的则具有多样性，如监督经济活动、鉴证经济业务、评价财务会计报告等。
（4）基本法律依据不同。司法会计鉴定是依据国家的诉讼法律的规定实施的，审计是依据国家的审计法律实施的。
2、主体差异
（1）主体的产生程序不同。司法会计鉴定人是由司法机关指派或聘请的，且不需要鉴定事项涉及单位的委托或认可，司法会计鉴定人与除司法机关外的任何单位和个人都没有委托和被委托关系。审计人员是由审计机构指派或聘请的，除政府审计外，中介审计机构需要接受委托，才能委派审计人员进行审计活动。
（2）主体的范围不同。司法会计鉴定人可以由司法机关指派或聘请，具有司法会计专业知识的专职司法会计技术人员、会计师、审计师和注册会计师担任，而审计通常只能由审计师和注册会计师进行。
（3）主体的诉讼地位不同。司法会计鉴定人是诉讼参与人，享有特定的诉讼权利和诉讼义务，而一般意义上的审计人员不是诉讼参与人，即使涉及诉讼时，通常只是作为当事人或一般证人。
（4）主体的法律责任不同。
3、操作程序差异
（1）操作环境不同。
（2）操作手段方面的差异。
（3）操作过程方面的差异。
（4）操作过程中发现问题的处理方式差异。
4、工作结果差异
（1）文书种类差异。
（2）工作结论的诉讼意义不同。
（3）工作结论在证据依据方面存在着差异。
（4）工作结论的要求方面存在着差异。
（5）工作结论的范围方面存在着差异。
（6）文书内容方面存在着差异。
