用RAPD分析行吗？论文应当是需要的方向才需要做，像你说的“叶长，匍匐茎长，绿期”这些观察指标如果遗传距离分析结果不一致怎么办？个人觉得并行观察指标应当少一些，选择最能代表进化顺序的性状，但是在领域之内需要深入一点。样本采集地点应当有代表性，有时候人为划定的城市，聚类分析结果未必正确，应当以地形地貌作为参考依据，考虑可能的种群分化比较合理。一点愚见，供参考
最实在的，问你导师去
应该是不算,一个样就是一个群体
你要把他们分类，正是你要达到的目的，用您的ISSR法可以把这些样品进行从分子生物学的角度进行分类的。 我以前也做过类似的毕业论文，但是我用的是RAPD法。把要这些方法先找出来比较，然后再写写你用的方法的优势，再把实验过程写下，再小结即可。个人浅见，勿见笑！
嗯，地理种群的问题。我想你是要做ANOVA分析要分组是吧，我想两点标准比较重要：1）你应该对你研究的类群有所了解，比如形态特征、某些性状，你的科学问题里面如果涉及这些，分组的时候要考虑；2）如果是单纯的地理种群划分，那么最优化的分组要做几次初步分析来确定，从而排除人为分组的干扰。原理上来说，一个地理种群不可能很小（也不排除你取样的地区刚好是两个地理种群分界的地方）。其实你一开始可以按14个地区分组，也就是14组，分析之后看能否有一些要合并或者分开。怎么说呢，可能你研究的地理范围还是有些小。
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