后果你在哪儿
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通过我自己摸索一个月LaTeX的经验，结合刘老师的答案，楼主可以去找清华大学硕士论文的模版，通过查看源代码、Class、stlye自定义，可以了解文本格式的定义和设置。看过模版的源代码之后，并不是说你能用的好，毕竟LaTeX的核心是数学公式，只有多写代码，多编译、查看PDF，体会不同公式定义的微妙变化。至于字体，文章标题格式，边距，行距，缩进、文武线，页脚页眉页码等，都在模版定义好了，你只需要填充内容。如果只是学会使用模板，调用命令的话，ShareLaTeX, Online LaTeX Editor 是个蛮好用的网站，有很多模板参考，可以在线或者下载源文件看。如果是想自己写.cls和.sty文件，我就不太清楚了，可能具体查模板里每一个class和package的用法会有帮助吧。
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为了调整出合适的北京大学博士生毕业论文参考文献格式，开始了手动调整，自定义参考文献格式，捡芝麻的俺呀。
方法：在安装了MikTex的前提下，打开任意cmd窗口，输入 latex makebst 进入自定义模式，依据提示，逐项对参考文献中的各个要素进行设置，要素较多，需要耐心调整完。
最后附上一些参考链接：
把上面的三个参考文献链接浏览一遍，就知道咋回事了。
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第一个问题：
\titleformat 命令附带了一个可选参数，用以在结束之后的插入命令
你的
\titleformat{\chapter}{\centering\sanhao\hei}{第\,\thechapter\,章}{1em}{}
可以修改为
\titleformat{\chapter}{\centering\sanhao\hei}{第\,\thechapter\,章}{1em}{}[\vspace{-1cm}]
来解决多余空白
第二个问题：
我猜你大概是这样用 fancyhdr 宏包的
\pagestyle{fancy}
\fancyhf{}
\fancyhead[LO,RE]{\leftmark}
上面的意思是，对于以后全部页面，使用 fancy 样式，然后设置一些格式。
但是对于 \chapter 这样的命令，如果你有兴趣看一看源代码，
它其实显式地调用了 \thispagestyle{plain}，
也就是说，含有 \chapter 命令的章节题目页面不受 fancy 样式的影响，它使用了官方的 \plain 命令。
原则是禁止修改 \chapter 命令，所以我们不能删除 \plain，
只能修改 \plain 的内容来绕过原则，而达到修改章节题目页的目的，
下面是一个完整可编译的例子
\documentclass[openany]{book}
\usepackage{lipsum}
\usepackage[colorlinks]{hyperref}
\renewcommand{\contentsname}{\centerline{mulu}}
\usepackage{fancyhdr}
\pagestyle{fancy}
\fancyhf{}
\fancyhead[LO,RE]{\leftmark}
\fancyhead[LE,RO]{}
\fancyfoot[LO,RE]{}
\fancyfoot[LE,RO]{-\,\thepage\,-}
\renewcommand{\headrulewidth}{0pt}
\fancypagestyle{plain}{
\fancyhf{}
\fancyfoot[LO,RE]{}
\fancyfoot[LE,RO]{-\,\thepage\,-}
\renewcommand{\headrulewidth}{0pt}
}
\begin{document}
\tableofcontents
\chapter{First}
\section{one} \lipsum[1]
\section{two} \lipsum[2]
%
\chapter{Second}
\section{thr} \lipsum[3]
\section{fur} \lipsum[4]
%
\section{fiv} \lipsum[5-8]
\end{document}
上面
\fancypagestyle{plain}{ ... }
修改了 \plain 所以就把 章节题目 页面给改了。
最后是我的建议：
按照通用美学，一般书籍的章节题目页是不能够有页眉的，页脚也尽量不要出现，右中线页码倒是可以保留，对于book类这样“错误”是很合理的，它是一种科学的设计。
如果仍然希望写出页码，可以在你的代码里加上
\fancypagestyle{plain}{
\fancyfoot[LE,RO]{-\,\thepage\,-}
}
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