自主科技创新及其风险收益的实现，最终取决于创新主体的创新能力，而资本是自主科技创新的基本前提。根据发达国家的经验，满足科技创新资金融通的主渠道是金融机构的间接融资支持和证券市场的直接融资支持及政府财政税收支持等途径。目前，投入不足己经逐步成为影响和制约我国自主创新能力提升的“瓶颈”。国家发改委发布的《高技术产业发展“十一五”规划》明确提出，要建立健全高技术产业投融资政策体系，国家应主要从畅通高技术产业融资渠道，为高技术产业发展提供良好的投融资环境和金融支持等方面支持自主科技创新。
一、自主科技创新的融资渠道
(一)自主科技创新的财政融资我国自主科技创新领域大多集中在:一是关系国计民生、国家安全和企业发展中的重要领域和问题;二是要解决制约经济社会发展的具有全局性和关键意义的科技问题;三是要在全球范围内抢占科技和经济竞争的最前沿。而这些领域往往都需要巨额的投入，对于一般市场主体是无能为力的，尤其是其中纯粹的基础性的科研项目必须有财政的无偿投入。对于其中的可转化为先进生产力的部分，也需要财政贴息、税收优惠以及国家科技基金的扶持来启动市场化融资手段。
(二)自主科技创新的金融融资
金融资本能够迅速地积聚并集中到技术创新中，促使技术转化为现实生产力和社会财富，并在其中实现自身的获利増值。金融作为市场化融资手段本身就内生于经济发展之中，随着社会经济的发展，与科技创新的结合日益紧密，在发达国家主要表现为技术金融的一体化，美国的表现尤为突出。一是自主科技创新是一个连续不断的过程，企业为主体市场化融资是关键。因此，金融本身的发展构成技术创新发展必要的基础条件。二是技术创新与经济増长之间的紧密关系决定其成为金融发展的重要物质手段与依托空间。三是金融功能与自主科技创新的特点相辅相成，二者都必须接受市场的优胜劣汰。金融的项目筛选功能和监控功能既加强了对自主科技创新的资金预算约束，又促使二者成为市场经济下的利益共同体。依据熊彼特的技术创新学派思想和新制度学派思想，对于技术创新的金融支持系统研究就是从金融制度安排出发，对二者内在关系与机理的研究与探索。
二、自主科技创新的财政金融联动机制的实践考察
新制度经济学派的帕特里克(PfiC)区分了“需求导向”型金融与“供给导向”型金融。他认为“需求导向”的金融发展是经济发展的结果，而“供给导向”的金融发展则是先于对金融服务的需求，起着一定的先导作用。其中，“供给导向”的金融安排有助于实现资源从传统部门向现代经济部门的转移和重新有效配置，从而更好地促进经济増长。该理论假设也为其他经济学家的研究所证明，但其中不可忽略的事实是，“供给导向”的金融安排要么主要发生在政府主导型经济发展中，要么主要发生在国有金融机构。如墨西哥的国有金融机构提供给工业部门的中期贷款和赞助创新及教育，还有韩国、日本等东亚国家的实践也予以证明。
(一)自主科技创新的融资需求自主科技创新的主体是企业。事实上，不管是在创业初期还是扩张发展期，科技型公司都比传统型公司需要更多的资金才能促进其快速的发展。由于研发对资金的消耗、无形资产被夸大与公司的实际市场能力和融资能力脱节以及公司规模化经营、应对竞争者和保持持续的研发能力，都需要持续的资金补充。其中，风险投资真正感兴趣的不是企业初创期的融资而是作为企业成长发展用的融资，因为风险投资主要目标是通过对企业的投资获得长期的资本收益。但对于自主科技创新来说，不论是初创期的融资还是成长期的融资都同样重要，因为自主科技创新是一个连续的过程。根据发达国家的经验，科技创新的融资主渠道是金融机构支持和资本市场支持、政府财政支持等。
由于自主科技创新的风险性，尤其是创新开始的种子期风险最大，成功率不足10%这一阶段的资金来源主要是政府或准政府机构，资金形式是专项拨款或者是风险资本等股本金。但从风险投资的阶段分布来看，美国风险投资主要集中在成长阶段的中后期，约有80%的风险资本投在这个阶段，仅有4一6%左右投向创建阶段，另有14%投资于成熟阶段。而其它的金融支持如商业银行贷款、金融市场融资则更在风险投资之后，集中于科技创新的扩张、成熟阶段，并需要政府财政担保、补贴、政府采购等财税手段的适当配合。美国风险投资业发展的经验与教训还表明：政府扶持的一个很重要方面是针对风险投资的长期资本支持制定出一个好的税收政策，因为风险投资追求高额投资回报率，极易受所得税高低的影响。
