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这个我感觉你只要根据你想发表的那些期刊领域来做分类吧，医学类的期刊有（医学诊断、床医学进展、外科）等等这些吧
临床研究属于研究性论文类型。临床研究是指在医学领域中，通过严格的实验设计和数据分析，对某种疾病的预防、治疗、诊断等方面进行深入研究的科学活动。临床研究通常需要进行大规模的临床试验和数据收集，以便获取可靠的数据和信息，通过对数据的统计和分析，得出客观的结论和推论。临床研究的结果可以为临床医生提供更好的治疗和诊断方案，促进医学领域的科学发展和进步。临床研究的论文通常需要包含以下内容：研究背景、研究目的和问题、研究方法和实验设计、数据分析和结果、讨论和结论等部分。在撰写临床研究论文时，需要遵循学术论文的规范和标准，采用合适的学术语言和格式，以期达到最优的研究效果和质量。
医学论文发表的分类（1）、医学论文发表的分类按采用资料的来源分为原著（包括论著、著术及短篇报道）和编著（包括教科书、参考书、专著、文献、综述、讲座、专题笔谈、专题讨论等）两类；（2）、医学论文发表的分类按论文写作目的分类为：学术论文和学位论文两类；（3）、医学论文发表的分类按医学学科及课题性质分为：基础医学、临床医学、预防医学 、康复医学等四类；（4）、医学论文发表的分类按论文的研究内容分：实验研究论文、调查研究论文、实验研究论文、资料分析论文、经验体会论文五类；（5）、医学论文发表的分类按论文的论述体裁分为：论著、文献、综述、述评、讲座、技术与方法、临床分析、疗效观察、病例报告和医学科普论文等
一、类型根据医学论文的内容和涉及的学科范围、研究方法等,大致可以分为以下一些类型1.按论文的内容及学科分类(1)实验性医学论文:基础医学论文和应用基础医学论文,研究的内容均属于实验性医学范畴。(2)应用性医学论文:临床医学论文、医学调查报告、预防医学论文等,研究内容均属于应用性医学范畴。(3)理论性医学论文:医学哲学、医学方法学、医学统计学、医史学、医学伦理学、医学社会学、医学纶济学、医学新闻学等,研究内容均属于医学理论范畴。2.按研究方法分类(1)理论型:此类论文的研究方法主要是通过理论推理、证明和分析,总结出新的规律、新的理论新的见解等。(2)实验型:这类论文的研究方法是通过设计实验方案,进行实验研究,最后得出实验结果。这是医学论文中常见的类型。(3)调查型:这类论文的研究方法是以调查的方法取得科学资料,调查的方法又可以分为前瞻性和回顾性两种。(4)观察型:这类论文的研究方法是靠人的感官和仪器对事物或人进行观察和研究,并作出科学的解释(5)综合型:这类论文的研究方法是综合运用了上述两种或两种以上的研究方法。二、体栽目前我国医学学术期刊刊登的文稿大致可以分为评论类文。稿,论著类文稿,简报类文稿,学术讨论类文稿,病例报告类文稿综述、讲座类文稿,消息类文稿,会议文献类文稿等8大类1.评论类文稿刊登此类文稿的常见栏目有:述评、社论、专论、专家论坛、编者按、编者的话、编后语、文后评论、书刊评介等8大类。述评类文稿(包括社论、专论、专家论坛、焦点论坛等文稿)此类文稿是作者或编者对某一科研项目、研究专题、某一领域的研究工作、某一个问题或某一组科研论文进行全面、深入的阐述和精辟的评论,也可以侧重对某一方面进行深人的评论。编者的话、编者按及编后语:此类文稿是从编者的角度对刊物或某一组或某一篇具体文章进行评论或阐述。编者的话涉及的范围较广,内容较全面。它可以是编者在新年开始对刊物编辑工作的设想、安排,以及对作者、读者的要求和希望等;或是年终时对一年工作的回顾和总结;或对某一期文章的内容进行介绍和评述。编者按和编后语的针对性很强,往往是针对具体文章或文章中的某个具体的观点或方法进行评论。文后评论:文后评论或称特邀评论,是针对具体文章写的评论,紧排在所评论的文章之后。撰稿者是编者邀请的在某一方面造诣很深的专家书刊评介:此类文稿是就近期国内外公开出版发行的医学书刊进行评论和介绍。2.论著类文稿论著类文稿也称为原著类文稿,是总结基础医学研究、临床医学研究、预防医学研究和现场调査研究等方面研究成果的文章。论著类文章是医学期刊的核心部分。刊登论著类文稿的常见栏目有:论著、实验研究、临床研究流行病学调查、药物与临床检验与临床等3,简报类文稿此类文稿是将原著中的重要内容高度概括后(提供主要的方法、数据、结果),以简练的文字表达出来。刊登此类文稿的常见栏目有:简报、技术交流、经验交流、快讯等。