一、 监督和揭示功能
监督功能是国家审计的基本功能。审计监督就是检查被审计单位在经济活动中是否按授权或既定目标履行经济责任，有无弄虚作假、违法违规、损失浪费行为，并督促其采取措施加以改进，促使其依法行政、管理、经营。具体来说，审计的监督功能表现在：严肃揭露和查处重大违法违规、经济犯罪和腐败问题，严重侵害人民群众切身利益的问题，重大铺张浪费、国有资产损失、资源毁损和环境破坏等问题，以及对重大民生热点问题的审计监督，对公共财政、公共服务、公共管理、公共政策、公共环境等方面的审计监督，对事关人民群众切身利益的重大事项的审计监督，促进各项惠民政策的全面落实，切实维护民生。对宏观经济政策执行的审计监督，及时揭示和反映政策执行中出现的新情况新问题，严肃查处有令不行、有禁不止等行为，确保中央决策和部署落实到位。同时，国家审计作为维护行政责任的重要环节，强化公共支出审计监督，能够促进政府正确履行法定职责，提高行政行为的科学性、有效性，维护法律的严肃性。国家审计机关通过审计，促进政府及其部门加强经济管理，完善财政资金的管理和使用，为经济发展营造良好的法治环境，促使其依照行政许可法的规定，不乱收费，不违规使用收取的资金，规范执法执纪行为，加强对经济管理和执法部门的审计检查，重点检查执行财经法纪和收费政策情况，促进其依照法定职权履行职责。同时，审计监督可以大大降低政府行为的盲目性和利益的狭隘性，大大减少政绩工程、豆腐渣工程等公共资源的浪费行为。而且，国家审计加大对法治政府和服务型政府建设情况的关注力度，促进行政权力法制化、规范化。
作为国家治理中的“免疫系统”，国家审计发挥的另一个功能是对信息的收集、加工和再提供，也就是揭露功能。国家审计通过查错纠弊，揭露问题，抵御各种对国家治理过程中的侵害，改进国家治理。国家审计保障公众参与国家治理的一个重要手段就是实行审计信息公开，审计机关应认真贯彻落实《政府信息公开条例》，通过透明审计行为，公布审计结果，扩大公众的知情权，为公众参与国家公共领域治理活动提供可靠的信息、客观的评价标准等，充分发挥审计“免疫系统”功能。
二、 评价和预防功能
作为国家治理的“免疫系统”，国家审计发挥的另一个功能是评价功能。在履行监督职能的同时，审计机关还可以对某些管理职能履行情况作出评价，如被审计单位经济效益的优劣、内部管理制度是否健全、有效等，并提出改进经营管理的建议。也就是说国家审计主要是审查财政收支、财务收支及其有关的经济活动是否发生，是否遵循国家有关规定，有关资料是否如实反映，并衡量其经济效率和效果，通过审计财政、财务收支的真实性、合法性和效益性，最终达到维护国家财政经济秩序、促进廉政建设、保障国民经济健康发展的目的。国家审计通过评价功能推动政府及时改进行政管理制度，审计评价结论也已成为社会各界关注的焦点。
作为国家治理的“免疫系统”，国家审计发挥的另一个功能是预防警示功能，即通过观察现状、收集信息、总结教训和把握规律，最大限度地预测未来可能出现的问题，并提前采取有关措施，以消除未来可能产生的偏差。维护国家治理的安全是国家审计的首要目标。在当前的世界经济政治环境下，各种公共危机出现的频率逐渐增加，如自然环境危机、经济危机、安全危机等。虽然这些都是突发性事件，但其背后都是由于某些未引起人们重视的深层次原因而引发的。这一趋势就对国家审计的功能拓展提出了新的要求，即国家审计应具备预见功能。 国家审计的预见功能表现在：揭示和反映经济运行中突出矛盾和潜在风险，关注经济转型过程中可能出现的各种风险和问题，保障经济社会健康安全运行；关注国家财政安全、金融安全、国有资产安全、民生安全、资源与生态环境安全、信息安全，揭示存在的风险，提出防范和化解风险的对策性建议；同时，可以提早反映财政和经济社会运行中的薄弱环节和潜在风险，维护国家财政安全，这些就是国家审计在国家治理中发挥的的预防功能。