(二)国外自主科技创新的财政金融联动机制
1.提供财政资助。1977年美国设立了小企业创业研究基金，规定国家科学基金会与国家研究发展经费的10%要用于支持小企业的技术开发。1982年，美国政府颁布《小企业发展法》规定研究发展经费超过1亿美元的部门，要将财政预算的1.3%用于支持小企业发展。英国也于20世纪70年代推出了“对创新方式的资助计划”，给符合条件、低于25万英镑的小企业项目以1/3—1/2的项目经费补助。加拿大安大略省为鼓励私人风险投资的发展，对向高新技术企业投资的个人投资者给予投资总额30%的补助金。
2.税收政策对风险资本的支持。美国对风险投资额的60%免除征税，其余40%减半征收所得税。1978年和1981年两次下调了长期资本所得税，最高税率由49.5%下降到28%,后又下降到20%1996年6月截止的研究与实验税收减免法，允许公司的I&D支出免交20%的税。该法延长至2004年，并且，小企业投资公司发起人可以享受特定税收优惠。
3.建立多层次资本市场。一是建立创业板。如美国的纳斯达克助推许多中小企业成为企业巨头。1990—1997年间，纳斯达克市场为美国高科技产业注入了近750亿美元的资金，是美国私人创业资本总额的2倍。二是设立创业板市场，与主板市场衔接。如日本东京证券交易所第二部仅要求上市股份400万股以上，新上市公司一般先在第二部挂牌，有了相当不错的表现后才有可能进入第一部。三是为有潜在成长性的中小企业融资开设柜台交易市场等。
三、我国自主科技创新财政金融联动的缺陷与不足
罗纳德。麦金农(RnaldJMckimon)和爱德华肖(EcWadSShw)认为，大多数发展中国家存在着“金融压制”。金融压制主要表现为:金融机构高度国有化，金融市场不发达，商业银行在政府规定的低利率水平下，一方面难以有效地吸收各种闲散资金，另一方面，由于资金使用的低成本而形成的资金供不应求，导致银行只能在政府的控制下，以“信贷配给”方式提供信贷，贷款不讲经济效益，资金的缺乏与浪费并存，严重阻碍了经济的发展。而经济的发展反过来影响了资金的积累和对金融的市场需求，影响了金融的发展。20世纪50—70年代，在绝大部分发展中国家和地区都曾依靠金融部门大量融资来实现政府的发展意图，最终导致金融的逐利本性与市场选择被人为地限制，影响了市场经济内生的増长力量，形成了金融压制。我国作为发展中国家，基本上印证了“金融压制”的存在，伴随“金融深化”的过程，我国自主科技创新的财政金融联动也意味着金融支持的市场化回归。
1.我国科技投入的金融支撑体系主要还是依靠银行贷款，这种融资体制和机制不能很好地适应加速科技发展的资金需求。主要表现为:一是科技投入产出的不确定性与商业银行信贷原则相悖。根据我国商业银行法规定，商业银行实行自主经营，自担风险，自负盈亏和自我约束，银行贷款发放必须遵循资金使用的效益性、安全性和流动性原则。而自主科技创新收益的不确定性増加了商业银行贷款的风险。二是缺乏对创新风险的补偿机制。国外许多国家为鼓励和支持银行等金融机构介入科技领域大都采取了政府担保方式。目前我国还没有专门的科技风险补偿基金或科技贷款担保基金，金融投入风险集中而难以分散转化。而且银行发放科技贷款的利率受到国家的严格管制，这使银行只承担了风险责任，却得不到科技贷款所带来的巨大收益。由此影响了银行在科技领域投入的积极性。三是在我国现有的商业银行体系中，缺乏能适应中小型科技企业融资需求的金融机构。国内外的实践经验表明，企业和为其服务的银行之间，存在着规模对称适应服务的客观规律。遵循这一规律，在我国金融体制的组织结构中，应当建立和发展为中小型科技企业融资服务的小型科技银行。
2.资本市场不完善。对资本市场的税收管理只有零星的条例或临时性的规定，不完整也不够规范;课税覆盖面有限，对一级市场的投资行为、二级市场上的交易差价收入、国家股和法人股的投资所得、场外交易、有价证券的继承和转赠等，缺少税收约束，特别是债券市场和期货市场的税制基本是空白。如对可流通股交易征收交易印花税，但对法人股交易、期货交易以及基金交易不征收交易印花税，而且印花税的税率也不太合理。如没有根据持股的时间长短、交易额大小等，设置差别税率。税收政策导向不明显，对个人投资者从上市公司分配到的收益要征收所得税，而对买卖差价收入未征税。同时，我国资本市场还存在重复课税现象，如个人股息、红利所得是从税后利润中支付的，还要按20%的比例税率上缴个人所得税，影响了股东对股票长期持有的积极性，不利于鼓励长期投资。