简报类文稿:此类文稿的内容较论著的重要性相对稍差,或系初步研究,或同类的内容已报道过但在某一方面仍有一定的学术价值。技术交流类文稿:此类文稿是介绍临床、实验室或其他技术操作工作中的新方法、新技术,或对某种方法、技术、器械的改进快讯:此类文稿是将医药卫生科研工作中的新成果和新内容以快报的形式快速地报道出来。4.学术讨论类文稿刊登此类文稿的常见栏目有:会议纪要、专题笔谈、临床病理(例)讨论、疑难病例析评、危重症抢救、学术讨论、读者·作者·编者、读者来信等。会议纪要和专题笔谈类文稿:此类文稿是杂志编委会或编辑部就当前临床工作或基础理论研究中存在的问题,或某方面的新进展,召开专题座谈会或组织有关专家进行的书面笔谈,最后综合整理而成。它能及时地反映某一专题或领域的最新进展和成果,对指导具体工作有普遍的意义。临床病理(例)讨论类文稿:此类文稿是对临床实践中的疑难病例,就其诊断和治疗方面的经验和教训而组织相关学科进行的学术讨论,并加以整理和总结。5.病例报告类文稿此类文稿是介绍疑难、危重病例和罕见病例的诊治经验。刊登此类文稿的栏目有:病例报告、个案分析疑难病例析评等。6.综述、讲座类文稿刊登此类文稿的常见栏目有:综述、研究进展、讲座、继续教育、基础知识、名词解释等。综述类文稿:此类文稿是反映某一领域或某一专题研究进展和动态的文稿。它可以分为叙述性综述和系统性综述( systematic review)。叙述性综述是就某一专题在某一段时间内发表的国内外文献进行归纳、分析后作出具有倾向性和评价性的综合阐述。系统性综述是根据特殊人群,针对某一具体临床问题系统地检索文献,并按照统一的科学标准,筛选出合格的研究,最后通过综合分析和统计学处理得出可靠的结论。系统性综述较叙述性综述对临床的指导意义大,科学性也强。讲座及继续教育类文稿:此类文稿是向读者系统地介绍某专业或专题研究的基础知识或临床知识的文稿。其特点是较教科书的内容新颖,且有作者的经验或评价。7.消息类文稿刊登此类文稿的常见栏目有:国内学术动态、国际学术动态、科研简讯、吋讯、信息及会议消息等。此类文稿信息涵盖面广,时效性强、8.会议文献类文稿此类文稿包括全国性学术会议的开幕词、闭幕词、重要讲话、会议通过的决议及章程等。
省级的陕西省文博生物信息工程研究所中国医学信息杂志编辑委员会好像不上知网
国家级医学期刊，不上知网，被万方、龙源收录~
医学信息学杂志原名《医学情报工作》。1979年创刊，内部刊物，季刊，48页；1992年改为公开发行，双月，64页；2006年更名为《医学信息学杂志》,大16开，108页；2007年改为月刊，72页。
《医学信息》是经国家新闻出版署审核批准，由中国老年学和老年医学学会精准医疗分会、中国医师协会整合医学分会等支持，陕西文博生物信息工程研究所主管主办的一本国家综合性医药卫生类学术期刊，曾荣获国家及省级多项荣誉。本刊旨在报道国内外医学信息学及临床医学领域领先的科研成果，反映中国医学信息学、临床医学与科研工作的重大进展，促进国内外学术交流。[1]中文名医学信息外文名Medical Information语种中文类别出版，医学期刊主管单位陕西省文博生物信息工程研究所快速导航办刊宗旨 收录情况栏目设置专家述评、热点分析、整合医学、医学信息学、综述、论著、临床研究、调查分析、药物与临床、中医中药、诊疗技术、护理研究、经验交流、疑难病案等栏目。办刊宗旨遵守党和国家的卫生工作方针政策，贯彻理论与实践相结合的方针，反映我国医学信息学、临床医学与科研工作的重大进展，促进国内外学术交流，坚持"以交流促创新，以创新促发展"的办刊宗旨，坚持刊物品质第一位的办刊理念，全力打造一个贴切于新时代要求的学 术交流平台。收录情况中外文核心期刊查询系统收录期刊CNKI中国学术期刊网络出版总库(CAJD)收录期刊中国核心期刊(遴选)数据库收录期刊中国学术期刊综合评价数据库(CAJCED)统计源期刊万方数据数字化期刊群收录期刊中国期刊全文数据库(CJFD)全文收录期刊中国龙源期刊网全文收录期刊中文科技期刊数据库中文生物医学期刊文献数据库(CMCC)收录期刊
医学类学术期刊有：
一、中华医学杂志
《中华医学杂志》是1915年创办的双语学术期刊，周刊，中国科学技术协会主管，中华医学会主办。期刊主要反映中国医学最新的科研成果，积极推广医药卫生领域的新技术、新成果，及时交流防病治病的新经验。
期刊主要反映中国医学最新的科研成果，积极推广医药卫生领域的新技术、新成果，及时交流防病治病的新经验。期刊主要读者对象是广大医药卫生人员。
二、第四军医大学学报
