我国现实经济生活中的垄断很多是来自电信、电力、邮政、铁路、石油、民航、银行、保险等过去被视为自然垄断或者国家垄断的行业，媒体也经常讨论这些行业中的“垄断福利”。这些情况说明，我国反垄断执法不可避免地会涉及到这些行业。然而，另一方面，我国的这些行业现在都设立了行业主管机关或者监管机构，如信息产业部、电监会、银监会、保监会等。鉴于这些行业的特殊性，国家还制定了专门的法律制度，如2000年颁布的《电信条例》，现在还在起草电信法。因为行业监管法除了市场准入和安全生产等方面的规定外，还涉及市场竞争秩序，如电信法把促进电信市场的公平竞争和维护电信市场秩序作为该法的立法宗旨之一，行业监管机构与反垄断执法机构在管辖权上就会存在交叉。现在，世界各国在解决反垄断执行机构与监管机构的关系方面，基本上有两种做法：一是由竞争机构负责特殊行业的监管；二是在特殊行业设立专门的监管机构。
一、反垄断机构监管特殊行业
有些国家或者地区把行业监管放在反垄断执法机构之内。例如在欧共体委员会，竞争总局除了负责执行条约第81条和第82条、企业合并控制以及国家援助政策外，它还负责在电信、能源、银行、保险、传媒等行业的监管任务。例如，监管能源市场的任务属于B-1局，监管邮政市场竞争的任务属于C-1局，监管银行和保险业的任务则属于D-1局。总体上说，电信、电力、银行、保险等行业在欧共体已经被视为竞争性的行业，它们在适用法律以及执法机构上与其他行业没有特殊的待遇。
澳大利亚和新西兰也没有负责电信、电力等行业监管的专门机构。即这些行业同其他一般行业一样，监管它们的权力被交给了反垄断执法机构。在澳大利亚，行业监管任务属于澳大利亚竞争与消费者委员会，委员会的下面设立了涉及电力、天然气、运输和电信等行业竞争问题的“监管事务局”。新西兰的商业委员会是一个独立的准司法机构。它除了执行竞争法，还执行新西兰1998年颁布的《电力改革法》、2001年颁布的《电信法》和2001年颁布的《奶制品业重组法》，承担着对电力、电信和奶制品业的监管。
上述欧共体委员会、澳大利亚和新西兰的做法很值得提倡。因为它们不仅考虑到行业的特殊性，而且也考虑到这些行业改革的方向，从而把监管的指导思想定位在打破垄断和推动竞争的方面。此外，这还可以节约执法成本，减少政出多门的现象，减少不同行政部门之间的摩擦和纠纷，有利于提高执法效率。出于这样的考虑，荷兰从2005年7月1日起，也将过去独立的能源监管局（DTe）并入了荷兰竞争局，由此使竞争局成为负责执行荷兰1998年电力法和2000年天然气法的机构。此外，运输监管的部分职能也归属于竞争局，使之有权监管铁路以及城市地铁、公共汽车等公共交通运输部门的竞争问题。
二、独立的行业监管机构
除上述澳大利亚、新西兰等国家或者地区的模式，也有很多国家把行业监管任务授权给一个独立的机构，由这个机构处理被监管行业的竞争问题。这种授权一定程度上削弱了反垄断执法机构的权限，但一般不会彻底剥夺这个机构对这些行业的管辖权。如德国负责电信和邮政监管的机构（RegTP）有权处理电信和邮政市场上的滥用行为，但在界定相关市场以及认定企业的市场地位方面，这个机构则得征求联邦卡特尔局的意见。此外，联邦卡特尔局在处理电信和邮政市场上的企业并购以及卡特尔案件方面有专属管辖权。
美国在电信、电力、金融和航空业也建立了监管机构，如联邦通信委员会（FCC）负责电信监管。传统上，联邦通信委员会有权依据电信法或自己的监管标准审查电信市场的企业并购，但电信市场的其他竞争行为得由反托拉斯执法机构来处理。如上个世纪80年代初期，美国司法部指控AT
