明末清初，闽、粤的福佬人与客家人开始向台湾较大规模移民。当时生产力水平低下，民众在向台湾移民的过程中面临种种风险，需同自然搏斗，同土著搏斗，同其他族群搏斗。在残酷的现实面前，他们的心灵寄托往往是冥冥中的神明。因此，在奔向陌生的远方时，他们也往往随身携带着家乡的神像，以求得到神灵对他们的庇佑。客家人是除福佬人外，向台湾移民的第二大族群。伴随着粤东、闽西客家人移民台湾，客家民间信仰也随之漂洋过海到台湾。客家信奉的神明多而庞杂，其中以三山国王、定光古佛、义民爷、法主公等信仰最为兴盛。而三山国王信仰又曾被认为是客家人特有的信仰，在台湾客家人中有着巨大影响。
三山国王信仰是从早期的自然崇拜发展而来的。古时科学技术落后，人们往往不能有效的抵御各种自然灾害，在彷徨无助中，只好求助于各种超自然的力量，即寻找各种特别的自然事像，以求得它们来保护自己。三山神崇拜就是源于这种普遍的心理，《潮州路明贶三山国王庙is?记载：“考潮州西北百里有独山，越四十里有奇峰曰玉峰。峰之右有乱石激瑞，东潮西惠，以石为界。渡水为明山，西接梅州，州以为镇。越二十里有中山，其地名霖田……当隋时失其甲子，以二月下旬五日，有神三人，出中山之石穴，自称昆季，受命于天，镇三山，托灵于玉峰之界石，因庙石焉。地旧有古枫树。降神之日，树生莲花，绀碧色，大者盈尺，咸以为异。乡民陈姓者白昼见三人乘马来招己为从，忽不见。未已，陈遂化。众尤异之。乃谋于中山之麓，置祠合祭。前有古枫，后有石穴，水旱疾疫，有祷必应。既而假人以神言，封陈为将军，声灵日著，人称化王。共尊为界石之神。”从这段文字中，可以得出三位神人原本是独山、明山、巾山三山间的界石，是粤东土著居民自然崇拜的一种。他们希望自己创造出的三山神能“水旱疾疫，有祷必应”，“淫雨害稼，祷于神而霁”，发挥着“人畜兴旺，五谷丰登，住区安全”的社神功能。
三山神原只是承担着“人畜兴旺，五谷丰登，住区安全”的社神功能，后渐渐成为能显威助战，克敌制胜，有功于国家百姓的“多面神”。这种转变是社会需要的产物，特别是民众需要的产物。唐元和十四年（819年)，韩愈出任潮州刺史，其在任时间虽仅只八九个月，但对潮州的发展产生了深远而巨大的影响。曾为潮州淫雨害稼樯而祈助于三山神，“置立室宇，备具服器，奠飨以时”。后雨停了，农业获得了丰收。他派地方的长者“谨选良月吉日斋洁以祀神”，并亲自撰写祭祀的神文（《祭界石神文》）这样三山神就获得了官方的认可，由民间私祀的小神上升为地方的显神。后来移入粤东的客家人和福佬人也接受了三山国王信仰，并在世代传承中不断加工、渲染三山神的形象，直至其成为后来粤东民众信奉的众神中最显要的一位地方神。
作为地方主要神灵，侍奉三山国王的庙宇分布广泛，数量极多。据《潮汕庙堂》不完全统计，目前已知的三山国王庙超过200座。其中有一定规模和影响力的是揭西霖田祖庙、饶平鸿埕大庙，潮阳棉城蛇脐古庙和澄海银砂古庙。其他仍然香火旺盛的还有六十余座。
随着粤东人民移民台湾，三山国王信仰和崇拜也传播到了台湾。台湾的三山国王信仰是与粤东民众移民台湾、开发台湾交织在一起的。
大陆民众移民台湾，首要面临的问题是不可预测的自然灾害。据《台湾府志》载：“茫茫大海，何问其道途？……船苟遇飓风，北则坠于南风气，一去不可复返；南则入于万水，朝东皆极险也。。为了消除这种心中的恐惧，寻求精神上的寄托，他们将“多面神”三山神携带上船，希望在他的庇佑下平安渡过台湾海峡。这些少数的幸运儿千辛万苦渡过险恶的海峡后，所要面对的不是一片乐土。当时台地还未得到开发，四处瘴疠弥漫，瘟疫肆虐，随时会威胁着人的生命。《海上见闻录〉卷二载：“初至，水土不服，疫疬大作，病者十之八九，死者甚多。”府志也载：“水土多瘴，人民易染疫病。”?在科学技术落后，医疗条件又缺乏的艰苦条件下，人们往往只能向他们所熟知的神灵求助。因此，粤民在东渡台湾时，自然迎接从小到大就极为尊敬的三山神，常相左右，祈求能获得他的保护。
