设计和完善内部控制制度，优化公司的控制环境，保证会计信息质量，是校企在规范化建设过程中的深层次问题，也是最根本性的问题。只有建立了科学的内部控制制度，学校资产管理公司的职能才能有效地发挥，达到管理的制度化。
内部控制的四层内涵
内部控制有四个内涵，首先，内部控制是控制制度、控制机制和“软控制”。强调的是企业内部属于精神层面的事物，如管理风格、管理哲学、企业文化、内部控制意识等。也就是说，内部控制过程不可忽视人的因素，应注意对人的价值理念的提升，注重良好企业文化的培育。
其次，内部控制是一种自律系统。企业内部的人员，从董事会到管理当局到员工，他们都会充当控制与被控制的双重角色。
再次，内部控制以公司治理为基础，与企业管理互为“糅合”。公司治理为内部控制的建立和实施提供了一个必要的环境基础，同时，内部控制是管理的一种工具，但不能取代管理，也不能单纯将它理解为管理的一部分。
最后，内部控制是合理保证而非绝对保证，内部控制的目的是防止或发现错误或异常，但是完全地防止或发现错误或异常是非常昂贵的，并且在实践中也是不可能实现的。要充分考虑到小企业人力资源的有限性，以交叉审核为主要方法，有所侧重。
校企内部控制中容易存在的主要问题
校有企业大多属于中小企业，组织管理不健全、不规范，加之由于过去享受诸多税收优惠，外部监管较松，内部控制一直十分薄弱，会计信息失真的现象比较严重。这种情况在改制完成后，由于管理层在认识上还没有完成转变，经营管理仍然还处在凭经验的被动阶段，其内部控制主要存在以下问题：
● 用人少，组织和管理不健全、不规范
校企为了控制经营成本，往往会控制员工人数。各管理层因用人不足，工作无法分工，一个人常要分担多种工作。而且校企往往是由有老师背景的人员经营，有一定的家长式权威，遇到具体问题的处理，以强调灵活性为由而不按规定程序办理，一个人决定经营政策和一切措施，无视会计法律法规的存在，有章不循、执法不严，造成内部控制严重失效。
● 组织机构设置不合理、不完善，内控组织虚位
虽然校企在改制后设立了董事会、监事会，聘任了总经理班子，但在实际工作中，董事会的监控作用严重弱化，“董事”不“懂事”，经常只有一个“虚职”，而且缺少必要的常设机构。一些机构设置也没有起到应有的作用。
● 企业制度不健全
企业缺乏相应的激励与约束机制，人事政策和实务不完善，企业制度不全面，没有针对企业经营的各个环节、各个部门制定出相应的规章制度，出现问题时容易顾此失彼。
● 企业文化建设不受重视
多数校企管理人员熟悉的是学校文化，对企业文化知之较少，认识不足。即使认识到了企业文化在企业经营管理中的重要作用，但是在建设企业文化的力度上还不够。没有意识到企业可以通过应用企业文化的管理思想和方法去唤醒员工的主体意识，唤起员工的主人翁精神，真正让员工成为自己的主人、企业的主人，更好地为企业服务。
风险意识差，内部压力不足或者小富即安由于社会经济环境的变化，企业间竞争越来越激烈，校企经营管理面临来自各方面的经营风险，特别现在校企和社会企业完全处于同一经营环境时。然而，由于校企的风险意识并没有提到应有的高度，没有形成风险意识，对企业所面临的风险认识不足、重视不够，更缺乏有效的风险管理机制。企业管理者对回报股东的意识淡薄，压力不足，或者认为依靠学校在当地的影响，大树底下好乘凉，使企业与个人共同处于高度风险状态。
● 信息流不畅，职责不清，责任不明
在整个校企中，虽然进行了资本的整合，但企业的信息不论从纵向还是横向流通都十分不畅，许多有关企业的信息被管理当局控制，而企业的员工对此一无所知。学校产业系统中，各个企业各自为政，甚至部门与部门的信息沟通缺失，员工对企业信息了解微乎其微，往往局限于自身所处的部门。一切以企业管理当局要求为准，甚至会计信息系统由管理层随意控制，一不需要成本信息，二不计算投资回收期及投资回报率，三不收集市场方面的信息。
校企内部控制设计和控制环境的优化
通过上述对校企内部控制存在问题的分析，笔者对如何完善现代企业的内部控制提出如下几点浅见：
● 内部控制的设计步骤
第一步，确定控制目标。内部控制的基本目标包括以下六个方面：维护财产物资的完整性，保证会计信息的准确性，保证财务活动的合法性，保证经营决策的贯彻执行，保证生产经营活动的经济性、效率性和效果性。
第二步，找出与控制目标相关的业务流程，整合控制流程。内部控制流程是指依次贯穿于某项业务活动始终的基本控制步骤及相应环节。由于控制流程通常同业务流程相吻合，因此，往往找出与控制目标相关的业务流程来设置各个控制点。当企业的业务流程存在控制缺陷时，则需要根据控制目标和控制原则加以整合。
第三步，确定关键控制点。实现控制目标，主要是控制容易发生偏差的业务环节。这些可能发生错弊因而需要控制的业务环节，通常称为控制环节或控制点。在业务处理过程中发挥作用最大，影响范围最广，甚至决定全局成效和控制点，对于保证整个业务活动的控制目标具有至关重要的影响，即为关键点。
第四步，确定控制措施。控制点的功能，是通过设置具体的控制技术和手续而实现的。这些为预防和发现错弊而在某控制点所运用的各种控制技术和手续等，通常被概括为控制措施。
第五步，以流程图或调查表的形式描述内部控制。对于内部控制的描述，一方面以流程图或调查表的形式描述其控制流程，明确关键控制点和一般控制点；另一方面，将制度化的内部控制以章程、制度、办法、措施的形式反映，作为企业内部参照的标准，并不断地通过内部控制的评价意见进行调整和完善。
● 内部控制环境的优化
内部控制环境的优化建设主要包括以下六方面：
第一，重视职业道德规范，培育诚信的企业文化氛围。
