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论文写作的9款实用工具:

1、fritzing

fritzing这个软件相比与Altium designer和allegro,fritzing多了一个原理图模式,能够很美观的展示电路板的电气连接,能够用于画一些简单器件的电路连接,显示效果极好。

2、mathpix snipping Tool

这是一款开源的公式OCR软件,能够识别公式转换成为Latex语法,直接输入在MathType公式编辑器中。这款软件需要和mathtype一起使用,体验感更好,直接将第二行的Latax语句复制到Mathtype中即可完成转换。

3、MathType

MathType是一款著名的公式编辑器软件,编辑的公式能够在Word中直接修改,是理工科学生必备软件。

4、Matlab

Matlab是工科生应该都知道的一款软件,应该也有一些同学的毕业设计就是和Matlab相关,强大的图像处理与仿真功能,使得Matlab成为理工科学生的必备软件。

5、Originlab

这是一款专业的数据分析软件,与matlab一样,功能也非常的强大,各大网站站上都有相关的教程学习,很多SCI论文的数据可视化插图都是使用这款软件画制出来的。

6、visio

visio是微软旗下的产品,因此与Word的兼容性好,visio经常被用来画一些框图,也是论文写作的必备软件。

论文写作我试过各种各样的画图导图工具,感觉很麻烦又得不到理想的图片质量,弄过Origin ,MATLAB,VISIO及Latex的排版工具。下面是我现在关于论文写作画图的一些小想法:一直觉得科技论文里的画图很麻烦但也蛮重要的,给reviewer要留个好印象,远了说也希望给读者能留个好印象,说不定能增加citation。我一直很重视画图,排版。开始时候是跟着师兄写文章,他用的什么方法画图我就学的什么方法!用Origin画完导成tiff格式,插入到论文中。后来发现这样子插入会把word弄很大,email给老板时很痛苦,而且不清晰,标量图经不起放大。做学术一段日子了,也Follow了其他团队的工作,比如UCSB的Banerjee团队,感觉他们工作棒图也漂亮,崇拜啊!后来学习他们把图弄小,同样页数里就可以放入更多的工作,份量重文章全面,citation的机率也大些!便更无法忍受tiff格式!IEEE论文接收后会要求author提交figures,可以是eps, ps和tiff格式,但eps和ps格式图片是用于Latex排版的(正规journal排版应该都是用Latex的吧),其中只有tiff格式能兼容word,但不好也不方便使用。建议submit时manuscript里可以直接用Origin的图,便可端给老板和reviewers了[Note: origin中经常有些特殊符号,如mm,可以直接Ctrl+m插入这些特殊符号]。这样足够清晰了,accepted后最终稿可用origin导出eps图片,不用管图片尺寸,在Latex里可以限定大小。但我老板很麻烦,经常要求在图表的空白处插入model图,看起来会更紧凑,Origin在画结构图方面渣得很,不得不求助于VISIO。把Origin的图copy到VISIO里,用VISIO画model图插到空白处,再将VISIO图copy到word。Accepted后最终稿要注意,把VISIO图保存为wmf格式,再用小工具wmf2ps将其转为ps格式,再用GSview将ps格式图片另存为eps格式,同时就可以把周转空白边距去掉。如果是word里的表格也可以将之转为VISIO后再进行这一流程。也有人用MATLAB画图导为emf格式,个人觉得MATLAB画图很好但不大方便,像我这样经常要调线型颜色标记的人会崩溃的。

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基于语义分析的论文可以使用多种文本编辑软件撰写,例如:1. Microsoft Word:Word是一款功能强大的办公软件,可用于编辑和格式化各种文档,包括论文。它还提供了许多高级功能,如自动编号、参考文献管理、大纲等。2. LaTeX:LaTeX是一种专业的排版系统,其强大的排版功能可以满足学术论文的各种要求。LaTeX还提供了方便的文本编辑器和许多模板,使撰写论文更加简单。3. Google Docs:Google Docs是一种免费的基于云的文档编辑软件,可用于撰写和协作编辑文档。它不仅具有方便的实时协作和共享功能,还提供了各种格式化和排版工具。4. Overleaf:Overleaf是一种

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就像普通的高血压一般,精神分裂症是也是一种常见的疾病,它的 患病率是1%左右。得了精神分裂症之后,患者的脑功能会出现严重障碍,做出许多异于常人之事。

众所周知,人脑中有一百多亿个脑细胞,每个细胞会长出很多分枝,脑细胞就靠这些分枝相互联系。从上一个脑细胞的分枝末梢会释放出一些东西,称为‘神经递质’。 神经递质有很多种,例如多巴胺(DA)、去甲肾上腺素(NE)、5-羟色胺(5HT)、乙酰胆碱(ACh)等等 。

如果把神经递质比作邮递员,把受体比作信箱,邮递员负责把信息传递到下一个脑细胞的信箱, 能在一百多亿个脑细胞之间形成了一个复杂的信息网络。在正常情况,在神经递质和受体之间,信息的传递不会发生错误,精神活动就很正常。但在某种诱因的‘扳机’作用下,如果神经递质太多,神经信息传导错误或太乱,精神就不正常,表现出种种精神症状,产生了无中生有的幻觉和妄想。

如今用来治疗精神分裂症症状的药物,并不能够治疗疾病的根本,它的药理作用就像是在这些信箱上加个‘盖子’,借此堵截那些过多过乱信息的传递,从而使精神功能够恢复正常。 由此看来,精神分裂症是人脑的一种病理变化,它与高血压同样都是疾病,并不是思想、作风、品质或人格的问题,不应该受到歧视。

如今大概所知发病原因,可分为内因和外因。从遗传角度来谈内因,父母有精神病史的人,由于基因的影响, 与普通人相比较,患病的风险也就更高。那么没有亲属患过这些病,部分精神分裂症患者的病理基因从何而来呢?

