根据国际内部审计师协会的定义，内部审计是一种独立、客观的保证和咨询活动，其目的在于为组织增加价值和提高组织的运作效率，它通过系统化和规范化的方法，评价和改进风险管理、控制和治理过程的效果，帮助组织实现其目标。内部审计是审计监督体系中一个重要的组成部分，其作用丝毫不逊于外部审计，发现震惊世界的“世通”丑闻的首要功臣就是平时不为人瞩目的单位内部审计人员，它也进一步引起了人们对于内部审计的关注，如何强化内部审计的职能作用，加强单位内部控制和风险防范成为当前讨论的热点问题。
内部审计作为医院内部自我约束机制的重要组成部分,已越来越引起医院管理者的重视。医院内部审计具有监督、评价、控制和服务四种主要职能。
一、监督职能。医院内部审计监督就是监察和督促医院内部人员在其授权范围内有效地履行其职责，以保证医院的各项活动在符合医院内部的方针、政策、程序、政府的法律条例以及一般公认的管理原则的正常轨道上运行。
二、评价职能。医院内部审计的评价是指医院内部审计人员依据一定的审计标准对所检查的活动及其效果进行合理的分析和判断。为实现医院目标所从事的一切医疗、管理活动，都是评价的对象。例如评价国家相关法律法规的遵守情况、卫生系统和医院部门政策遵守情况、医院发展目标和财务计划的遵守情况、业务活动的预算和财务预算的遵守情况、医院制定的各种程序标准的遵守情况、医院签订的各类合同的遵守情况、医院的医疗收费标准及药品招标采购是否遵守卫生系统收费标准和相关审批程序情况等。
三、控制职能。控制职能是指内部审计作为一种管理控制，通过医院审计人员独立的检查和评价活动，衡量和评价其他内部控制的适当性和有效性的功能。医院内部审计是医院内部控制系统的一个重要组成部分，与其他控制形式相比，它更具全面性、独立性、和权威性，它是对其他控制的一种再控制。可以说医院审计部门是医院内部一个重要的具有管理性质的职能部门。
四、服务职能。服务职能部门是指通过对被审查活动的分析、评价，向医院各科室提供改进工作的建议和咨询服务，从而医院内部各科室有效地履行其职责，提高其工作质量的功能。随着新医改方案出台及医疗市场不断完善，对内部审计的要求不断提高，医院内部审计已不能只停留在监督的角色上，而必须扩大自身的审计范围，发挥内部审计对医院经济工作的综合监督职能，并向效益管理延伸。应该强调的是，审计不是最终目的，它只是一种手段。内部审计工作的最终目的应该是帮助和促进医院各职能部门提高其经营管理水平与效率，实现监督与服务并举。
医院内部审计的作用，大致可归结为两个方面，即防护性作用和建设性作用。
一、防护性作用。防护性作用是指通过内部审计的检查和评价活动，可以揭露和制约医院各种不道德或不规范行为的产生，防止给医院造成各种不良后果。防护性作用主要表现在以下方面：
1、为医院建立健全有效的内部控制提供合理的保证，避免因管理和控制的缺陷带来各种损失。揭露和制止已经发生或正在进行的贪污舞弊和欺诈行为。医院的一切业务活动必须受法律和行政法规的约束，必须依法组织业务活动，正确处理医院与国家、病人和职工的利益关系。因此，医院审计部门通过常规审计，对财务收支及有关经济活动进行监督，可以增强医院领导和职工的法制观念，揭露、抑制违反国家法律、行政法规的行为，严肃财经纪律，建立良好的医疗业务活动秩序，促进医院合法进行医疗业务活动。
2、保证呈送给医院院委会或董事会据以决策的财务和业务信息是真实的、准确的、完整的，避免因错误的信息而导致决策的失误。在激烈的市场竞争中，医院面临着挑战，为了生存和发展，内部审计要以医院整体利益出发，发现问题、分析问题，并解决问题，及时为领导班子决策提供可靠的经济信息和政策依据。
3、保护医院资产的安全与完整，并为经济地、有效地利用资源提供保证，防止损失和浪费资源的现象出现。
4、保证医院的方针、政策、指示和命令能够有效地得到贯彻执行，遵守政府的法律法规和行业标准规范，有效地履行合同，维护医院的社会声誉。
二、建设性作用。建设性作用是指医院通过对被审查活动的检查和评价，针对管理和控制中存在的问题和不足，提出富有促进性的意见和改进方案，从而协助医院改善经营管理，提高经济效益，以最好的方式实现医院的目标。建设性作用主要表现在以下方面：
1、督促被审计科室建立符合成本效益原则的内部控制制度，促进医院现代化管理水平的提高，使实现目标的各种活动都得到有效的控制，杜绝实际和潜在的管理漏洞。
2、针对医院控制系统的缺陷，提出符合成本效益原则并且切实可靠的控制措施，使已经达到有效控制目标的控制系统的控制成本最低。
3、推荐更经济、有效的资源使用方法，帮助医院管理者优化资源配置，扩大经营成果，提高经济效益，增强医院的竞争能力。
4、促进医院审计人员不断提高业务素质，为更好地履行他们的职责，实现医院的目标做出更大的贡献。
内部审计促进了卫生事业的健康发展，提高了医院的经济效益，维护了医院各种规章制度的执行。