《医学争鸣》刊载的内容主要是医学学术方面的各种看法和观点的交锋与辩论。英文刊名为《NEGATIVE》，以期经历“否定—否定之否定—肯定”的螺旋式上升，达到新的认识境界。
反映发明与创新、否定与假说、探索与发现等前沿医学思想，传播医学领域新观点、新方法和新成就，服务医学科学研究和我国卫生事业发展。。
三、第三军医大学学报
《第三军医大学学报》（Journal of Third Military Medical University）是由中国人民解放军陆军军医大学（第三军医大学）主管、主办中文版半月刊。
据2018年4月《第三军医大学学报》编辑部官网显示，《第三军医大学学报》第十届编辑委员会拥有常务委员49人，委员127人，特约编委5人，海外编委12人。 据2018年4月中国知网显示，《第三军医大学学报》共出版文献18690篇，总被下载1789818次、总被引87645次。
四、第二军医大学学报
《第二军医大学学报》是经中国人民解放军总政治部、国家新闻出版署批准，由第二军医大学主管、主办的综合性医药卫生类学术刊物。1980年6月创刊。
据2018年9月《第二军医大学学报》官网显示，《第二军医大学学报》编委会拥有委员67人，客座编委13人，2017年度共有368位审稿专家。
五、南方医科大学学报
《南方医科大学学报》(原第一军医大学学报)创刊于1981年，为国内外发行的高级综合性医药卫生期刊。是中国百种杰出学术期刊。
被美国Medline/PubMed、美国化学文摘(CA)、荷兰《医学文摘》（EMBASE）、中国科学引文数据库(CSCD)源期刊、中国科技论文统计源数据库、中文核心期刊要目总览(2011年版，北京大学图书馆)等国内外重要数据库收录。
问题一：医学期刊分类：听说医学期刊分什么一类二类三类的，不知道有没有个目录，三类四类的都有什么啊？ 每个学校的目录都有细微的差别，如果你想要的话我可以把我们学校的发给你看一下，一般分为 一、被SCI收录期刊 二、A级期刊名录（共180种、名录见附件一） 三、B级期刊名录（共464种、名录见附件二） 四、B级期刊名录中未列出，但被CSCD（中国科学引文数据库）收录期刊，等同于B级期刊。 问题二：医学类期刊杂志的分类有哪些 在汉斯出版社，大致分了这些期刊： 世界肿瘤研究 亚洲儿科病例研究 亚洲耳鼻咽喉科病例报告 亚洲妇产科病例研究 亚洲急诊医学病例研究 亚洲麻醉学病例研究 亚洲兽医病例研究 亚洲外科手术病例研究 亚洲肿瘤科病例研究 眼科学 药物化学 药物资讯 医学美容 医学诊断 中医学 生理学研究 生物医学 食品与营养科学 有的出版社还要分得更细。 问题三：全国现有医学类期刊多少种 医学期刊，现在总数在1100册左右；分为18个医学学科。 问题四：医学期刊的医学期刊分类 按目录分类，可以分为医学中文核心期刊，医学科技核心期刊和普通期刊（国家级和省级期刊）其中医学中文核心期刊250本，停刊一本；医学科技核心期刊996本（有和中文核心期刊重复的期刊）普通期刊未做统计； 综合医药卫生1、中华医学杂志2、第四军医大学学报3、第三军医大学学报4、第二军医大学学报5、第一军医大学学报（改名为：南方医科大学学报）6、 *** 医学杂志7、北京大学学报.医学版8、吉林大学学报.医学版9、四川大学学报.医学版10、中国医学科学院学报11、中国现代医学杂志12、复旦学报.医学版13、华中科技大学学报.医学版14、中山大学学报.医学科学版15、中南大学学报.医学版16、西安交通大学学报.医学版17、浙江大学学报.医学版18、南京医科大学学报.自然科学版19、广东医学20、军事医学科学院院刊21、上海第二医科大学学报（改名为：上海交通大学学报.医学版）22、上海医学23、郑州大学学报.医学版24、江苏医药25、山东大学学报.医学版26、中国医科大学学报27、实用医学杂志28、山东医药29、哈尔滨医科大学学报30、重庆医学31、重庆医科大学学报32、天津医药33、安徽医科大学学报34、苏州大学学报.医学版35、武汉大学学报.医学版36、首都医科大学学报37、医学与哲学.