我们都知道,父母在生育我们的时候,让受精卵的细胞,一分为二,二分为四,…,就像用复印机复印那样。有时,由于某种原因,在复印出的东西上,某些地方出现了字迹模糊。这种模糊如果是在无关紧要的地方,就没有什么关系;但若出现在有关思维、知觉等等的地方,那就形成了精神分裂症病理基因,称为‘基因突变’。

患了精神分裂症,随你怎样疏导、设法‘解开心结’,也无法治好他的疾病。因为这些都只是诱因。就像用打火机点了爆竹,即使把打火机丢了,爆竹仍会在空中爆炸。所以,必须用药物或其他方法,才能使疾病好转。

得了精神分裂症,必须抓紧时机进行治疗。首次发病是最关键的时刻,应该先请有经验的医生进行确诊,随即让病人服用最好的抗精神病药。此时药物治疗的效果最好;我们可以想象,人脑中有那么多神经细胞,有那么多的多巴胺受体需要加以阻断,所以服用的抗精神病药,一定要达到足够的剂量才能起到治疗作用。

如果剂量太小,就不足以阻断那么多的受体,即使服用几年,也难以达到治疗效果。如果剂量 太大,患者会认为服药多少有些副反应,影响了工作和生活,所以拒绝服药,也不排除有些药物副作用很重,让患者难以忍受,从而拒绝服药。没有了药物的控制,病情则容易复发。

有些家属或患者本人总是打听有没有根治精神病的药物,遗憾的是迄今还没有。一般说,药物的显效率,占服药病人的总数的70%左右,但仍有对单纯药物治疗无效的病人,应该并用其他治疗方法。治疗药物难治性精神疾病,可采用精神外科手术——第五代脑立体定向微创手术,它不仅能起到和药物同样的作用,还能发挥药物不具备的一些特性。

和药物治疗一样,第五代脑立体定向技术的核心目的是帮助患者控制或消除复杂、顽固的精神症状,早日回到症状的社会生活。具体包括以下几种:

一、 幻觉妄想:幻觉、妄想是精神疾病患者中比较常见的症状,常表现为过度夸大自己的能力、怀疑自己与父母、妻儿的血缘关系、看到客观环境中不存在的事物(如牛鬼蛇神等),通过手术治疗后,患者恢复正常人的感知和思维。

二、情感障碍:包括情绪过度兴奋、亲情冷漠、冲动暴躁,易激惹、过度恐惧,紧张,焦虑等症状, 通过第五代脑立体定向技术治疗后,患者情感恢复正常,比如原先情感淡漠的患者,术后恢复正常人的情感,对父母、亲戚朋友也恢复本来的亲切感和情感。

三、行为障碍:包含兴致缺乏、淡漠、孤独、无故出走、过度挥霍、暴力攻击等行为,采用手术治疗后,患者以上的症状得到明显改善。

四、人格障碍:常见的有分裂型人格、反社会型人格、间歇性情感爆发障碍等,这类症状采用药物治疗一般疗效不是太好,而用手术治疗的效果会更好。

以上四大类症状涵盖了精神疾病患者中常见的一些症状,虽然一些症状早期采用药物治疗能起到一定的疗效,但大部分采用手术治疗的效果会更好。随着科技的发展,我们有理由相信,未来能通过不断发展的医疗技术,让患者告别精神疾病的困扰。

精神分裂症,就像平常我们患有高血压一样,是一种常见的一种疾病,它的患病率不算太高,大概在1%左右。患有了精神分裂症之后的人,他的大脑功能,会出现很大的障碍,然后她在做很多事情的时候都非常的异常,跟平常人做的不一样。

如果说患有了精神分裂症的话,一定要抓住好的时机去进行治疗,第一次发病的时候,是最关键的时刻。一定要带着患者去,专业的医院请经验特别丰富的医生来进行确诊。然后让病人服用一些抗精神病的药物。因为此时吃一些药物的话,对他的治疗效果还是非常好的。在人体的大脑中有着许多的神经细胞。并且有里面有着很多的多巴胺受体。都是需要加以阻断的。所以说,必须去吃一些抗精神病的药物才能够达到治疗的效果。

因为用治疗精神分裂症的药物,其实也并不是能够治疗疾病的根本,它的药用价值就像是在信箱上加了一个盖子。借此堵截了一些比较乱的信息的传递,从而使精神的功能能够恢复正常,所以精神分裂症的人脑是有着一种病理的变化的。

他与患有高血压同样的都是疾病,并不是说思想上或者是作风上,以及他的人格和品质上面出现了问题。所以说不应该受到旗帜。其实,这种病的发病原因可以分为内因和外因从遗传角度来说的话,那就是内因父母如果有精神病史的话,由于它们基因的影响,影响与普通人相比的情况下,患病的风险是非常高的,如果说自己家中没有这种病史的情况下。那么他患有精神分裂症的这种病因就是属于病理性的。

像患有了精神分裂症之后去疏导他打开他的心结,也是无法治疗他的疾病的,因为这些都是有原因的,就像我们用打火机点燃了爆竹之后,及时把打火机扔掉之后。爆竹仍然会发生爆炸,所以说必须用一些药物来控制它,才能够使这种病情的发展慢慢的有好转的。

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一、发百论文拿奖学金,评三好学生二、发论文保研推研究生三、发论文找工作需求四、学分不够,论文来凑,四级不过,发论文拿学位证!一是发表论文来丰富自己的科研方面成果,二是评选奖知学金的需要,更多同学是为了考研或是保研的需要,希望自己的研究生面试的时候让自己的学术成就道方面更突出一点。我只是列了部分,在校期间,还是少打游戏,少买衣服,少诳版街。多看书,多写论文,多搞发表,多年以后,你会感谢现在努力的自己。多年发表经验的我,希望可以帮助到你。再有其他发表方面的问题,或者论文方面的问题,可以追问哟。或者看头像来找我,我会给你一个完美的解释!!!

