近年来，随着财政体制改革的不断深入，我国的事业单位内部管理和财务核算的方式发生了较大的变化。我国的事业单位是政府为社会公共服务的主要平台，单位具有公益性的性质，可以直接参与社会事务管理和服务。长期以来，我国事业单位存在着一些信息失真、费用支出失控、预算管理不严等各种突出的问题，所以为了有效的控制事业单位内部存在的一些问题，需要针对事业单位的财政收支行业和内部控制进行有效的评价和审查，从而通过对事业单位内部审计工作的各个环节进行控制，使事业单位的各项工作得以顺利开展。
一、事业单位内部审计控制的重点
1.对经济效益和财务收支进行审计控制
事业单位在发展过程当中所需要的资金，有一部分是由国家划拔的，另一部分是单位为了增加收入自行进行投资的收入，这部分投资的资金由于属于国家资金，所以其投资的安全性和收益是与事业单位的发展和经营管理息息相关的。所以在事业单位内部审计工作中，对单位的经济效益和财务收支是审计控制的重点，因此要想全面的对事业单位的经济效益进行评价，则需要做好以下几点工作。
（1）检查事业单位经验状况，如项目利润完成情况、经营收入情况、合同额等。
（2）检查财务管理和会计核算情况，对企业控制的制定和执行。开支标准的控制、原始凭证的核算及记账凭证编制的检查要更为重视。
（3）检查收入是否入账，财务开支要符合企业财务会计制度的规定，会计凭证要合规，支出要合理等。
（4）检查资金是否安全。有无擅自为其他单位提供担保等威胁国有资产安全，贷款过多的情况
第五要检查事业单位机制改革的情况，防止国有资产流失
2.深化内涵，提高质量
在进行内部审计控制时要以审计单位和对象为中心，以科学发展观为指导，对事业单位的重要决策、执行情况、资金的使用、管理、企业的资产、负债和损益等情况真实性和合法性进行重点审计控制，从而很好的掌握事业单位的决策执行情况。作为事业单位的领导人也要不断的加大力度，建立内部的审计控制和评价体系，从而不断的提高单位内部审计的质量，使资金得到更合理的使用。同时通过内部审计控制和公正的评价，可以为事业单位的发展提供重要的参考依据。
3.提高审计人员的业务素养
当前经济活动十分繁杂，所以在事业单位内部审计控制中，为了有效的保证审计工作的准确性和真实性，需要具有一批较高素质 的审计人员，这样就需要事业单位定期对审计人员进行职业道德和技术能力的培训，从而使其从思想、理论及业务能力等多方面不断的提高，使其具备综合性的知识，成为全方面发展的审计人才。
二、事业单位内部审计控制存在的问题
长期以来，事业单位内部审计控制开展的都不是十分理想，特别是随着市场经济的快速发展，事业单位内部审计独立性差、定位不准确、制度不完善及流于形式等问题则更加突出。
1.独立性差
审计工作的独立性是非常重要的，只有具有独立性后，审计工作才能公正、客观的进行。但在我国事业单位内部审计工作中，审计机构没有独立性，同时由于审计对象和审计工作人员处于同一个利益主体当中，所以很难实现独立性。
2.客观性受到限制
内部审计工作没有缺乏独立性，所以在有厉害关系发生时，往往审计人员会偏向于与个人利益有关的一方，所以使审计工作失去客观性。这也是导致近几年来内部审计工作权威性下降的主要原因，
3.审计内容简单，流于形式
在我国事业单位的内部审计工作往往都是事情发生后进行的被动审计，这样就很难发现审计工作中的问题，也无法跟上经济活动快速变化的需求，所以内部审计工作往往流于形式。
三、加强事业单位内部审计控制的应对策略
1.相关部门领导应引起重视
事业单位领导要把内部审计控制作为事业单位管理的重要工作，成为内部审计控制的坚强后盾。对内部审计控制工作，单位负责人要主动协调和处理各个方面的关系，及时发现单位问题，保证事业单位资金划拨的效果。
2.端正对事业单位内部审计控制的认识
内部审计、社会审计、政府审计共同组成了我国的三大监督主体。最具有主动性的是内部审计，因为审计人员是本单位的职工，因而具有更强的审计及时性。事业单位内部审计控制的工作做的好，能够有效的改善单位的内部氛围。内部审计控制可以通过对各项经济活动的审查、评估和分析，来审计事业单位的主要问题，反应事业单位的真实工作情况，并别提出改进的意见和建议，以不断完善事业单位的内部环境。
3.重点审计内控经济和经济效益
目前我国开展的内部审计主要是三类审计：地质调查经费收支审计；专项审计；现代内部审计等。经笔者分析，第三类审计开展相对较少。内部审计控制真正涉及到公司治理、风险评估阶段有待进一步加强。审计工作应从传统的财务审计转移到经济效益审计，为宏观经济服务。随着内部审计的职能由单一的监督职能向监督、管理与服务多种职能转变，传统的审查已经不适应发展的要求。内部审计控制的重点在于审计和评价的有效性，根本目的是改善经营管理，提高经济效益。
4.建立与审计相关的制度
由于内部审计控制的特殊性，需要有相关的法律法规作为保障。审计署颁布的内部审计控制的规定是目前内审主要的依照条例，政府在条件允许的情况应出台相关法律，既可以明确事业单位内审人员的职责和权限等，也可以提升内部审计控制的地位。此外，关于内部审计控制的制度化、程序化和规范化要引起事业单位的重视，完善管理制度。
5.健全单位内审机制，保障内审的独立性
内审机构的独立性对内部审计控制的效果影响很大，事业单位要确保内审机构有相对较高的地位，确保内审机构对其他部门有监督的权利和义务。
四、结束语
随着财政改革的不断进行，各项经济制度不断完善，事业单位的内部审计控制的重要性显得尤为重要，尽管目前还存着一些问题对内部审计控制的效果有所影响，但随着对事业单位内部审计工作的不断强化，事业单位内部审计控制工作将不断得以完善和发展，分析和评价工作也发挥重要的作用。