人文社会医学版预防医学、卫生学类1、中国公共卫生2、中华医院感染学杂志3、中华流行病学杂志4、卫生研究5、营养学报6、中华预防医学杂志7、中华劳动卫生职业病杂志8、中华医院管理杂志9、环境与健康杂志10、工业卫生与职业病11、中国卫生统计12、中国工业医学杂志13、中国职业医学14、环境与职业医学15、国外医学卫生学分册16、中国卫生经济17、毒理学杂志18、中国计划生育学杂志19、中国食品卫生杂志20、现代预防医学21、中国慢性病预防与控制22、中国妇幼保健23、中国学校卫生24、中国血吸虫病防治杂志25、中国卫生事业管理26、生殖与避孕中国医学类核心期刊1、中草药2、中国中药杂志3、中国中西医结合杂志4、中国针灸5、中成药6、北京中医药大学学报7、中药材8、中国中医基础医学杂志9、中药药理与临床10、中华中医药杂志11、针刺研究12、中药新药与临床药理13、南京中医药大学学报14、中国实验方剂学杂志15、辽宁中医杂志16、时珍国医国药17、中医杂志18、新中医19、中国中西医结合急救杂志20、中国天然药物基础医学类核心期刊1、中国病理生理杂志2、中华微生物和免疫学杂志3、生物医学工程学杂志4、解剖学报5、中国免疫学杂志6、免疫学杂志7、细胞与分子免疫学杂志8、中国临床解剖学杂志9、生理学报10、解剖学杂志11、中国心理卫生杂志12、中国生物医学工程学报13、中国 *** 共患病杂志（改名为：中国 *** 共患病学报）14、生理科学进展15、中华病理学杂志16、神经解剖学杂志17、现代免疫学18、病毒学报19、中国寄生虫学与寄生虫病杂志20、中国应用生理学杂志21、国外医学.免疫学分册（改名为：国际免疫学杂志）22、中华医学遗传学杂志23、中华实验和临床病毒学杂志24、国外医学.生物医学工程分册（改名为：国际生物医学工程杂志）25、基础医学与临床临床医学类核心期刊1、中国危重病急救医学2、中国医学影像技术3、中国临床康复（改名为：中国组织工程研究与临床康复）4、中华检验医学杂志5、中国超声医学杂志6、中华超声影像学杂志7、中华物理医学与康复杂志8、中华护理杂志9、临床检验杂志10、临床与实验病理学杂志11、中国康复医学杂志12、中国急救医学13、检验医学14、中华急诊医学杂志15、中国全......>> 问题五：医学类二类杂志有哪些 二类杂志都是一些综合性的期刊，还是看你要哪一类的了 问题六：医学类的国家级杂志有哪些 医学杂志每一期的内容都是不同的，指哪一类？医学信息，医学研究这两类都是属于国家级杂志里面的。 问题七：医学核心期刊有哪些？ 1、《中国社区医师》：国内发行量最大的国家级综合性医学期刊、中国知网收录期刊、旬刊。2、《医学信息》：国内发行速度最快的国家级综合性医学期刊、中国知网收录期刊、旬刊。3、《吉林医学》：创刊历史久远，综合性医学学术期刊、旬刊、中国知网收录期刊。4、《中国医药指南》：国家级科技期刊、半月刊、中国知网收录期刊。5、《中国中医药现代远程教育》：国家级科技期刊、半月刊、中国知网收录期刊。6、《内蒙古中医药》：综合性学术期刊、旬刊、万方收据库收录期刊，职称晋升认定期刊。7、《 *** 与康复医学》：国家级优秀科技期刊、中华中医药学会系列、万方数据库收录、职称晋升认定期刊。8、《中国卫生产业》：国家级医药卫生期刊、月刊、中国核心期刊（遴选）数据库收录期刊。9、《中国当代医药》：国家级医药卫生专业刊物、旬刊、中国知网收录期刊。10、《中国现代医生》：国家级综合性医学期刊、旬刊、中国知网收录期刊。11、《中国乡村医药》：国家级综合性医学期刊、旬刊、中国知网收录期刊。12、《中国医药导报》：国家级期刊、中国科技论文统计源期刊、中国知网收录期刊。13、《中国美容医学》：中国科技核心期刊、月刊、中国知网收录期刊。14、《中国药业》：中国科技核心期刊、半月刊、中国知网收录期刊。15、《临床合理用药杂志》：综合性医药卫生类学术期刊、半月刊、中国知网收录期刊。 问题八：医学类论文发表在哪些期刊上比较好？ 《中国医药导报》《中国医药导刊》《中国现代医学咋着》《中国妇幼保健》《现代预防医学》这俯是核心期刊，比较不错，但是版面费等价格就比较高了，一些省级的比较便宜一点。你也可以去轻松无忧论文网看看，他们跟很多期刊是合作关系，价格估计能少一些。 问题九：医疗类有哪些比较权威的期刊? 核心的期刊都是比较权威的，比如：《中国老年学》、《中国中医基础医学杂志》、《华西医学》等等
医学杂志期刊有：1、《中国社区医师》：国内发行量最大的国家级综合性医学期刊、中国知网收录期刊、旬刊。2、《医学信息》：国内发行速度最快的国家级综合性医学期刊、中国知网收录期刊、旬刊。3、《吉林医学》：创刊历史久远，综合性医学学术期刊、旬刊、中国知网收录期刊。4、《中国医药指南》：国家级科技期刊、半月刊、中国知网收录期刊。5、《中国中医药现代远程教育》：国家级科技期刊、半月刊、中国知网收录期刊。6、《内蒙古中医药》：综合性学术期刊、旬刊、万方收据库收录期刊，职称晋升认定期刊。7、《按摩与康复医学》：国家级优秀科技期刊、中华中医药学会系列、万方数据库收录、职称晋升认定期刊。8、《中国卫生产业》：国家级医药卫生期刊、月刊、中国核心期刊(遴选)数据库收录期刊。9、《中国当代医药》：国家级医药卫生专业刊物、旬刊、中国知网收录期刊。10、《中国美容医学》：中国科技核心期刊、月刊、中国知网收录期刊。11、《中国药业》：中国科技核心期刊、半月刊、中国知网收录期刊。12、《临床合理用药杂志》：综合性医药卫生类学术期刊、半月刊、中国知网收录期刊。