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我是复制的,希望对楼主能有所帮助※ Multiplexing:一种同时采用多种样品的测序方法,能够大大提高测序速度。 ※ 突变(Mutation):DNA序列上任一种可以被遗传的变易。 ※ 核苷酸(Nucleotide):DNA和RNA的基本组成部分,通常包含一分子核糖,一分子磷酸和一分子碱基。多个核苷酸通过磷酸二酯键连接成一条链状。 ※ 细胞核(Nucleos):真核细胞中的一种细胞器,内含遗传物质。 癌基因(Oncogene):一种能够导致癌症的基因。许多致癌基因都直接或间接地控制细胞的成长速度。 ※ 噬菌体(phage):一种以细菌为宿主细胞的病毒。 ※ 物理图谱(Physics Map):物理图谱描绘DNA上可以识别的标记的位置和相互之间的距离(以碱基对的数目为衡量单位),这些可以识别的标记包括限制性内切酶的酶切位点,基因等。物理图谱不考虑两个标记共同遗传的概率等信息。对于人类基因组来说,最粗的物理图谱是染色体的条带染色模式,最精细的图谱是测出DNA的完整碱基序列。 ※ 质粒(Plasmid):质粒是细菌的染色体外能够自我复制的环状DNA分子。它能够和细胞核中的染色体明显地区别开来,而且并不是细胞生存的必要物质。一些质粒适宜于引入到宿主细胞中去,并利用宿主细胞的DNA大量繁殖,因此我们常常采用质粒作为外源DNA的载体,外源DNA借助于质粒在宿主细胞中大量繁殖。 ※ 多基因病(Polygenic Disorder):有多个基因位点共同决定的遗传病(如心脏病、糖尿病、一些癌症等)。这类疾病的遗传由多个基因位点共同控制,因而比单基因病的遗传更为复杂。 ※ 多聚酶链式反应(PCR):一种体外扩增DNA的方法。PCR使用一种耐热的多聚酶,以及两个含有20个碱基的单链引物。经过高温变性将模板DNA分离成两条链,低温退火使得引物和一条模板单链结合,然后是中温延伸,反应液的游离核苷酸紧接着引物从5‘端到3’端合成一条互补的新链。而新合成的DNA又可以继续进行上述循环,因此DNA的数目不断倍增。 ※ 多聚酶(Polymerase):多聚酶具有催化作用,能够加快游离的核苷酸和DNA模板结合形成新链的反应速度。 ※ 多态性(Polymorphism):多个个体之间DNA的差异称为多态性。DNA变异概率超过1%的变异,比较适宜作为绘制连接图谱的证据。 ※ 引物(Primer):预先制备的比较短的核苷酸链,在新链合成过程中作为引物,游离的核苷酸在引物之后按顺序和模板上的碱基结合,形成新链。 ※ 原核生物(Prokaryote):原核生物没有细胞膜,结构清晰的核以及其他细胞器。细菌是原核生物。 ※ 探针(Probe):是一条DNA单链或者一条RNA链,具有特定的序列,并且使用放射性元素或者免疫特性物质进行标记。探针和克隆库中的某条互补片段结合成一条双链结构,我们可以借助于探针的检测来获知与其互补的链的位置。 ※ 启动子(Promoter):DNA上的一个特定位点,RNA聚合酶在此和DNA结合,并由此开始转录过程。 ※ 蛋白质(Protein):一种由一条或者多条肽链构成的大分子。每条肽链上核苷酸的顺序是由基因外显子部分的碱基序列决定的。蛋白质是细胞、组织和器官的重要组成部分,每种蛋白质都具有特定的功能。酶、抗体和激素等都是蛋白质。 ※ 嘌呤(Purine):一种含氮的单环结构物。是核苷酸的重要组成部分,有腺嘌呤A和鸟嘌呤G两种。 ※ 嘧啶(Pyrimidine):一种含氮的双环结构,是核苷酸的重要组成部分。分为胞嘧啶C,胸腺嘧啶T和尿嘧啶U三种。 ※ 重组克隆(Recombinant Clone):将不同来源的DNA片段合成在一个DNA分子中,这种技术称为重组,得到的分子为重组克隆。 ※ DNA重组技术(Recombinant DNA Technology):在细胞体外将两个DNA片段连接成一个DNA分子的技术。在适宜的条件下,一个重组DNA分子能够被引入到宿主细胞中并在宿主细胞中大量繁殖。 ※ 调控序列(regulatory regions and sequence):一段控制基因表达的DNA片段。 ※ 限制性内切酶(Restriction enzyme, endonuclease):这种酶能够识别出DNA上特定的碱基序列,并在这个位点将DNA酶切。细菌中有400中限制性内切酶,能够识别出100中DNA序列。 ※ 酶切位点(Restriction Enzyme cutting site):DNA上一段碱基的特定序列,限制性内切酶能够识别出这个序列并在此将DNA酶切成两段。 ※ 限制性长度多态性(Restriction fragment length polymorphsm):从不同个体制备的DNA,使用同一种限制性内切酶酶切,切得的片段长度各不相同。酶切片段的长度可以作为物理图谱或者连接图谱中的标记子。通常是在酶切位点处发生突变而引发的。 ※ 核糖核酸RNA(Ribonucleic acid):从细胞的细胞核和细胞质部分分离出来的化学物质。在蛋白质合成和其他生化反应中起着重要作用,RNA的结构和DNA的结构类似,都是有核苷酸按照一定顺序排列成的长链。RNA可以分为信使RNA、转运RNA、核糖体RNA以及其他类型的RNA。 ※ 核糖体RNA(Ribonsomal RNA rRNA):存在于核糖体中的RNA。 ※ 核糖体(Ribonsome):细胞质中含有rRNA和相关蛋白质的细胞器,是蛋白质的合成场所。 序列位置标签(Sequence Tagged Site, STS):一段短的DNA序列(200-500个碱基对),这种序列在染色体上只出现一次,其位置和碱基顺序都是已知的。在PCR反应中可以检测处STS来,STS适宜于作为人类基因组的一种地标,据此可以判定DNA的方向和特定序列的相对位置。ETS是cDNA上的STS。 ※ 性染色体(Sex Chromosome):在人类细胞中是X或者Y染色体,性染色体决定了个体的性别。雌性细胞中含有两个X染色体,而雄性细胞中含有1个X染色体和1个Y染色体。 ※ 鸟枪法(Shotgun method):使用基因组中的随机产生的片段作为模板进行克隆的方法。 ※ 单基因病(Single Gene Disorder):一个基因的等位基因之间发生了突变造成的疾病。 ※ 体细胞(Somatic Cells):个体中除了生殖细胞及其母细胞之外的细胞,都是体细胞。 ※ 串联重复序列(Tandem repeat sequences):在染色体上一段序列的多次重复,称为串联重复序列。常用来作为物理图谱中的标记子。 ※ 端粒(Telomere):是染色体的末端部分,这一特殊结构区域对于线型染色体的结构和稳定起重要作用。 ※ 转录(Transcription):以某一DNA链为模板,按照碱基互补原则形成一条新的RNA链的过程,是基因表达的第一步。 ※ 转运RNA(tRNA):转运RNA具有特殊的结构,其一端包含3个特定的核苷酸序列,能和信使RNA上的密码子按照碱基配对原则进行结合。另一端则带有一个氨基酸。因此转运RNA能够同细胞质中游离的氨基酸结合并运到核糖体上,核糖体按mRNA上的遗传信息将氨基酸装配成蛋白质。 ※ 转化(Transformation):将外源DNA整合到某一细胞基因组中的过程。。 ※ 翻译(Translation):mRNA上携带的遗传信息指导蛋白质的合成过程,称为翻译。 ※ 病毒(Virus):一种不具备细胞结构的生物体。只能寄生在宿主细胞中才能生存。病毒一般包含核酸以及外壳蛋白,有些动物的病毒的外面也偶尔覆盖一层细胞膜。病毒进入宿主细胞之后,利用宿主的合成机制复制出大量的后代。。 ※ 酵母菌人工合成染色体(Yeast Artificial Chromosome):一种能够克隆长达400Kb的DNA片段的载体,含有酵母细胞中必需的端粒、着丝点和复制起始序列。 (卜东波、伍树明翻译整理) 生物信息名词 §§§ BLAST (Basic Local Alignment Search Tool),基本的基于局部对准的搜索工具;一种快速查找与给定序列具有连续相同片断的序列的技术。 §§§ Entrez 美国国家生物技术信息中心所提供的在线资源检索器。该资源将GenBank序列与其原始文献出处链接在一起。 §§§ NCBI 美国国立生物技术信息中心(National Center for Biotechnology Information),1988年设立,为美国国家医学图书馆(NLM)和国家健康协会(NIH)下属部门之一。提供生物医学领域的信息学服务,如世界三大核酸数据库之一的GenBank数据库,PubMed医学文献检索数据库等。 §§§ Conserved sequence 保守序列。演化过程中基本上不变的DNA中的碱基序列或蛋白质中的氨基酸序列。 §§§ Domain 功能域。蛋白质中具有某种特定功能的部分,它在序列上未必是连续的。某蛋白质中所有功能域组合其起来决定着该蛋白质的全部功能。 §§§ EBI 欧洲生物信息学研究所(European Bioinformatics Institute)。 The National Center for Biotechnology Information (NCBI) at the NationalLibrary of Medicine (NLM), National Institutes of Health (NIH) §§§ EMBL 欧洲分子生物学实验室(uropean Molecular Biology Laboratory)。 §§§ GenBank 由美国国家生物技术信息中心提供的核酸序列数据库。 §§§ Gene 基因。遗传的基本的物理和功能单位。一个基因就是位于某条染色体的某个位置上的核苷酸序列,其中蕴含着某种特定功能产物(如蛋白质或RNA分子)的编码。 §§§ DUST A program for filtering low complexity regions from nucleic acid sequences. §§§ Gene expression 基因表达。基因中的编码信息被转换成行使特定功能的结构产物的过程。 §§§ Gene family 基因家族。一组密切相关的编码相似产物的基因。 §§§ Gene mapping 基因作图。对DNA分子(染色体或质粒)中基因的相对位置和距离进行确定的过程。 §§§ Genetic code 遗传密码。以三联体密码子的形式编码于mRNA中的核苷酸序列,决定着所合成蛋白质中的氨基酸序列。 Genome 基因组。某一物种的一套完整染色体组中的所有遗传物质。其大小一般以其碱基对总数表示。 §§§ Genomics 基因组学。从事基因组的序列测定和表征描述,以及基因活性与细胞功能关系的研究。 §§§ HGMP 英国剑桥的人类基因组绘图计划(Human Genome Mapping Project)。 §§§ Informatics 信息学。研究计算机和统计学技术在信息处理中的应用的学科。在基因组计划中,信息学的内容包括快速搜索数据库方法的开发、DNA序列信息分析方法的开发和从DNA序列数据中预测蛋白质序列和结构方法的开发。 §§§ Physical map 物理图谱。不考虑遗传,DNA中可识别的界标(如限制性酶切位点和基因等)的位置图。界标之间的距离用碱基对度量。对人类基因组而言,最低分辨率的物理图谱是染色体上的条带图谱;最高分辨率的物理图谱是染色体中完整的核苷酸序列。 §§§ Promoter 启动子。DNA中被RNA聚合酶结合并从此起始转录的位点。 §§§ Proteome 蛋白质组。一个基因组的全部蛋白产物及其表达情况。 §§§ Regulatory region or sequence 调控区或调控序列。控制基因表达的DNA碱基序列。 §§§ Ribosomal RNA 核糖体RNA。简写为rRNA。是一组存在于核糖体中的RNA分子。 §§§ Sequence tagged site 序列示踪位点,简写为STS。在人类基因组中只出现一次的位置和序列已知的长约200到500bp的短DNA序列片断。由于可以通过PCR检测到,STS在将来源于许多不同实验室的基因图谱和测序数据进行定位和定向时非常有用,并且STS在人类基因组的物理图谱中也具有界标的作用。表达的序列标签(ESTs)就是那些得自cDNAs的STSs。 §§§ Single-gene disorder 单基因病。由单个基因的等位基因的突变所导致的遗传病(如杜兴肌营养不良和成视网膜细胞瘤等)。 §§§ UniGene 美国国家生物技术信息中心提供的公用数据库,该数据库将GenBank中属于同一条基因的所有片断拼接成完整的基因进行收录。 §§§ 非蛋白质编码区(“Junk”DNA)占据了人类基因组的大部分,研究表明“Junk”是许多对生命过程富有活力的不同类型的DNA的复合体,它们至少包括以下类型的DNA成份或由其表达的RNA成分:内含子(intron)、卫星(Satellite)DNA、小卫星(minisatellite)DNA、微卫星(microsatellite)DNA、非均一核RNA(hmRNA)、短散置元(short interspersed elements)、长散置元(long interspersed elements)、伪基因(pseudogenes)等。除此之外,顺式调控元件,如启动子、增强子等也属于非编码序列。 双重序列对比 两序列间的对比分析。最常见的方法为Needle-Wunsch方法。能够利用的软件如BLAST、FASTA等。 §§§ Autosome 常染色体。与性别决定无关的染色体,人双倍体染色体组含有46条染色体,其中22对常染色体,一对与性别决定有关的性染色体(X和Y染色体)。 sex chromosome. 包括序列(核酸与蛋白)搜索,结构比较,结构预测,蛋白质域,模体(Motif ),测序,发育与进化分析,双向电泳成像分析,质谱蛋白质鉴定,三维蛋白结构模建与成像,基因组图谱比较,基因预测,非编码区功能位点识别,基因组重叠群集装,后基因组功能分析,结构基因组学以及药物基因组学等等。 在,新版中启用了gapped BLAST、PSI-BLAST 和PHI-BLAST。gapped BLAST是比原BLAST 更灵敏更快的局部相似联配(俗称局部同源)搜索法;PSI- BLAST用迭代型的剖面打分算法,每次迭代所费时间与前者相同,它可检索弱同源的目标;PHI-BLAST 98年刚出台,是模体(Motif )构造与搜索软件,是更灵敏的同源搜索软件。例如线虫§§§ 的CED4是apoptosis 的调控蛋白,含有涉及磷酸结合的P 环模体,在各种ATP 酶和GTP 酶中可发现。在用gapped BLAST搜索NR数据库时,CED4仅跟人凋亡调控蛋白Apaf-1显著同源或相似(其中含有P-loop保守区)。但PHI- BLAST搜索,另有一个显著同源(E= )目标,是植物抗病蛋白Arabidopsis thaliana ,证实此动物与植物蛋白确实在apoptosis 中有相似的功能。另有,按PHI- BLAST搜索在MutL DNA修复蛋白中的ATP 酶域,II型拓扑异构酶,组氨酸激酶和HS90家族蛋白,发现一个新的真核蛋白族,共有HS90型ATP 酶域。再有在古核tRNA核苷酸转移酶中发现核苷酸转移酶域,在细菌DNA 引物酶的古核同源体中发现螺旋酶超家族II的模体VI。用以往的搜索法这些是得不到的。 深层事项: 后基因组时期的主要任务:Data mining ,即从完全测序的基因组中预测功能。 1 、序列、结构和功能 自分子生物学产生以来,均相信序列决定结构,结构决定功能。随着基因组学的发展,对此理解已有长足的深化。同源序列(具有共同祖先)未必具有相同的功能;相同功能未必源自同源序列。相异序列可能有相似的结构;序列与结构不相似的蛋白可能会有相似的功能。现在发现存在不相似(在序列与结构水平上)酶催化相同的生化反应。当然亦存在甚至结构水平上很相似的酶催化不同的生化反应。例如人与鼠的3?- 羟甾类脱氢酶,1AHH和1RAL;前者是Rossmann折叠,而后者是TIM-桶。肯定,这些相似酶不是共同祖先趋异的结果,而是不同祖先趋同的结果。如结构决定功能还是合理的,那么至少在功能活性位点具有相似结构特征(即3D- 功能模体)。属于今后研究的课题,对了解酶催化机制与功能蛋白的小分子模拟具有很大价值。 何谓功能?功能有层次的:表型的,细胞的和分子的。 目前开始高层功能预测,分子相互作用、代谢途径和调控网络。目前,已从结构基因组学,功能基因组学和蛋白质组学多种角度研究基因组功能。 2 、结构基因组学中的生物信息学 希望大通量地测定和模建完全测序基因组的全部蛋白三维结构。生物信息学可以发挥作用,一方面规划好测定的对象,另一方面可靠地模建结构。 3 、功能基因组学中的生物信息学 美国HGP 已编制1998-2003 的新五年计划。提出八项目标:其中目标7 特指生物信息学和计算生物学,其实几乎每项目标都要生物信息学,例如目标4 功能基因组学中的非编码区功能位点预测,基因表达分析(如DNA Chip)以及蛋白质全局分析(如蛋白质组学)。 §§§ 蛋 白 质 组 学(Proteomics) 1.蛋白质组学研究的目的和任务 20世纪中期以来,随着DNA双螺旋结构的提出和蛋白质空间结构的X射线解析,开始了分子生物学时代,对遗传信息载体DNA和生命功能的主要体现者蛋白质的研究,成为生命科学研究的主要内容。90年代初期,美国生物学家提出并实施了人类基因组计划,预计用15年的时间,30亿美元的资助,对人类基因组的全部DNA序列进行测定,希望在分子水平上破译人类所有的遗传信息,即测定大约30亿碱基对的DNA序列和识别其中所有的基因(基因组中转录表达的功能单位)。经过各国科学家8年多的努力,人类基因组计划已经取得了巨大的成绩,一些低等生物的DNA全序列已被阐明,人类3%左右DNA的序列也已测定,迄今已测定的表达序列标志(EST)已大体涵盖人类的所有基因。在这样的形势下,科学家们认为,生命科学已经入了后基因组时代。在后基因组时代,生物学家们的研究重心已经从解释生命的所有遗传信息转移到在整体水平上对生物功能的研究。这种转向的第一个标志就是产生了一门成为功能基因组学(Functional Genomics)的新学科。它采用一些新的技术,如SAGE、DNA芯片,对成千上万的基因表达进行分析和比较,力图从基因组整体水平上对基因的活动规律进行阐述。但是,由于生物功能的主要体现者是蛋白质,而蛋白质有其自身特有的活动规律,仅仅从基因的角度来研究是远远不够的。例如蛋白质的修饰加工、转运定位、结构变化、蛋白质与蛋白质的相互作用、蛋白质与其它生物分子的相互作用等活动,均无法在基因组水平上获知。正是因为基因组学(Genomics)有这样的局限性,于90年代中期,在人类基因组计划研究发展及功能基因组学的基础上,国际上萌发产生了一门在整体水平上研究细胞内蛋白质的组成及其活动规律的新兴学科——蛋白质组学(Proteomics),它以蛋白质组(Proteome)为研究对象。蛋白质组是指“由一个细胞或一个组织的基因组所表达的全部相应的蛋白质”。测定一个有机体的基因组所表达的全部蛋白质的设想,萌发在1975年双向凝胶电泳发明之时。1994年Williams正式提出了这个问题,而“蛋白质组”的名词则是由Wilkins创造的,发表在1995年7月的Electrophoresis杂志上。蛋白质组与基因组相对应,但二者又有根本不同之处:一个有机体只有一个确定的基因组,组成该有机体的所有不同细胞斗拱享用一个确定的基因组;而蛋白质组则是一个动态的概念,她不仅在同一个机体的不同组织和细胞中不同,在同一机体的不同发育阶段,在不同的生理状态下,乃至在不同的外界环境下都是不同的。正是这种复杂的基因表达模式,表现了各种复杂的生命活动,每一种生命运动形式,都是特定蛋白质群体在不同时间和空间出现,并发挥功能的不同组合的结果。基因DNA的序列并不能提供这些信息,再加上由于基因剪接,蛋白质翻译后修饰和蛋白质剪接,基因遗传信息的表现规律就更加复杂,不再是经典的一个基因一个蛋白的对应关系,一个基因可以表达的蛋白质数目可能远大于一。对细菌,可能为~;对酵母则为3;而对人,可高达10。后基因组和蛋白质组研究,是为阐明生命活动本质所不可缺少的基因组研究的远为复杂的后续部分,无疑将成为21世纪生命科学研究的主要任务。

