论文写作中机制和机理的区别如下：
机理和机制是两个经常容易被混淆的概念，从字义上理解，机理重点在“理”上，表示原理、道理、理论等;而机制重点在“制”上，表示相互关系、条件、约束等。
“机制”一词本义原指机器的构造和动作原理，可以从以下两方面来解读：一是机器由哪些部分组成和为什么由这些部分组成;二是机器是怎样工作和为什么要这样工作。后来“机制”被引申为有机体的构造、功能及其相互关系。
“机制”由有机体喻指一个工作系统的组织机构之间相互作用的过程和方式，现在已经广泛地应用于包括社会科学在内的各个领域，比如在很多研讨会、媒体上动辄就会谈到“机制”，就是一种泛化和迁移。
“机制“通常还指使制度发挥功能的实践，机制通过制度系统内部组成要素按照一定方式的相互作用实现其特定的功能。在此涵义下，机制的运行规则都是人为设定的，具有强烈的社会性。如，竞争机制、市场机制、激励机制等。不同的领域有不同的运行机制。
生物学、医学通过类比借用此词，它们的“机制”就是生物(包括人)的功能，也了解它的内在工作方式，包括有关生物结构组成部分的相互关系，以及其间发生的各种变化过程的物理、化学性质(魏江，许庆瑞：企业技术创新机制的概念、内容和模式，1999年第11卷第6期，科技进步与对策)。
在社会科学中，“机制”可以表述为“在正视事物各个部分存在的前提下，协调各个部分之间关系以更好地发挥作用的具体运行方式”。在经济学的研究，用“经济机制”一词来表示一定经济机体内，各构成要素之间相互联系和作用的关系及其功能。
理解“机制”这个概念，最主要的是要把握两点。一是事物各个部分的存在是机制存在的前提，因为事物有各个部分的存在，就有一个如何协调各个部分之间的关系问题。二是协调各个部分之间的关系一定是一种具体的运行方式;机制是以一定的运作方式把事物的各个部分联系起来，使它们协调运行而发挥作用的，常常暗含人为组织因素。
“机理”是指事物变化的理由与道理，从机理的概念分析，机理包括形成要素和形成要素之间的关系两个方面。其原理是指为实现某一特定功能，一定的系统结构中各要素的内在工作方式以及诸要素在一定环境条件下相互联系、相互作用的运行规则和原理。“机理”还常常用于描述自然物资的形成和发展过程。
两者的区别在于，机制是一种体制或称体系,是框架下形成的整体,“机制”由有机体喻指一般事物，重在事物内部各部分的相互关系，一般含有人为组织因素。机理只是一个理念或逻辑原理，由相关理论、数据及事实构成,作为机制组成的一部分，一般不含人为组织因素。
如果是分析机体系统要素间的结构、行为以及关系等，两者可以通用。如果是在强调机体系统内部要素的运行原理，突出的是理论层面的解释，一般使用“机理”;如果是强调机体系统要素对其他要素或者系统整体的影响，突出的是系统的功能发挥或规则，一般使用“机制”。
海鸟2010