摘 要：随着计算机科学和生物科学的迅猛发展，生物信息学成为一门独立学科，它将会成为21 世纪生命科学中的重要研究领域之一。本文对生物信息学在本科教学中的教学方法、实验教学、考核办法以及如何与现代教育技术相结合进行了初步的探索，并对如何提高教学效果培养跨学科的生物信息学人才做了深入思考。 关键词：生物信息学 课堂教学 实验教学 现代教育技术 前言 生物信息学(Bioinformatics)是一门新兴的交叉学科。广义地说，生物信息学从事对生物信息的获取、加工、储存、分配、分析和解释，并综合运用数学、计算机科学和生物学工具，以达到理解数据中的生物学含义的目标［1］。其含义是双重的:一是对海量数据的收集、整理与服务，即管理好这些数据;二是从中发现新的规律，也就是使用好这些数据。以1987年出现Bioinformatics这一词汇为标志，生物学已不再是仅仅基于试验观察的科学。伴随着21世纪的到来，生物学的重点和潜在的突破点已经由20世纪的试验分析和数据积累，转移到数据分析及其指导下的试验验证上来。生物信息学作为一门学科被广泛研究的根本原因，在于它所提供的研究工具对生物学发展至关重要，因此成为生命科学研究型人才必须掌握的现代知识。今天的实验生物学家，只有利用计算生物学的成果，才能跳出实验技师的框架，作出真正创新的研究。现在基因组信息学和后基因组信息学资源已经成了地球上全人类的共同财富。如何获取和利用基因组和后基因组学提供的大量信息，如何具有享用全人类共有的资源的初步能力，成了当今世纪生命科学学生必须掌握的基本技术和知识以及必须具有的初步能力［2］。 生物信息学以互联网为媒介，数据库为载体，利用数学知识、各种计算模型，并以计算机为工具，进行各种生物信息分析，以理解海量分子数据中的生物学含义。区别于其他生命科学课程，其在教学过程中要求有发达的互联网和计算机作为必备条件。调查显示国内高校都已建立校园网，其中拥有1000M主干带宽的高校已占调查总数的，2005年一些综合类大学和理工类院校已率先升级到万兆校园网［3］，这些都为生物信息学课程在高校开设提供了良好的物质基础。该门课程与现代网络和信息技术密不可分，在教学工作中充分利用现代教育技术较其他课程更具优势。另外，该门课程尚未完全形成成熟的课程体系，为教师学习借鉴先进的教育思想与教学实践经验，在各方面尝试教学改革提供了广阔的空间。 1 课堂教学 生物信息学主要以介绍原理、方法为主，深入浅出，注重知识更新。课堂讲授以介绍生物信息学的相关算法、原理、方法为主，而这也是教学的重点和难点。在教学中对于这部分内容应遵循深入浅出、避繁就简的原则，结合具体实例分析算法，避免空洞复杂的算法讲解，以免学生觉得枯燥乏味、晦涩难懂，产生畏惧心理，望而生畏;注重讲解算法的思想和来龙去脉，让学生真正掌握解决问题的思路，培养其科学思维能力，并采用探讨式教学鼓励学生思考，通过讨论与研究的方式循序渐进地掌握复杂的内容，介绍相关的教学和物理学知识，使学生充分体会到生物信息学与其他学科的关系及其他学科的思想方法对于生物科学的重要性，培养其自觉地将其他学科的方法和思想应用于解决生物学问题的科学素质。在教学工作中教师必须能够紧跟学科发展方向，随时进行知识更新，了解最新的前沿动态，掌握新方法，将最新的知识和方法教给学生。同时，也要在教学中鼓励学生通过各种途径自觉地关注学科发展动态，拓宽知识面，培养其自学能力和创新意识。 2 充分利用现代化教育技术，采用启发式教学 目前，高等院校在教室内配备的多媒体投影播放系统促进了多媒体教学的广泛应用。生物信息学采用多媒体教学是适应学科特点、提高教学效果和充分利用现代化教育技术的一项基本要求。作为生物信息学教学的基本模式，多媒体教学使讲解的内容更加直观形象，尤其是对于具体数据库的介绍以及数据库检索、数据库相似性搜索、序列分析和蛋白质结构预测等内容涉及的具体方法和工具的讲解，可以激发学生的学习兴趣，加深学生对知识的理解和掌握，提高学生理论与实践相结合的能力。