3.本土风险投资发展缓慢。中国风险投资研究院2007年初完成的《2006年度中国风险投资调研报告》显示，2006年中国新募集的风险资本中，有687%的资本为海外资本，中国内地资本仅占31.3%。本土风险投资机构近九成的本土风险投资机构具有政府或国有企业背景，多数是以各地区科技部门为主体出资成立的，具有准政府部门特征的投资机构。这种“政府主导型”发展模式，无法适应“风险投资业”高度市场化、高度竞争性、快速反应的行业特征。
一是财政拨款和银行科技开发贷款为主体的风险资本规模小，财政资金的公共性与有限性不适合风险投资的市场本性。甚至有些地方政府以财政资金或银行贷款作为风险资本投巨资扶持高新技术项目以带动地方经济发展，违背风险投资要求。二是政府作为主要出资方的同时，还参与投资的运作与管理，缺乏风险意识和效率意识，而且易受政策影响，如帮助处于困境中的国有企业等。在缺乏规范管理和有效激励的情况下，还容易引发个别政府官员的投机行为，如进行证券或国债投机操作。
4政策性金融机构亟待改革。我国1994年成立国家开发银行、中国进出口银行和中国农业发展银行等三大政策性银行，十几年来，对实现国家专业银行向现代商业银行转变、贯彻国家产业政策、促进机电产品出口、支持国家粮食收购和地区经济发展都发挥了重要作用。但随着市场经济发展，政策性金融机构的运行与发展受到质疑。事实上，政策性金融机构在一定程度上具有国有金融机构的特征。按政府的意志办事，财政提供担保并承担最终损失。政策性金融机构不承担任何经营风险和经营成本由此导致道德风险严重，经营业绩欠佳、市场挤出效应影响公平竞争等等问题。但从我国国情出发，市场经济仍不完善，还存在运用政策资源，提供必要的政策金融支持的空间，但政策性金融需要进一步改革和完善，以防止其向金融压制转变。
四、完善我国自主科技创新的财政金融联动机制
(一)完善政策性金融贷款，以财政杠杆引导金融资金的流向
1.完善财政支出对金融的推力作用。对于国家想扶植的企业、想扶植的行业，由财政来进行一定的风险补偿，如利息补贴，提高借款人承受力。或提供担保把一定的金融资金引导到财政想发展的行业或企业当中来，促进金融资金流向科技行业，实现科技创新。政府可以建立企业自主创新的贷款风险补偿机制和担保基金，引导商业银行开展对自主创新企业提供差别化、标准化的金融支持。
2发挥政策性金融机构的作用。据央行的规划，政策性银行将尽快转变为有竞争力的开发性金融机构，在提供国家财力许可的金融性服务的同时，更好地为包括西部地区在内的产业结构调整、基础设施建设和实施走出去战略提供持久的金融服务。在政策性银行转变为开发性金融机构的思路下，为促进自主科技创新的国家发展战略，政策性金融机构应强调其贯彻执行国家政策意图的引导者作用和促进商业资金进入国家优先发展和导向领域的催化和媒介作用。政策型银行应对国家重大科技专项、国家重大科技产业化项目的规模化融资和科技成果转化项目、高新技术产业化项目、引进技术消化吸收项目、高新技术产品出口项目等提供贷款，给予重点支持。在政策允许范围内，对高新技术企业发展所需的核心技术和关键设备的进出口，提供融资支持。
一是通过进出口银行的信贷投入，服务国家自主创新战略、支持我国高新技术企业发展、引导高新技术企业“走出去”作为支持进出口贸易和对外经济合作的国家政策性银行，仅2007年上半年国家进出口银行就支持了约300亿美元的高新技术产品出口以及境外投资项目，同时对国内高新技术企业的自主创新及科技研发给予了融资支持，有力地支持了高新技术产业发展。进出口银行的信贷投入作为国家科技投入体系的重要组成部分，应充分发挥其作用。