“一旦戴上‘遗传病’的帽子,就意味着这个孩子只能抱回家等死了!” 很多年前,不仅老百姓这样想,就连毕业于北京医科大学,在北京大学第一医院做了好些年儿科大夫的杨艳玲也这样想过。 直到1991年杨艳玲去日本东京读研究生,她的老师恰好是遗传代谢病、内分泌疾病筛查的专家,从那时起杨艳玲才知道有些遗传病是能治的,而且很多遗传代谢病还可以治得特别好。 震惊之下,杨艳玲跟着日本老师开始学习遗传代谢内分泌疾病的筛查和诊断治疗,看了大量的各年龄段的遗传病病人,积累了一定的临床经验。 1996年,回国后的杨艳玲开始专攻遗传代谢病,一个病例一个病例地把这个领域建立起来,现在身为儿科遗传学教授的她,已经是国内遗传代谢病领域首屈一指的大牌专家了。 苯丙酮尿症: 饮食疗法就能治好的 “ 绝症 ” 采访杨艳玲,有一个词出镜率特别高——“傻孩子”,每当说出这个词时,她的语气满是浓浓的心疼和怜惜。 “为什么说患了遗传代谢病的孩子都是傻孩子呢?” “因为患病的孩子90%都侵犯到了大脑,而且大部分都是第一胎。” “为什么孕前检查不出来呢?” “因为做不到。现在已知命名的有21000多种遗传病,其中90%以上的疾病是常染色体隐性遗传,而每个人身上都带着大约100~400个基因致病突变,而且绝大多数是隐性的,所以无从检查。隐性遗传就是夫妻双方都携带致病基因,但是他们自己并不知道。当这两人撞在一起,就可能把两人共同的遗传缺陷传给孩子,导致遗传代谢病。所以说这茫茫人海中,两个携带相同的致病基因的人走到一起也真是太有缘份了。” “那么,如果一个人携带致病基因,另一个人没有,孩子会怎么样?” “那孩子有50%的可能性是携带致病基因,只是携带是没关系的。上帝创造人类很有技巧,他让每个人身上都带着缺陷降生,世上没有完美的人。但是,因为夫妻双方携带同样的致病基因缺陷的几率非常高,所以遗传病防不胜防。这个是世界难题。” 杨艳玲主要研究遗传代谢病,国际已经命名的有600多种,其中有一些是小分子代谢病,有一些是大分子代谢病,不是所有病都能治,但是小分子代谢病里面,像苯丙酮尿症,中国新生儿筛查覆盖率已经到了86%了,诊断和治疗技术也非常成熟,不仅最有社会价值,也成为很多遗传代谢病的诊治模板。 从1953年的德国开始,首先研发出了苯丙酮尿症的治疗方法,即饮食治疗方法,通过饮食干预,苯丙酮尿症病人可以健康成长并正常的工作、结婚、生育。说它具有创新性,是因为从不治之症到可以治疗,并且治得非常好;说它是模板,是因为将苯丙酮尿症的饮食治疗和药物治疗的原理,推广到其他的病种,同样也获得了很好的效果。 遗传代谢病最基本的发病原理就是身体里产生了大量的垃圾导致自身中毒,饮食和药物治疗原理即通过饮食和药物给病人解毒,让他自身产生比较好的代谢功能,维持生命机能。恢复的程度要看病种,比如生物素缺乏、多巴反应性肌张力不全,还有维生素B6反应性癫痫,这些疾病只要针对性治疗都能很快控制。比如维生素B6反应性的癫痫,只要给病人服用维生素B6,病人就能好转,多数马上就不抽风了。 甲基丙二酸尿症: [if !supportLineBreakNewLine] [endif] 漂洋过海去做检查的尿样 1996年,杨艳玲从日本回国,当时国内的遗传代谢病领域尚处于很落后的状态,很多病医生都没见过没听过,更不必说那些诊断检测的仪器了,“这直接导致很多病被发现后,尿样只能漂洋过海去检测的奇特现象。”杨艳玲感慨地说。 第一个有此“出国”殊荣的尿样来自一位患有甲基丙二酸尿症的女孩儿,杨艳玲回忆当时的情景说,那时是吴希如老师在病房查房,发现有个病人严重的大细胞贫血,严重的神经系统损害,癫痫,震颤,无法行走,对比这些症状,吴老师马上说,这怎么那么像文献上的甲基丙二酸尿症?但那个病当时在中国根本没有条件确诊,如果没有正确的诊断,治疗起来就很盲目。正好杨艳玲跟日本的老师们关系比较好,于是,这位患者的尿样就漂洋过海地送到了日本,很快日本回复说确实是甲基丙二酸尿症,建议用维生素B12及叶酸等进行治疗。按此方法孩子很快就好转了,现在已经快二十岁了,非常健康。 杨艳玲说,如果当时没有得到及时治疗,这个孩子现在肯定不在人世了。但是,由于吴老师首先意识到这个病,然后找渠道把尿样送出去确诊,挽救了这个孩子的生命。就这样,通过海外的合作,杨艳玲诊断了中国第一例甲基丙二酸尿症,还在国际上发表了相关论文。 在这个病例之后,经过筛查,这种病例越来越多,从1996年到现在,光是北大妇儿医院,积累的甲基丙二酸尿症病例已经有500多个了,绝大多数都是因为脑子的问题,比如说癫痫,昏迷,或者是智力倒退,瘫痪,经过在小儿神经内科的筛查、确诊和治疗,有很多病人康复。 后来,遗传代谢病的研究获得了国家的重视,卫生部作为重点项目支持,2003年,实验室终于买了第一台气相色谱质谱联用分析仪,进行尿有机酸分析,病人的尿样再也不用漂洋过海,在自己的医院就可以解决诊断问题了。 说起这台仪器,杨艳玲很兴奋,“通过尿有机酸分析,可以同时筛查34种有机酸尿症,包括丙酸尿症、甲基丙二酸尿症都可以涵盖,所有的病种在我们科都被筛出来了,最关键它是无创性的,只验一泡尿,检测一下尿中的代谢垃圾,就可以知道这个孩子是不是患了其中某一种疾病。在当时,这台仪器是非常先进的,现在通过我们的推广和培训,不断的传播这些疾病的诊断筛查治疗知识,在国内很多城市也都已经装上了。” 