同时，由于生物信息学依赖于网络资源和互联网上的分析工具和软件，教室内的多媒体计算机连接到互联网，极大地提高了教学效果。但在实际教学中发现，多媒体教室也有局限性，学生主要以听讲为主，不能及时实践，教师讲解与学生实践相脱节，如果将生物信息学课程安排在计算机房内进行，并采用多媒体电子教室的教学方式，就可以解决上述问题。在教学中采用启发式教学，可为学生建立教学情景，学生通过与教师、同学的协商讨论、参与操作，能够发现知识、理解知识并掌握知识。 3 采用讲、练做一体化的教学模式，注重学生实践能力的培养 生物信息学课堂教学应积极学习借鉴职业培训和计算机课程教学中讲、练、做一体化的教学模式，在理论教学中增加实训内容，在实践教学中结合理论讲授，改变传统的以教师为中心、以教材和讲授为中心的教学方式。根据教学内容和学生的认知规律，应灵活地采用先理论后实践或先实践后理论或边理论边实践的方法，融生物信息学理论教学与实践操作为一体，使学生的知识和能力得到同步、协调、综合的发展。 通常可采用先讲后练的方法，即首先介绍原理、方法，之后设计相关的实训内容让学生上机实践。对于操作性内容和生物信息分析的方法和工具的讲解可采取进行实际演示的方法，教师边讲解边示范，学生在听课时边听讲、边练习，或者教师讲解结束后学生再进行练习。理论与实践高度结合，可充分发挥课堂教学的生动性、直观性，加深学生对知识的理解，培养和提高学生的实践操作能力。 4 优化生物信息学实验教学内容，发挥网络教学优势 生物信息学实验教学主要是针对海量生物数据处理与分析的实际需要，培养学生综合运用生物信息学知识和方法进行生物信息提取、储存、处理、分析的能力，提高学生应用理论知识解决问题的能力和独立思考、综合分析的能力。 生物信息学实验教学内容的选择与安排应按照循序渐进的原则，针对特定的典型性的生物信息学问题设计，以综合性、设计性实验内容为主，明确目的要求，突出重点，充分发挥学生的主观能动性和探索精神，以激发学生学习的主动性和创造性为出发点，加强学生创新精神和实验能力的培养。生物信息学实验教学以互联网为媒介、计算机为工具，全部在计算机网络实验室内完成。在教学中，充分利用网络的交互特点实现信息技术与课程的结合。教师通过电子邮件将实验教学内容、实验序列、工具等传递给学生，学生同样通过电子邮件将实验报告、作业、问题和意见等反馈给教师，教师在网上批改实验报告后将成绩和 评语 发送给学生，让学生及时了解自己的学习情况。教师可以通过网上论坛、聊天室和及时通讯工具QQ、MSN等对学生的实验进行指导，与其讨论问题等。网络环境下的生物信息学实验教学不仅能提高学生的学习兴趣，给学生的学习和师生的互动带来极大的方便，提高教师的工作效率，而且可以及时了解掌握学生的学习情况，有利于教师不断调整教学方案，达到更好的教学效果。 5 生物信息学采用无纸化考试，加强实践能力考核 生物信息学主要是学习利用互联网、计算机和应用软件进行生物信息分析的基本理论和基本方法。考试重点是考查学生对生物信息分析的基本方法和技能的掌握程度和对结果的分析解释能力。因此，在生物信息学考试中可尝试引入实践技能考试，通过上机实践操作重点考核学生知识应用能力。实践技能考试采用无纸化考试方式，学生在互联网环境下，对序列进行生物信息分析并对结果进行解释，不仅可考查学生对基本知识和基本原理的掌握，而且可考查学生进行生物信息分析的实际能力和分析思考能力。通过实践技能考试，淡化理论考试，克服传统的死记硬背，可促进学生注重提高理论用于实践的综合能力，同时可更有效地提高学生计算机应用能力。学生成绩评定大部分是以学生的考试成绩为主，难以对学生的学习情况和学习过程作全面地评价。因此，除采用实践技能考试并将其作为学生成绩的主要部分外，还应加强对学生平时学习态度、学习能力、创新思维等方面的考查。 总之，生物信息学教学是网络环境下生物教学的全新内容。上述教学措施提高了学生的学习积极性、实践操作能力、解决实际问题的综合应用能力及创新能力，收到了良好的教学效果，得到了学生的普遍欢迎，具有较强的可操作性和实践性。在今后的教学实践中，教师自身素质的提高和进一步的教学改革，将会不断完善生物信息学教学，培养具有跨越生命科学、信息科学、数理科学等不同领域的“大科学”素质和意识的生物信息学人才。 参考文献: [1]赵国屏等.生物信息学[M].科学出版社，2002. [2]钟杨，张亮，赵琼.简明生物信息学[M].北京:高等教育出版社，2001. [3]教育部科技发展中心对大学校园网建设应用状况调查结果显示.千兆已成主流，应用全面透[J].中国教育网络，2005，(5):36-39.
