初稿没有按时上传系统应这样做：为了不影响按时毕业,要尽早的联系自己的导师,然后说明情况,看是否能够延长。如果你这个毕设论文的时间是学校规定的,那最坏的结果就是有可能是延长毕业。
可以，具体什么题目？
这个没有多大的关系，可以自行在网上进行检测再提交给学校，一定要记住要跟学校一样的系统，大部分高校都是使用的知网。至于paperfree、papertime等只适用于初稿的查重与修改。
可以向学校的教务处提出申请，再次上传。如果开题报告没有在规定的时间内上传，那么，教务处的系统会出现关闭的状态，如果学生还要上传的话，必须要向教务处提出申请，并且说明理由，如果理由是正当的，那么，教务处会及时再次开放系统，学生就可以再次上传开题报告。
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