其中，国家审计在拒腐防变方面发挥的作用，更加能够体现其预防警示功能。廉洁是人们对于政府道德的基本要求，是政府及其正当性的根基。只有一个廉洁的政府才能履行好维护社会公正的责任，促进机会均等，保障公民自由权利。而腐败是构建和谐社会的大敌，政治腐败的直接结果损害政治的结构功能，削弱政府的行政管理能力，影响政府的形象和权威，破坏公民对国家的认同感和向心力，甚至造成社会秩序混乱，引起社会成员对政府的强烈不满，从而导致政治不稳定。在经济全球化的背景下，政府廉洁与否还直接关系到国家的竞争力和国际影响力。因此，党风廉政建设和反腐败斗争是当前党和国家的一项重要工作。依照中国宪法、审计法和其他相关法律的规定，中国的审计机关对所有管理和使用公共资金的单位、项目和事项进行审计和专项审计调查，并对地方各级党委、政府、审判机关、检察机关，中央和地方各级党政工作部门、事业单位和人民团体等单位的主要领导干部，以及国有和国有控股企业的法定代表人进行经济责任审计。国家审计作为廉政建设一个重要手段，其一项重要功能就是对权力进行监督制约。国家审计通过对政府经济管理活动的监督，是从源头上防止腐败、维护最广大人民根本利益的有效途径。
三、 建设和服务功能
国家审计在国家治理中发挥的另一个功能是改进功能，即建设性作用。国家审计的建设性功能就是国家审计针对被审计单位或审计事项存在的或潜在的问题、风险等提出改进对策，通过改进建议、对策的提出，帮助相关的被审计单位和部门完善制度、规范管理、防范风险、增进绩效，从而起到堵塞漏洞、防范问题再次发生。而且，国家审计能够通过审计或审计调查，反映某些地区、经济领域、部门的财政财务收支总体情况，检查决策信息的真实性，并及时反馈给决策系统，促进决策系统及时修正决策。在监督政策执行的过程中，及时发现哪些经济主体的行为偏离了宏观调控方向，以及对实现宏观调控政策目标产生什么样的影响，通过要求被审计单位纠正行为，来保证宏观调控政策的贯彻落实，进一步促进政策目标的全面实现。从国家治理的层面来说，
这是国家审计职能进一步延伸和放大，不限于实施监督与发现问题，并提出处理处罚意见，即治标性审计，而且要针对问题及产生问题的体制、机制和制度方面的深层问题，深入剖析其原因，从宏观上提出建议和意见，实施治本性审计。发挥国家审计建设性功能的前瞻性、预防性和预测性作用，即是审计人员充分利用审计归纳分析能力， 关注审计过程中发现的关系民生的教育、医疗、就业、住房、社保等问题， 向国家管理监督机关提供宏观决策依据，使国家审计成为推进民主法治，维护国家安全，保障国家利益，促进国家治理良好发展的有力推动者。国家审计通过揭露问题和对产生这些问题原因进行从现象到本质，从个别到一般，从局部到全局，从苗头到趋势，从微观到宏观的深层次分析，并提出改革体制、健全法制、完善制度、规范机制、强化管理，防范风险的建议，为完善政府治理当好参谋，促进提高经济社会运行质量和绩效，从而推动经济社会全面协调可持续发展。
国家审计在国家治理中发挥的另一个功能是服务功能，政府提供公共服务是国家治理的重点之一。国家审计是提高政府治理效率的重要工具，因为审计机关不仅具有法定的获取相关信息的手段来收集评估所需的各种资料，而且还具有通畅的信息反馈机制，可以向政府高层决策部门报告评估结果，以促进评估结果的应用。通过推进绩效审计，国家审计在查出各类问题的基础上，可以从体制、机制及制度层面分析原因和提出审计建议。国家审计还可以调查收集公众对国家有关政策执行的意见和建议，并反馈给国家治理的决策系统和执行系统，从而实现决策更科学，执行更有效，实现公众间接参与国家治理。同时，国家审计可以进一步完善审计结果公开制度，为民众了解政府职责履行情况、参与国家治理创造条件，促进落实民众在国家治理中的知情权和参与权。同时，国家审计利用其自身职能充分为推进法制、维护社会的公平正义服务，在日常审计工作中要坚决查处违法乱纪和破坏公平正义的行为，为构建法治社会和维护社会公平正义做出贡献。国家审计既监督国家关于缩小收入差距、扩大社会保障等措施得到不折不扣地执行，又能提出完善社会公正的一系列审计建议，促进社会公平公正，为和谐社会的建立服务。