生物信息学我有来头
1,序列比对(Sequence Alignment) 序列比对的基本问题是比较两个或两个以上符号序列的相似性或不相似性.从生物学的初衷来看,这一问题包含了以下几个意义:从相互重叠的序列片断中重构DNA的完整序列.在各种试验条件下从探测数据(probe data)中决定物理和基因图存贮,遍历和比较数据库中的DNA序列比较两个或多个序列的相似性在数据库中搜索相关序列和子序列寻找核苷酸(nucleotides)的连续产生模式找出蛋白质和DNA序列中的信息成分序列比对考虑了DNA序列的生物学特性,如序列局部发生的插入,删除(前两种简称为indel)和替代,序列的目标函数获得序列之间突变集最小距离加权和或最大相似性和,对齐的方法包括全局对齐,局部对齐,代沟惩罚等.两个序列比对常采用动态规划算法,这种算法在序列长度较小时适用,然而对于海量基因序列(如人的DNA序列高达109bp),这一方法就不太适用,甚至采用算法复杂性为线性的也难以奏效.因此,启发式方法的引入势在必然,著名的BALST和FASTA算法及相应的改进方法均是从此前提出发的. 2, 蛋白质结构比对和预测 基本问题是比较两个或两个以上蛋白质分子空间结构的相似性或不相似性.蛋白质的结构与功能是密切相关的,一般认为,具有相似功能的蛋白质结构一般相似.蛋白质是由氨基酸组成的长链,长度从50到1000~3000AA(Amino Acids),蛋白质具有多种功能,如酶,物质的存贮和运输,信号传递,抗体等等.氨基酸的序列内在的决定了蛋白质的3维结构.一般认为,蛋白质有四级不同的结构.研究蛋白质结构和预测的理由是:医药上可以理解生物的功能,寻找dockingdrugs的目标,农业上获得更好的农作物的基因工程,工业上有利用酶的合成.直接对蛋白质结构进行比对的原因是由于蛋白质的3维结构比其一级结构在进化中更稳定的保留,同时也包含了较AA序列更多的信息.蛋白质3维结构研究的前提假设是内在的氨基酸序列与3维结构一一对应(不一定全真),物理上可用最小能量来解释.从观察和总结已知结构的蛋白质结构规律出发来预测未知蛋白质的结构.同源建模(homology modeling)和指认(Threading)方法属于这一范畴.同源建模用于寻找具有高度相似性的蛋白质结构(超过30%氨基酸相同),后者则用于比较进化族中不同的蛋白质结构.然而,蛋白结构预测研究现状还远远不能满足实际需要. 3, 基因识别,非编码区分析研究. 基因识别的基本问题是给定基因组序列后,正确识别基因的范围和在基因组序列中的精确位置.非编码区由内含子组成(introns),一般在形成蛋白质后被丢弃,但从实验中,如果去除非编码区,又不能完成基因的复制.显然,DNA序列作为一种遗传语言,既包含在编码区,又隐含在非编码序列中.分析非编码区DNA序列目前没有一般性的指导方法.在人类基因组中,并非所有的序列均被编码,即是某种蛋白质的模板,已完成编码部分仅占人类基因总序列的3~5%,显然,手工的搜索如此大的基因序列是难以想象的.侦测密码区的方法包括测量密码区密码子(codon)的频率,一阶和二阶马尔可夫链,ORF(Open Reading Frames),启动子(promoter)识别,HMM(Hidden Markov Model)和GENSCAN,Splice Alignment等等. 4, 分子进化和比较基因组学 分子进化是利用不同物种中同一基因序列的异同来研究生物的进化,构建进化树.既可以用DNA序列也可以用其编码的氨基酸序列来做,甚至于可通过相关蛋白质的结构比对来研究分子进化,其前提假定是相似种族在基因上具有相似性.通过比较可以在基因组层面上发现哪些是不同种族中共同的,哪些是不同的.早期研究方法常采用外在的因素,如大小,肤色,肢体的数量等等作为进化的依据.近年来较多模式生物基因组测序任务的完成,人们可从整个基因组的角度来研究分子进化.在匹配不同种族的基因时,一般须处理三种情况:Orthologous: 不同种族,相同功能的基因；Paralogous: 相同种族,不同功能的基因；Xenologs: 有机体间采用其他方式传递的基因,如被病毒注入的基因.这一领域常采用的方法是构造进化树,通过基于特征(即DNA序列或蛋白质中的氨基酸的碱基的特定位置)和基于距离(对齐的分数)的方法和一些传统的聚类方法(如UPGMA)来实现. 5, 序列重叠群(Contigs)装配 根据现行的测序技术,每次反应只能测出500 或更多一些碱基对的序列,如人类基因的测量就采用了短枪(shortgun)方法,这就要求把大量的较短的序列全体构成了重叠群(Contigs).