相比较筛查和诊治,杨艳玲更关心这些孩子经过治疗后的情况,能不能上学、工作、结婚生育,都是随着病人长大会面临的问题。过去人们对遗传病比较悲观,后来能诊断治疗了,治着治着又发现这些病的预后比原先预料的要好得多,就像甲基丙二酸尿症,已经有相当一部分孩子正常上学了,而且不是弱智学校,上的是正常学校。 虽然这些病要终身治疗,但治疗方法却不难,就是维生素B12加上叶酸、左卡尼汀、甜菜碱,都是比较容易得到的,费用也就一个月几百块,就可以把这些孩子治得很好。 “我们医院诊治过的孩子,现在上托儿所、小学、大学的都有了,有几个都大学毕业了,工作得非常好。有一个北京的孩子在银行工作,还有一个女孩子不仅结婚还生了一个孩子,当时我们都说这样的孩子自己能活着都不简单。”说起那些孩子,杨艳玲的语气里有着掩不住的疼爱。 肉碱缺乏症: [if !supportLineBreakNewLine] [endif] 一场纠纷引出的国内首例 遗传病大多治起来比较困难,或是智力渐渐出问题或是瘫痪,家长会有一个缓慢的接受过程。但是原发性肉碱缺乏症不一样,很多情况下孩子会猝死,或是新生儿猝死,或是运动中猝死,对此杨艳玲感触最深。 原发性肉碱缺乏症的发病原因也是常染色体隐性遗传,基因的功能是维持人体里面的肉碱的吸收、利用和转运,当父母都各携带了一个致病基因时,就造成了父母比普通人血液里肉碱的水平要低,如果妈妈怀孕了,必须负担两个人的营养,这时母亲和胎儿的代谢负担就会非常严重。 杨艳玲遇到的国内第一例原发性肉碱缺乏症跟医疗纠纷有关的病例。 一位产妇在一家三甲医院生的孩子,刚生下来挺好,没想到72小时后孩子在妈妈怀里断气了。家属认为是产科医生的责任,后来做了尸检,才发现孩子是特别严重的心肌病,是由于先天性遗传代谢病引起的心脏骤停。 为了能把病因查清楚,这家人找到了杨艳玲,她把孩子保存下来的尸解样本做了基因分析,证实了孩子的死因是原发性肉碱缺乏症,因为肉碱缺乏导致的结果主要就是心肌损伤和骨骼肌的损伤,并且从父母身上也发现携带了致病突变,这样才算是弄清了死因。 后来,这位妈妈在杨艳玲的帮助下开始了二次怀孕,怀孕前杨艳玲先给夫妻二人补充了左卡尼汀,提高身体的代谢功能,顺利怀孕后又一直给孕妇做监测。当怀孕四五个月开始,孕妇出现了脂肪肝和高脂血症,血液里的肉碱特别低,经过检测,证明是由于胎儿肉碱缺乏,不断跟妈妈抢夺肉碱导致。 虽然知道胎儿患有肉碱缺乏症,但孕妇表示只要这个病是能治疗的,就要把孩子生下来。于是,杨艳玲让孕妇开始服用左卡尼汀,用了一周药后,孕妈妈的脂肪肝和血脂全部正常了。足月后孩子也正常出生了,全家人欣喜若狂。 而在孩子出生后,妈妈哺乳期间也一直在服用左卡尼汀,让孩子通过母乳获得足够的左卡尼汀,孩子发育很好,现在已经正常上学了。 杨艳玲说,孩子大了以后也一直在做监测,小时吃母乳,大了吃牛羊肉,里面含的肉碱比较高,一旦监测发现血液的肉碱不够,家长会把左卡尼汀加量,所以这孩子一直维持得挺好的。假如没有之前的尸解诊断和产前诊断,这个家族很可能再次发生不幸。 线粒体病: [if !supportLineBreakNewLine] [endif] 替妈妈们平冤的 “ 双方遗传 ” 杨艳玲的科研重点还包括一组难治的遗传代谢病——线粒体病,线粒体是细胞里的发动机,发动机出了问题,细胞功能也就随之丧失,所以死亡率非常高,在五岁之内超过20%,而且相当一部分是在一岁之内死亡。这组疾病一直是医学上的大难题。 经过十几年的努力,杨艳玲的课题组对于线粒体病的研究有了很多国内、外首例的发现,但其中一个病例杨艳玲讲述的时候很是振奋,因为这项研究替很多妈妈平了冤昭了雪。 那是我国第一例核基因异常引起的线粒体病,在病因不明之前被认为是母系遗传的。但国外研究发现,线粒体病中90%以上是由夫妻双方遗传,只有10%的可能与妈妈相关,有90%的可能性是父亲也参与遗传了,这一结论颠覆了以往孩子一得线粒体病就认为是妈妈遗传的观念,为妈妈们摘掉了一顶大帽子。 此外,线粒体病的诊断主要依据基因的分析,而线粒体病的典型症状是脏器的损害,比如说脑、心脏、肝、肾甚至胃肠道的损害,如果做病理检查,就需要取孩子的肌肉或肝活检,这种活检无疑难度太大了,大夫下不去手,家长舍不得。多方探讨后,北大医院中心实验室决定研发其他的方法,一个是通过血液细胞做无创的基因分析,另一个则是利用尿液,离心尿液,把尿里的细胞沉渣拿来做基因分析,也非常有效,解决了很多线粒体疾病的病因诊断问题。 在对线粒体病的治疗上,过去一直都比较悲观,而现在杨艳玲的课题组发现线粒体疾病里面有一些病治疗起来效果很不错,比较说丙酮酸脱氢酶复合物的缺陷,这组疾病对维生素B1的反应特别好,已经有好几个病人经过大剂量的维生素B1的治疗,恢复得非常好,上托儿所、上学、工作的都很棒。 而对于一些特别难治的线粒体病,可以通过鸡尾酒疗法,就是把线粒体需要的维生素如维生素B1,辅酶Q10、左卡尼汀、维C、维E等大剂量堆在一起,让家长给孩子每天服用,有很多孩子的线粒体功能也逐渐恢复了。 杨艳玲说,未来我们要解决更多线粒体病人的病因诊断问题,对症治疗。病因诊断另一个重要的目的是产前诊断。这些病人的家庭一般都有诉求,下一个孩子怎么办,如果没有明确的病因诊断,没有正确的基因突变结果的分析,下一胎的产前诊断是没法做的。所以我们在线粒体疾病的产前诊断上做了很多的工作,很多在国际上发表的文章都很受欢迎,有不少是国内首例特别有创新价值。

