实行会计集中核算是为了进一步规范会计行为，提高会计信息质量和工作效率，是服务与监督融为一体的新型管理模式。从机制和体制上把财政监督贯穿于财务收支活动的全过程，为政府宏观决策提供了可靠的依据，对防范部门乱支乱用、多头开户、逃避监管等违规行为发挥了积极作用。但是，从这几年审计中发现还存在一些弊端需进一步改进。
一、主要弊端
（一）会计信息的真实性难以监控
会计资料中原始凭证是最基本的资料，也是反映经济业务真实性的第一手资料，对原始凭证的审核和监督是判断会计信息真实性的重要环节。会计集中核算后，中心的人员并不参与单位的具体业务，只能根据票据来判断，看单位报账发票的手续是否完备、票据是否合法有效，不管反映的经济内容是否真实，都必须报销。
（二）会计核算与财产物资管理相脱节
会计中心将记账、算账工作进行了集中，而财产物资等需要反映的客观经济事物仍分散在单位。特别是固定资产，会计中心只核算一级总账科目，明细账仍由单位登记保管，财产物资由原单位进行管理。如果单位领导与报账员法制观念淡薄，或因工作疏忽而不提供真实情况，会计中心将无从得知各单位的资产实有状况。
（三）单位领导和报账员难以准确、及时地掌握本单位的往来经济业务
集中核算后在处理单位往来经济业务时，由于单位报账员不进行日常账务处理，而会计中心只是提供月报表资料，使单位领导及报账员对本单位债权债务不能及时掌握，给其结算工作增添了不必要的麻烦。
（四）单位对资产的处置、预算外收入和往来款项的管理职能有所弱化
集中核算后，对实物、资产、合同等经济事项的反映，往来事项的处理和各项收入的管理分散在单位，造成会计管理职能难以深入。使有些单位有空可钻，对单位的资产处置收入、门店的出租收入、有关单位的赞助收入等不及时入帐，或只入一部分，其余的放在帐外任意开支。
（五）挪用专款较为突出
1、从帐面直接挪用
体现在：一方面集中核算内容不够完整、核算方法不够规范，使单位的各项专项资金只在一个帐户里反映，与正常经费混在一起，没有进行明细核算，看不出各类专项资金的各自拨入、拨出和结余情况，不利于专项资金的专款专用和监督、拨付、使用；另一方面是会计的责任心不强造成挪用，有些款项的来源用途填写较为模糊，使操作起来有一定难度，但有些有专门戴帽下达的文件，原单位又不给会计中心提供，会计中心也只好以上级补助收入入账，这样顺理成章将专项资金挪作他用。
2、通过预拨项目资金形式挪用
主要指实行报帐制项目单位，会计核算中心将资金按项目进度先预拨一部分，实施项目单位是否按规定、按标准进行施工，是否进行了工程质量验收等相关手续，甚至根本不属于指定的项目，项目单位为了达到在核算中心顺利审核过关及报帐的目的，尽可能将一些违反财经法纪的事项想方设法完备相关的手续。
3、以“先拨后返”的方式挪用
首先在安排资金时意向性地对下属单位、某部门、某乡镇多安排一些，然后又以购材料物资、培训、召开有关会议等形式返回有关单位，以达到挪用的目的。四是以虚报花名册名义挪用。主要指公益性岗位补贴、就业补助、低保补助等补助性资金，各乡镇、村委会伪造补助对象花名册向上报帐，然后将这部分资金置换出来弥补单位经费不足或用于其它建设项目。
（六）收费票据管理不够规范，存在违规收费
主要表现在：一方面有下属单位的向下属单位收取管理费，有资产出租的收取承包费、或者向有关单位收取赞助费；另一方面向一些有利益关系的部门借会议名义收取会议费、资料费等，乡镇及村组利用行政管理职能向村组或群众收取报表费、会议费等等。
（七）会计责任的界定不够明确
我国《》规定，单位负责人对本单位的会计工作和会计资料的真实性、完整性负责。会计集中核算在一定程度上改变了单位的核算权和会计监督权，也相应地改变了会计责任主体资格。对于监督检查机关查出会计核算方面的问题，如何来定性、如何处理有一定的难度。
二、完善会计集中核算的建议
（一）加强报账员的管理和培训
提高其专业水平，加强《会计法》等国家各项财政法规和职业道德的教育，使其充分发挥会计集中核算的纽带和桥梁作用。
（二）提高认识、健全机制、规范管理
为了处理好核算、监督、管理的关系，全面发挥会计职能作用，应从认识上、机制上加以解决。建立约束机制，包括建立定期深入单位制、经济活动分析制等。各单位则应支持会计人员到本单位调查研究，主动接受会计监督，认真听取意见。同时会计核算中心定期和不定期地提供会计信息。
（三）加强制度约束，建立和完善各项管理制度
1、要建立健全会计信息质量保障机制
明确预算单位仍然是会计主体，规定会计业务处理中预算单位报账员、主管领导及核算中心分口核算人员的职责，并制定凭证审核及传递程序、支出复核制度，形成分工明确、层层把关，形成责任清细、管理到位、相互制约机制。
2、要完善内外监控制度，确保财产物资的安全
报账员在单位负责人领导下，除做好本单位的报账工作外，还要处理好经费预算管理、固定资产管理，建立起财产物资实物账并由财务主管负责登记，定期组织人员进行财产物资的盘点和核实，严格按规定程序办理财产物资增减变动和领用手续，定期和会计中心的总分类账进行核对，切实做到账账相符、账实相符。
3、要建立大额借支、大额支出、超指标、超计划用款审批制度
对单位的会计凭证、原始凭证、会计报表等会计资料都要进行定期与不定期地审核，看有无虚假支出、不规范票据入帐。四要建立健全责任追究和考评制度。对各监督检查部门查出的问题，查明问题形成的原因，追究相关人员的责任。
4、加强往来账款、债权债务管理，建立定期核算及清理制度
会计中心在核算时对收到的款项要认真辨别款项性质并区别处理，从而避免将往来款与预算外收入、其他收入串户入账。定期清理往来账款，避免长期挂账，同时催促单位定期清理避免形成坏账。对呆死坏账进行清理上报经上级管理部门批复后调整，严防利用往来款项调节财政收支。
5、转变观念，加强支出监督管理，从核算型向管理型转化
会计集中核算通过核对各部门预算指标情况，可以严格控制各部门的用款进度，加强预算资金支付的事前控制，彻底扭转将其视作单纯的核算机构的观念，真正从源头上预防腐败，加强廉政建设。
6、增强责任意识，正确处理好会计中心负责人与单位负责人的责任关系
会计集中核算，并没有改变单位的经济体制与经济地位，且会计原始资料来源未变，会计核算基础未变，资金使用权和财产所有权未变。因此，单位负责人理应是单位的会计责任主体，如果会计核算资料的真实性、完整性掺进了杂质，出现了问题，按照《会计法》的规定，会计核算中心负责人，乃至负责核算的会计人员也理应承担一定的责任。