在银行业方面，美国最高法院1963年关于费拉德菲亚国民银行案的判决有着很大的影响，该案涉及一个全国性银行和一个州政府批准的银行之间的合并。随着这个判决，银行业并购的管辖权在美国一直被分割给了反托拉斯机构和监管机构共同所有。此外，美国国会1966年通过的银行并购法就反托拉斯机构和监管机构的关系作了以下规定：第一，监管机构评价合并时必须适用谢尔曼法和克莱顿法，即任何导致垄断或者推动共谋或者企图垄断银行业的合并都得予以制止；第二，对银行监管机构批准了的合并，司法部在30天内有进行干预的权力。这即是说，一个得到监管机构批准的合并，仅当这个批准后的30天内没有受到司法部的干预，它才最终得到了反托拉斯法的豁免。
三、中国的取向
在反垄断执法机构与监管机构的关系上，我国不可能采取澳大利亚或者新西兰的做法。这不仅因为我国已经建立了很多监管机构，这些机构有很大的经济和政治权力，它们不会轻易放弃自己对被监管行业的管辖权；另一方面，我国的经济规模远远大于澳大利亚和新西兰，如果反垄断执法和行业监管置于同一机构，这个机构的规模就可能过于庞大，不便管理。因此，建立独立的行业监管机构在我国是势在必行。
然而，即便我国反垄断执法和行业监管相互独立，它们在管制被监管企业的限制竞争方面，也会存在管辖权的冲突。根据国务院提交给全国人大常委会《反垄断法》草案第44条，解决这个冲突的办法是排除反垄断执法机构对被监管行业中限制竞争案件的管辖权。这种做法不符合当前世界各国反垄断立法的潮流，而且让人担心，行业监管机构能否有效地执行国家的竞争政策。因为很多国家的经验表明，监管机构处理被监管行业竞争案件的最大问题是，它们在被监管企业与其竞争对手或者消费者的争议中，往往站在被监管者的立场上，从而会损害处于弱势地位的经营者或者消费者的利益。这即是监管者被“俘获”的理论。特别在我国目前仍然存在政企不分的情况下，政府机构运用行政权力维护垄断企业利益的现象司空见惯。因为监管者和被监管者往往属于一个利益集团，是政企同盟，人们就有理由担心，行业主管或者监管机构处理本行业的竞争问题时不能保持中立，不能保护消费者。另一方面，我国监管机构在权力配置、执法程序以及执法手段等方面，不是以建立竞争性的市场结构和规范企业的市场行为为目标，这些机构一般没有很强的反垄断意识，不能适应执行反垄断法的要求。此外，现在我国几乎在所有于国计民生比较重要的行业都设立了主管部门或者监管机构。如果这些监管机构各自适用自己的部门法处理限制竞争案件，这不仅政出多门，浪费执法资源，降低执法效率，我国也不可能建立统一的市场竞争秩序。
现在，比利时、法国、日本等很多国家的监管机构只是从市场准入和安全生产的角度进行监管，被监管市场上竞争案件的管辖权则统一交给了反垄断执法机构。有些国家如美国和巴西，反垄断执法机构和监管机构共享被监管行业竞争案件的管辖权。但在这种情况下，监管者处理被监管行业竞争案件的法律依据是竞争法，而不是与之相冲突的其他法律。美国1996年《电信法》第601条（b）（1）明确指出，“本法中的任何规定及其修订都不得被解释为对适用反托拉斯法的修正、损害或者取代。”如果竞争执法机构和监管机构对被监管行业的竞争案件有并行管辖权，这两个机构应当通力合作。一方面，因为电信、电力等行业存在某些技术问题，反垄断执法机构处理竞争案件时应征求监管机构的意见；另一方面，监管机构处理竞争案件时，因为会涉及很多竞争法专业问题，如市场的界定或市场支配地位的认定，它们也应征求反垄断执法机构的意见。因为并行管辖权的存在往往会产生冲突，大多数国家如巴西在这方面的经验是，案件最后的决定权得交给竞争执法机关。
如何建立反垄断执法机构，包括处理这个机构和行业监管机构之间的关系，已成为我国反垄断立法中的一个关键问题。随着我国市场经济体制的建立和国内市场的国际化，我国广大企业迫切需要一个自由和公平的竞争环境，我国广大消费者也渴望通过健康、有序的市场竞争增大他们的财富，提高社会福利。而我国能否建立一个健康的市场竞争秩序，能否为企业提供一个自由和公平的竞争环境，这在很大程度上取决于我国能否建立一个统一、独立和高效的反垄断执法机构。因此，我国应当认真学习和借鉴其他国家的经验，处理好反垄断执法机构与行业监管机构的关系。
