1、科研基金项目名称与论文名称相近可以，相同肯定不太好，可以修改下，尤其论文是课题成果论文的那种，名称可以相近。2、也可以和老师进行沟通，如果老师认可，也可以的。
申请书是自己写得，而且不涉密的话，应该没有问题。我觉得查重的数据库里应该没有自然基金申请书。
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