逐步把它们拼接起来形成序列更长的重叠群,直至得到完整序列的过程称为重叠群装配.从算法层次来看,序列的重叠群是一个NP-完全问题. 6, 遗传密码的起源 通常对遗传密码的研究认为,密码子与氨基酸之间的关系是生物进化历史上一次偶然的事件而造成的,并被固定在现代生物的共同祖先里,一直延续至今.不同于这种"冻结"理论,有人曾分别提出过选择优化,化学和历史等三种学说来解释遗传密码.随着各种生物基因组测序任务的完成,为研究遗传密码的起源和检验上述理论的真伪提供了新的素材. 7, 基于结构的药物设计 人类基因工程的目的之一是要了解人体内约10万种蛋白质的结构,功能,相互作用以及与各种人类疾病之间的关系,寻求各种治疗和预防方法,包括药物治疗.基于生物大分子结构及小分子结构的药物设计是生物信息学中的极为重要的研究领域.为了抑制某些酶或蛋白质的活性,在已知其蛋白质3级结构的基础上,可以利用分子对齐算法,在计算机上设计抑制剂分子,作为候选药物.这一领域目的是发现新的基因药物,有着巨大的经济效益. 8.生物系统的建模和仿真 随着大规模实验技术的发展和数据累积，从全局和系统水平研究和分析生物学系统，揭示其发展规律已经成为后基因组时代的另外一个研究 热点-系统生物学。目前来看，其研究内容包括生物系统的模拟（Curr Opin Rheumatol，2007，463-70），系统稳定性分析（Nonlinear Dynamics Psychol Life Sci，2007，413-33），系统鲁棒性分析（Ernst Schering Res Found Workshop， 2007，69-88）等方面。以SBML（Bioinformatics，2007，1297-8）为代表的建模语言在迅速发展之中，以布尔网络 （PLoS Comput Biol，2007，e163）、微分方程（Mol Biol Cell，2004，3841-62）、随机过程（Neural Comput，2007，3262-92）、离散动态事件系统等（Bioinformatics，2007，336-43）方法在系统分析中已经得到应 用。很多模型的建立借鉴了电路和其它物理系统建模的方法，很多研究试图从信息流、熵和能量流等宏观分析思想来解决系统的复杂性问题（Anal Quant Cytol Histol，2007，296-308）。当然，建立生物系统的理论模型还需要很长时间的努力，现在实验观测数据虽然在海量增加，但是生物系统的模型辨 识所需要的数据远远超过了目前数据的产出能力。例如，对于时间序列的芯片数据，采样点的数量还不足以使用传统的时间序列建模方法，巨大的实验代价是目前系 统建模主要困难。系统描述和建模方法也需要开创性的发展。 9.生物信息学技术方法的研究 生物信息学不仅仅是生物学知识的简单整理和、数学、物理学、信息科学等学科知识的简单应用。海量数据和复杂的背景导致机器学习、统 计数据分析和系统描述等方法需要在生物信息学所面临的背景之中迅速发展。巨大的计算量、复杂的噪声模式、海量的时变数据给传统的统计分析带来了巨大的困难， 需要像非参数统计（BMC Bioinformatics，2007，339）、聚类分析（Qual Life Res，2007，1655-63）等更加灵活的数据分析技术。高维数据的分析需要偏最小二乘（partial least squares，PLS）等特征空间的压缩技术。在计算机算法的开发中，需要充分考虑算法的时间和空间复杂度，使用并行计算、网格计算等技术来拓展算法的 可实现性。 10, 生物图像 没有血缘关系的人，为什么长得那么像呢？ 外貌是像点组成的，像点愈重合两人长得愈像，那两个没有血缘关系的人像点为什么重合？ 有什么生物学基础？基因是不是相似？我不知道，希望专家解答。 11, 其他 如基因表达谱分析,代谢网络分析;基因芯片设计和蛋白质组学数据分析等,逐渐成为生物信息学中新兴的重要研究领域;在学科方面,由生物信息学衍生的学科包括结构基因组学,功能基因组学,比较基因组学,蛋白质学,药物基因组学,中药基因组学,肿瘤基因组学,分子流行病学和环境基因组学,成为系统生物学的重要研究方法.从现在的发展不难看出,基因工程已经进入了后基因组时代.我们也有应对与生物信息学密切相关的如机器学习,和数学中可能存在的误导有一个清楚的认识.
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