会计档案是指会计凭证、会计账簿和财务报告等会计核算专业材料，是记录和反映单位财务的重要史料和证据。目前，会计委派制下的会计档案管理存在的主要问题如下：
一是有的会计核算中心没有或未及时向委托单位移交会计档案，不符合《会计档案管理办法》的规定。《会计档案管理办法》第6条明确指出，“当年形成的会计档案，在会计年度终结后，可暂由会计机构保管一年，期满之后，应当由会计机构编制移交清册，移交本单位档案机构统一保管”。会计核算中心成立后形成的会计档案是委托单位委托被委托单位进行会计核算而形成的，尽管会计档案的实体由于保管单位的变更而变更，但其所有权仍是委托单位，属于委托单位全宗的一个门类，应当保持一个单位全宗的完整性和连续性。
二是纸质会计档案与存储会计数据的磁介质档案没有同步归档。会计工作由传统的手工记账形式到运用电子计算机形式记账，会计核算形式发生了变化，财政部颁发的《会计电算化工作规范》第四章第7条明确指出：“电算化会计档案，包括存储在计算机硬盘中的会计数据、其他磁性介质或光盘存储的会计数据和计算机打印出来书面形式的会计数据。”《会计电算化工作规范》第45条规定，“实行会计电算化的单位，有关电子数据、会计软件资料等应当作为会计档案进行管理”。然而实际工作中，会计委派制核算的地区或部门，基本都实行了电算化会计，形成的大量磁介质会计档案都保存在会计核算中心，即便是定期向委托单位移交会计档案的核算中心，也只移交纸质会计档案。
三是会计工作与会计档案管理脱节。会计档案是会计核算的产物，它产生于会计业务工作之中，是会计工作的延伸，也是会计工作的终结。但在实际工作中，会计委派制管理下的会计人员对会计业务非常熟练，经常参加会计业务的培训和学习，但对档案知识，特别是会计档案规范化整理标准知之甚少，也没有参加过会计档案管理的培训与学习。各单位普遍重会计业务，轻会计档案管理。在各单位制定的会计制度中突出强调了会计业务，却忽视了制定详细的具有可操作性的会计档案管理制度，没有把会计档案的规范化管理纳入会计人员岗位职责中。在会计人员上岗前，没有邀请档案专业人员讲授会计档案管理的基本知识与操作技能，造成会计档案整理质量不高，封面内容填写不全，装订不整齐，有的分类、排列不规范，无目录等现象，使整理出的会计档案没有达到规范化标准，更谈不上科学管理。
四是财政部门与档案行政管理部门缺乏必要的沟通与合作。由于会计委派制是近些年来新型的管理模式，其业务主要接受同级财政部门的监管。然而从其成立至今，无论财政部门还是档案部门都没有对新管理模式下会计档案的管理作出具体的要求和规定，档案部门也没有主动地介入其中进行业务指导与监督。财政部门只强调会计业务规范与否，而对会计档案规范与否少有问津，使会计委派制下的会计档案基本属于“失控”状态。
五是会计档案管理制度不完善。制度不健全势必造成管理无章可循。不少会计核算中心并没有制定较为完善的会计档案立卷、归档、保管等制度，对会计档案的归档范围、归档时间，整理标准，移交等问题没有作出具体的可操作性强的规定。只突出强调了会计业务工作，忽视了会计档案管理，没有把会计档案规范化管理纳入会计人员岗位责任制中，也没有配备专人管理会计档案。
针对会计管理体制改革给会计档案管理带来的问题，笔者认为应强化以下方面工作：
一要加强会计档案管理，理顺会计档案管理体制。实行委派制管理的会计档案，应严格按照《档案法》、《会计法》、《会计档案管理办法》等有关规定，明确会计档案的所有权是委托单位，将委托单位的会计档案整理规范，在核算中心暂保管一年，期满后编制会计档案的案卷目录，连同打印出的纸质会计档案和存储会计数据的磁介质会计档案，向委托单位的档案机构移交。
二要加强会计人员岗位培训，提高会计档案的案卷质量。会计人员是会计档案整理的第一责任人。会计人员对会计档案规范化整理的熟知、熟练程度，决定了会计档案案卷质量的高低。因此，必须将会计档案管理及操作技能的培训，纳入会计人员岗前培训，从会计档案整理的基础业务学起，使其熟练掌握会计档案管理的基本知识与操作技能，进而从源头上做好会计档案的整理规范工作。
三要让财政部门与档案部门共同加大对新会计管理体制下形成的会计档案的监管。结合实际，联合制定包含新会计体制下会计档案工作内容的《会计档案管理实施细则》，进一步细化会计档案的分类、组卷、排列、编页、案卷目录、装订、移交等操作规程。在各项会计业务工作检查中，将会计档案的规范化管理纳入其中，加大对会计工作整体性和连续性的检查与监督。
四要完善会计档案管理工作的各项规章制度，严格办理会计档案移交手续。实行会计委派制的地区和部门，除了建立会计档案立卷、归档、安全、保密等管理制度外，还应根据《会计档案管理办法》、《会计电算化工作规范》并结合实际，制定出会计档案的归档范围、归档时间、分类大纲、保管期限表、移交时间等，确保会计档案收集的齐全完整。在向委托单位移交档案时，交接双方的监交人、会计、报账员、档案员应同时办理交接手续，加盖公章，清点会计档案是否齐全完整、账目相符，案卷整理质量是否规范。交接凭据应一式三份，双方单位各自保留一份，存档一份。