另外，因为粤东客家先民东渡台湾的时间较晚，西南部平原的肥沃之地已为福佬人所占，他们只能向中北部的丘陵地带开垦。这些地方在当时大多是尚未开化的原住民居住地，原住民为了自身的生存，以及在猎人头祭祀习俗的影响下，经常“出草’，即割人头。粤东客家先民常常成为他们猎取的对象。为了求得生存，粤东客家先民就组织乡勇，建造木栅、隘寮以自卫，并请来三山国王试图以“山神”来压制“山番”。台湾作为一个移民的社会，先来的垦拓者（福佬人）为了维护自己的利益，必然排外或仇视后来者（客家人)，那么在福客交界之地常常发生冲突就在所难免。身为弱势群体的客家人，只能寄希望于武功显赫、扶弱除恶的三山神，希望在福客冲突中能得到三山神之助，所以许多三山国王庙分布于内山或福客交界之处。有鉴于此，我们也不难发现三山神虽为客家人的保护神，但大多数三山国王庙却分布在非客家或福佬客的地区。
粤东移民离开家乡奔向未知的台湾时，随身携带的是本地最威灵显赫的三山神，希望神灵能助自己应对前途未知的危险。据不完全统计，全台现有奉祀三山国王或奉做主神的庙宇400多座，其中较有规模的130多座。在这130多座三山神庙中，历史最悠久的可数彰化县湖溪镇霖肇宫。据《荷婆仑霖肇宫志》载，明万历年间该宫自广东霖田祖庙分香火而来，是三山国王开台祖庙，辖区除跨湖、埔心、永靖及田尾四乡二十一村外，分庙分香遍及全台，是客家信众的善信圣地。该宫主神是巾山、明山、独山三位国王，以及神农大帝、财神爷诸神。为全台及大王角、二王角、三王角、祖牌角、神农大帝角共同奉祀；规模和影响较大的是宜兰县冬山乡大兴村的大兴振宫，据说该庙始建于康熙二十三年（1684)，由垦首陈振福和三十六位族人由台北到此拓垦兴建的，是宜兰地区历史最悠久的庙宇。1998年，以该庙为中心创立了“台湾三山国王宫庙联谊会”，目前全台有133座庙宇参加；始于康熙五十年（1711)至雍正四年（1726)完工的员林广宁宫，则是员林地区历史最为悠久的庙宇，该庙辖有武东保、武西保、燕雾下保等七十二庄，香火鼎盛。这三座宫庙规模大，信众数量大，分庙遍布全台，在台湾拥有很大的影响。
三山国王之大国王“善医”、二国王“善风水地理”、三国王则有“神威显赫”的武功，三位国王能解决客家移民在开发台湾过程中遇到的各种实际问题，保佑他们顺利开展拓垦事业，达到了了他们求平安健康的期望。因此，在移民开发台湾的进程中，粤东的三山神随移民漂洋过海来到台湾，继续受到粤东移民的崇祀，这便是台湾同胞信仰三山神的渊源。台湾民众对于从祖籍传来的乡土神非常看重，在民间信仰中有一种“祖根”情怀。连横认为：粤籍台湾人祭祀三山国王，漳籍台湾人祭祀开漳圣王，泉籍台湾人祭祀保生大帝，除保平安外，“是皆有追远报本之意，而不敢忘其先德也”?。可以这么说，三山国王信仰与其他信仰一样，都是大陆移民及其后代与祖国沟通的纽带，正是这些信仰使得他们身在台岛，心系祖家。在人为因素而阻隔两岸交往的时期，人们无法回乡探亲，只能转向神的世界，寻求精神的寄托，台湾同胞对大陆文化的历史认同往往通过进香谒祖活动曲折的折射出来。如在日据时期，日本在台湾开展“皇民化运动”，企图从文化上征服台湾人民，但台湾同胞心怀祖国，除开展各种形式的反殖民运动外，各地神庙冲破重重阻烧，想方设法到大陆祖庙去进香谒祖，以此表达两岸一体，同根同祖的民族情感。若实在无法成行，则是通过向西遥祭的形式，寄托对大陆故土的深深眷恋之情。在这一时期，台湾同胞曾开展“拜妈祖，怀祖国”活动，每逢妈祖诞辰，各地妈祖庙就组织“绕境弘法”活动，有的则组织进香团，绕道香港、日本前往妈祖祖庙谒祖。两岸关系正常化以来，更是有数以百万计的台胞横穿台湾海峡到大陆进香谒祖。以三山国王信仰为例，近20年来，台湾有“三山国王庙”寻根问祖团及散客近10万人次到饶平揭西祖庙寻根访祖。仅在2006年，台湾及海外就有25个团体。从历史上看，两岸民间信仰在凝聚两岸民族情感维护两岸统一方面发挥了相当大的作用。两岸要实现一统，文化的认同是重要基础。可以说，每一次的进香谒祖的活动，都能吸引大量的信仰者参加，“祖根”情怀通过民间信仰活动得到进一步深化，并沉淀于两岸民俗文化的交流中。