二是国家开发银行。国家开发银行行长陈元认为，在中国这样的发展中大国，不能等待市场的自然形成，要加快发展，就必须把政府、市场、金融、企业等要素资源整合起来，充分运用政府信用和政府投资的基础性作用，提高信贷与财政融资的联动效率，并积极为融资走向资本市场创造条件，促进企业、金融、财政、经济的健康协调发展。目前开发银行重点转向支持区域经济发展。具体应在区域经济发展的不同阶段，对在区域产业体系中处于主导地位，能够促进地区产业结构向合理方向演进的主导产业予以重点支持。同时，继续关注政府与市场的难点与热点，在自主科技创新过程中，发挥政策金融的种子资金支持力度，引导自主科技创新。
三是农业发展银行。中国农业发展银行对农业科技成果转化和产业化实施倾斜支持政策。《国家中长期科学和技术发展规划纲要(2006—2020年)》的若干配套政策中指出，中国农业发展银行对农业科技成果转化和产业化实施倾斜支持政策。具体可以通过农发行以贴息的方式向农业项目提供中长期贷款，支持农业生产条件和农村生活条件的改善，促进农业新技术、新产品和新兴生物资源等农业科技开发和成果转化，増强农业竞争力。
(二)发展资本市场，完善资本市场有关税制
发达的资本市场对促进企业自主科技创新行为发挥着筹资功能、风险分担功能和优化资源配置的功能。此外，资本市场还为创新企业提供专业的财务和管理顾问服务，可促使其健康成长。从某种意义上来说，美国科技创新的成功得益于其以强大的资本市场为主体的高效的金融体系。因此，实现我国的自主创新战略，政府最应做的是要营造好的创新环境，包括建立健全相关的法律制度、推动资本市场的发展，建立包括主板市场、创业板市场等的多层次资本市场，为创新企业融资和风险资本退出提供渠道。对此，自主科技创新的财税政策应着眼于有利于资本市场发展的税收政策，促进资本市场良性运转。
1.完善证券交易印花税。充分考虑投资者交易额的大小和持有时间的长短，重新设计差别比例税率，以保护广大中小投资者和鼓励中长线投资。参考国际经验来看，世界上绝大多数国家收取证券交易印花税都是单向征收，而在美国、日本、德国等国家对证券交易都是实施免税政策。考虑我国的国情，不可能一下子取消印花税，具体可以调低税率，同时实行卖方单向纳税。
2注意证券投资所得税与个人和企业所得税的衔接。首先，取消对个人股息、红利所得计征20%所得税的规定，同时征税环节从分配环节改为变现环节征税，防止重复征税。其次，根据“同股同权、同股同利”的原则，对国家股、法人股的投资所得开征所得税，以保护广大中小投资者的利益。再次，对企业或机构投资者获得的股息实行“免税法”，因为股份公司发放的股息所得己缴纳了企业所得税。同时，所得税应在最终环节纳税，对己发放的股息和红利作为企业成本从企业利润中除去，免征企业所得税，由最终的受益人缴纳所得税。
3.建议适时开征证券交易所得税。证券交易所得税考虑对长期投资者的所得实行较低的税率，对短期投资者的所得按照一般所得征税，并允许全额扣除费用，包括手续费、印花税。除银行存款、国库券及国家重点建设债券可免税外，对各企业及投资基金盈利性组织的证券交易所得，按现行企业所得税税率25%征收。对个人则仍按20%的比例税率征税。以持券期的长短为标准，将资本利润和炒作利润区别开来，给予资本利润减半征税的优惠，以保证中长期投资者的利益。
(三)发挥财税政策对本土风险资本的支持作用
1.设立财政引导基金，如设立国家、省级或地区风险投资引导基金，作为风险投资的母基金，不直接对具体项目而是强调引导性，以保本微利经营，用激励和奖励专业机构投资的方式，最大限度地调度市场风险投资机构向高新技术产业集聚，从而实现政府资金的有偿使用。2006年10月21日，全国首个由地方政府设立的政策性扶持资金一上海浦东新区创业风险投资引导基金正式启动，具体的基金运作还有待于进一步完善和推广，而且国家级的引导基金还有待于启动。
2提供政府资助。为了鼓励风险投资，可向风险投资者和风险企业提供财政无偿资助，一是分担小企业创新风险，二是发挥高科技投资的导向作用。
我国目前国家级政府资助的主要有国家自然科学基金、企业科技进步基金以863计划、火炬计划等政府资助基金，但规模较小，作用也有限，而且省级或地方的同类政府资助规模也较小，运行也不规范。
3.提供政府担保。通过政府担保，为银行承担借款损失，可以带动银行资金投向风险企业提供创业贷款。
(四)逐步推进商业银行利率市场化形成科技贷款的风险与收益对称机制，缓解银行惜贷和企业科技创新缺贷的问题。同时，完善科技信托投资，吸收个人、机构等社会闲散资金，进入自主科技创新领域支持自主科技创新。
