一、内部控制与公司治理的关系分析
有效的内部控制可以规范会计行为，保证会计资料真实、完整；防止并及时发现、纠正错误及舞弊行为，保护单位资产的安全、完整；确保有关法律、法规和单位内部规章、制度的贯彻执行。有效的内部控制应当能够维护所有利益相关者的合法权益，而不是维护某一类或少数利益相关者的权益。内部控制和公司治理不能割裂，需将内部控制纳入公司治理的路径之上。公司治理机制有效，才能保证不同层次控制目标一致性，公司治理是内部控制系统得以运行的条件，又是内部控制有效运行的保证。
二、基于公司治理的内部控制现况
我国内部控制目标过于简单往往单从经营角度出发而很少从治理层面来考虑，因而其更多的是关注合规经营目标，而很少关注经营效率目标，其目标仅仅局限于查错防弊、会计资料的合法和保证业务的有效进行，而并没有把战略性考虑、营运的效率和效果等包含在内。
我国内部控制的研究范围一般只考虑经营层面上的内部控制，而很少关注治理层面上的内部控制。内部控制研究组织、研究人员主要是会计、审计组织和部门，目的主要是为了在财务审计时提高审计效率，其范围更多的是放在对企业一般员工和中层管理者以及企业各种物质资源的管理控制上，很少把对高层管理人员的控制纳入整个控制系统。
所谓“内部人控制”就是一个企业由不拥有股权或者拥有很少份额的内部人——经理人员事实上或依法掌握了企业的剩余控制权(甚至剩余索取权)，其直接后果是管理当局以牺牲股东的利益来获取自身利益的昀大化。在我国内部人控制正是数十年放权让利的后果，内部人控制的必然结果是相当比例的实际利润以工资、奖金、福利和其他形式变成了管理人员和职工(特别是高管理人员)的额外收入，被记入了企业成本。
三、由公司治理角度分析我国上市公司内部控制失效原因
上市公司股权的过于集中使得大股东在公司的决策中一言九鼎，“股东大会”蜕变成“大股东会”，导致中小股东权益失衡，不足以影响上市公司的决策行为，决策的利益倾向性往往是大股东的利益高于上市公司的利益。股权结构的第二个特点是国有股的产权不明晰。虽然上市公司的国有股产权归国家所有，但不论是国家还是国有资产监督管理委员会都只是人民代理人，并不是真正的委托人，这些上市公司“出资人”缺位，产权不明晰，使得上市公司健全内部控制的效益成为“公共产品”，其外部性致使上市公司内部各博弈方都不愿为内部控制的有效性做出努力。
1.董事会独立性不够。董事会的独立性缺乏主要是指董事会相较与大股东、经理层之间的独立程度不够，相较与大股东而言，大股东绝对掌握公司的控制权，操纵着董事会。
2.监事会未能很好发挥监督作用。在实践中，由于董事会有决策权，董事长是公司的法人代表，这就使得仅具有部分监督权的监事会实际成了董事会之下的一个机构。
外部治理机制主要包括债权人、供应商、雇员、政府和社区等与公司利益相关者的治理，外部治理机制的不健全是造成我国上市公司内部控制失效的重要原因。
1.相关法律监管缺失。我国关于上市公司高管权力监管以及大股东占款方面的法律建设相对滞后，对于在内部控制方面犯有严重过错的高管及大股东也缺乏追究责任的法律依据。
2.政府角色的双重性。由于我国上市公司的大股东大多是国家或政府，于是政府作为宏观经济管理者与监督者的职能与身为微观经济的被监管者职能产生了冲突。
综上所述，不合理的股权结构、不明晰的产权界定是我国上市公司内部控制失效的根本原因，内部治理机制的形式化则是内部控制失效的直接原因，外部治理机制的形式化是重要原因。
四、完善公司治理下的内部控制的思路
从我国公司治理现状来看，董事会在公司管理中居于核心地位。要想发挥其在内部控制中的核心作用，仅仅依靠少数独立董事的作用是不够的，为了进一步强化决策计划的可行性论证，强化内部监控，必须在董事会下设专门委员会，如审计委员会、薪酬委员会等，以便有效发挥董事会的作用，从而理清管理权限。
内部控制系统的设计、监督机构的安排和运行效果非常重要，它直接决定了内部控制的成败。企业内部控制的设计应该交由有丰富会计和管理经验、对企业情况非常熟悉并且具有相对独立性的人或者机构，并广泛征求各机构意见。不同机构在企业内部控制中发挥不同作用，形成各自之间的制约。企业必须指定机构定期或不定期的进行内部控制的检查，监督内部控制的政策和程序是否得到有效执行，是否产生了应有的效果。
业绩评价是激励与约束机制的基础，无论是内部控制还是公司治理，都非常重视激励与约束。只有对经营者的业绩进行评价以后，才能根据其业绩的好坏进行奖惩。企业应根据其所处行业特点、生产经营性质和规模以及组织结构，设计一套适宜的业绩评价体系。
企业尤其是上市公司一般只对外披露财务会计信息，虽然注册会计师的审计中会对企业的内部控制进行评审，但一般注重内部会计控制，并且由于审计的时间、范围和技术的局限性，企业内部控制情况并未得到充分的了解和揭示。为了提高企业加强内部控制的意识和提高其信息质量，企业有必要在进行内部控制的自我评估后，向社会公开披露内部控制信息。在内部控制报告中，应该包括企业内部控制的依据、内容、方法、报告涵盖的时间以及一些必要的保证等内容。董事会有必要在内部控制报告上签字盖章作以保证。