除了继续推动目前正在进行的两岸民间信仰宗教活动和民俗活动外，如何借助两岸民间信仰组织和宫庙，把两岸的文教交流与合作加以向前推动是非常重要的。两岸文化与教育的交流和合作，所需做之事还很多，如组织两岸大中小学教师的互访活动，交流经验，进行合作；组织两岸大中小学的学生，开展互访活动，举行各类的益智比赛，增进了解加深友谊；加强两岸的学术交流，定期举办各类相关的研讨会，创造一种互学互帮的学术氛围等等。其中较为成功的当属研讨会的定期召开及相关成果的出版。如在闽台都有非常大影响的三山国王信仰，对于三山信仰的研究两岸很早就展开了。对于三山国王研究较早的是台湾，他们在20世纪三、四十年代业已开始，其中，也有日本学者，研究论著也较多。邱彦贵先生《台湾国王研究目录》，共收集1934年至1993年的研究文章68篇，其中有4篇是日本学者的。68篇文章有综合研究的，有从台湾史、移民史、民俗学、人类学等多角度去研究的。去年10月，台湾中州技术学院与彰化县客家文化协会、揭西三山国王祖庙联谊会共同主办了“2009年海峡两岸三山国王信仰与民间合作交流研讨会”，就三山国王信仰的形态、祭祀类型、聚落信仰与民间信仰交流展开讨论，促进了两岸三山国王信仰的交流；大陆方面，1992年10月4日至5日，在粤东揭西县召开了首届“揭西县三山祖庙学术研讨会”，许多学者做了精辟的学术报告。会后，台湾一些学者陆续到三山祖庙参观、咨询研讨会情况、交换资料，开启了两岸文化学术上的交流与合作。为了巩固“三山神学术研讨会”的成果，增进海内外学术交流，为进一步开展三山神学术研讨会创造良好的条件，由贝文喜、杨方笙经过持续六年的时间，把研讨会的论文和征集的资料，汇编成《“三山国王”丛谈》一书。三山国王信仰的学术研究不仅是潮汕文化的一部分，也是台湾文化的一部分，是与中国传统文化有密切联系的组成部分。弘扬三山国王文化将加深两岸同胞的了解和亲情，为弘扬中华文化，实现两岸文教共同发展，发挥积极作用。
开展三山神信仰研究只是两岸文教交流的一方面，还要进一步推进和加深两岸人民的交流，其中又以加强两岸青少年的交流尤为重要。1998年由厦门大学主办，台湾东海大学协办的海峡两岸大学生“闽南文化研习”夏令营在厦、漳、泉闽南三角举行。闽台12所大学105位学生，对闽南地区的经济、文化、历史进行了历时10天的的全面考察和研习。他们考察厦漳泉的经济开发区、学校和名胜古迹，探寻“海上丝绸之路”，观看闽南地方戏曲表演，听取关于闽南文化的学术讲座，进行闽南文化学术研讨，举行文娱活动等等。通过这些活动，加深了台湾学子对大陆政治、经济、文化、社会、教育等各方面的了解，增进了亲情和友情。各种形式的夏令营是两岸高校为加深两岸学子彼此了解、认识而搭建的平台，两岸民间信仰组织可以借鉴两岸高校办夏令营的经验，以民间信仰为依托，组织学生到彼此宫庙参观访问，了解宫庙当地的历史、风土人情，既为台湾学生了解大陆提供一个平台，也为大陆学生了解台湾提供一个机会。
近年来，两岸学者提出了“五缘文化论”即地缘、亲缘、神缘、业缘、物缘，民间信仰是神缘中的最重要内容，它有着人群覆盖面大、流行地域广等特点，对于加强两岸同胞的亲情，加强两岸文教的交流，都将发挥自身独特的功能，并可取得显著的效果。
