《企业会计准则-投资》规定：长期股权投资采用权益法核算时，投资企业的初始投资成本与应享有被投资单位所有者权益份额之间的差额，作为股权投资差额，按一定期限平均摊销，计入损益。在母公司编制合并报表时，母公司对子公司的长期股权投资与应享有的子公司所有者权益之差在合并价差中反映。随着母公司对股权投资差额的摊销，反映在合并报表上的合并价差会不断减少。这种减少是通过母公司抵销一部分对子公司的投资收益来实现的。这样处理必定造成母公司账上反映的对子公司的投资收益与子公司账上反映的属于母公司的收益不相等。当母公司编制合并报表抵销内部投资收益时，就会产生抵销不净的情况。
为什么会出现这种情况呢？若把母子公司当作一个整体来考虑，母公司对子公司投资所产生的股权投资差额，相当于母公司购买一项资产时产生的溢价或折价，在资本市场比较成熟的条件下，其在本质上与商誉类似，只是股权投资差额产生在控股合并的控方与被控方都继续存在时，而商誉产生在被控方被吸收且丧失法人资格时。所以，股权投资差额也应当如商誉一样，由未来的收益予以补偿。可见，《企业会计准则-投资》的规定是合理的。但是，合并报表是以各会计主体的单独的会计报表为基础编制的，子公司单独编制的会计报表，只对自身本期经营损益进行反映，无需考虑母公司因投资于子公司而产生的股权投资差额的摊销。
由上述可知，造成母公司编制合并报表抵销内部投资收益时抵销不净的原因是，母子公司分别从各自的会计主体的角度出发进行了不同的会计处理。所以，母公司在编制合并报表时，应当对子公司未考虑的而从整个集团角度应当考虑的股权投资差额进行补记摊销。补记摊销后对子公司利润的影响不用再调整子公司期末的盈余公积的计提，只需调减利润分配表上的未分配利润项目。抵销分录为：按母公司当年摊销的股权投资差额，借记“管理费用”科目，贷记“未分配利润”科目。这样正好把子公司利润分配表上的未分配利润抵销为零，实现了合并资产负债表中的未分配利润与合并利润分配表中的未分配利润数额相等。在连续编制合并报表时，对于以前各期子公司未摊销的整个集团的股权投资差额无需单独编制抵销分录，因为子公司以前未摊销的股权投资差额会累积显示在利润分配表中的年初未分配利润里，因此，可以和该表中的未分配利润在编制统一抵销分录时进行抵销。