自己看有多少你能用的上的 生命科学和生物技术的发展正在展现出未可限量的前景,将对科技发展、社会进步和经济增长产生极其重要而深远的影响,并将在农业、医药与健康、能源、环境保护等领域有广泛的应用,同时也为我国提供了一次实现科技创新和社会生产力跨越发展的重大战略机遇。我们应采取更加积极有效的措施,大力支持生命科学和生物技术及其产业快速、健康地发展。【摘 要 题】生物科学 当今世界,科学技术发展突飞猛进,新兴学科、交叉学科不断涌现,科技进步对经济社会的影响作用日益广泛和深刻。伴随着信息科技革命方兴未艾的浪潮,生命科学和生物技术的发展也正在展现出未可限量的前景。越来越多的人们已经预见到,一个生命科学的新纪元即将来临,并将对科技发展、社会进步和经济增长产生极其重要而深远的影响。 党的十六大指出,对于我国来说,二十一世纪头二十年是一个必须紧紧抓住并可以大有作为的重要战略机遇期,我们要集中力量,建设惠及十几亿人口的更高水平的小康社会。应当说,生命科学和生物技术及其产业的发展为我国提供了一次实现科技创新和社会生产力跨越发展的重大战略机遇。 一、当代生命科学与生物技术发展的现状和前景 无论是科技界还是产业界,都基本认同这样一个重要判断:在新的世纪里,生命科学的新发现,生物技术的新突破,生物技术产业的新发展将极大地改变人类及其社会发展的进程。日益成熟的转基因技术、克隆技术以及正在加速发展的基因组学技术和蛋白质组技术、生物信息技术、生物芯片技术、干细胞组织工程等关键技术,正在推动生物技术产业成为新世纪最重要的产业之一,深刻地改变人类的医疗卫生、农业、人口和食品状况。尽管世界各国对高科技领域范围的界定不完全相同,但几乎无一例外地将生命科学和生物技术放在重要位置。特别是近二十年来,生命科学与生物技术获得了飞速发展,为世界各国医疗业、制药业、农业、环保业等行业开辟了广阔发展前景。 作为“对全社会最为重要并可能改变未来工业和经济格局的技术”,生命科学与生物技术日益受到世界各国的普遍关注和重视。进入新千年后,生物技术产业显示出强劲发展势头,成为当今高技术产业发展最快的领域之一。2001年美国生物科技投资占到风险投资总额的11%,2002年美国在生物技术领域投入研究开发资金已高达157亿美元。日本政府2002年已明确提出生物技术立国战略,强调把“科研重点转向生命科学和生物技术”,并计划五年内将政府在生命科学和生物技术的研究预算增加一倍,达到8800亿日元,力争使日本生物技术达到世界领先水平。欧盟已成立生物技术委员会,继在第四个研究开发框架计划对生物技术研究大量投资后,又在第五个研究开发框架计划中专门制定了“生命科学计划”,进一步加强在这一领域的努力。在软件领域成就斐然的印度,早在1995就提出“人类基因组——印度起点”研究计划,明确提出通过发展生物产业实现经济结构的多元化。这些都表明,世界上许多国家已把发展生命科学、生物技术及其产业作为赢得未来竞争的战略选择。 目前,生命科学的研究热点仍然集中在基因组学、蛋白质学等领域。继2000年人类基因组计划完成之后,水稻、疟原虫、蚊子和老鼠的全部DNA序列测定也在2002年完成,这些研究成果都直接与粮食生产和人类健康有关。老鼠和河豚鱼基因序列的测定,将可能为人类提供关于脊椎动物进化的重要线索。特别是科学家们已经把目光投入到功能基因组学(Functional Genomics)和蛋白质组学(Proteomics)这两个极富挑战性的领域,这将带来更多与人类自身发展密切关联的重大研究成果。 生物技术方面的进展则更为迅速,基因工程、细胞工程、酶与发酵工程、组织工程、蛋白质工程、抗体工程、干细胞研究、克隆技术、转基因技术、纳米生物技术、高通量筛选技术等等,将大大加快基因工程药物和疫苗的研制,以及推进对重大疾病新疗法的研究进程。总体来看,生物技术目前仍主要应用于医药和农业,但在食品、环保、化工、能源等行业也有广阔的应用前景。据统计,全球生物药品市场规模1997年为150亿美元,2000年为300亿美元,预计2003年将达到600亿美元。在转基因技术方面,尽管人们对基因改造生物的讨论和疑虑仍然存在,但2002年全球转基因作物的种植面积仍然比上年增加了600万公顷,达5867万公顷。据有关资料分析,转基因食品市场的销售额2010年将达到250亿美元。随着人类基因组图谱的破译,将有力地促进生物药物的研究与开发。到2020年,利用生物技术研制的新药可能将达到3000种左右。这将对提高人类的医疗水平和健康水平产生极为重要的影响。 值得强调的是,当代科学技术发展正在呈现出前所未有的技术融合趋势。特别是生物技术与其他高技术的融合,形成了生物芯片、生物信息、生物材料、生物能源、生物光电、生物传感器等高技术领域,产生了生物技术群。比如,生物芯片技术的开发和运用,将在生物学和医学基础研究、疾病诊断、新药开发、食品、农业、环保等广泛领域中开辟一条全新的道路,改变生命科学的研究方式,革新医学诊断和治疗。据Goldman Sachs最新技术报告显示,美国的IBM、Sun、康柏和摩托罗拉等公司都已与生物技术公司达成了广泛合作意向,内容涉及到DNA敏感基因芯片、通过计算机模拟药效等各种技术领域。据有关专家估计,到2010年全球仅生物芯片的市场就将达到600亿美元。科技发展的这一突出现象以及由此带来的产业深层次变革,已经引起许多国家的高度关注。 当然,生命科学和生物技术的发展进程也并非一帆风顺。目前在转基因食品、克隆技术和基因诊断及治疗等方面,存在涉及生物安全、生态环境和对人类传统伦理、道理方面的争论,并已引起了世界各国的普遍重视。然而,各国在加强生物安全性研究和加快生物安全立法的同时,并没有停顿或放慢生物技术的研发和应用步伐,而且在国家层面上,从争夺未来科技及产业制高点出发,都进一步加大研发投入,加强了生命科学研究和生物技术开发与应用的力度。历史经验告诉我们,新的生产力发展在社会思想和体制方面总是呼唤变革,寻求支持。通过加强科学研究,积极制定相应的法律法规和政策,可以实现生物技术及其产业的快速、健康发展。 二、我国生命科学和生物技术发展的战略机遇 在近代历史上,中国曾经几次与世界科技革命的发展机遇失之交臂,留下诸多遗憾和教训。今天,生命科学和生物技术作为新兴的尖端科技领域,无论对发达国家还是对发展中国家来说都是一次全新的选择,这对我国来说更是十分难得的战略机遇。可以认为,生命科学和生物技术将成为我国最有希望后来居上并实现跨越发展的高科技创新及产业领域。实现上述的目标,我们已具备独特的优势和条件。首先,我国是一个生物资源大国,拥有全球10%的生物遗传资源。据不完全统计,我国拥有动植物、微生物约26万种,其中植物3万种、动物20万种、微生物3万种。我国还是一个有着13亿人口的多民族国家,有着其他国家少有的丰富的人类遗传资源。目前我国保存的农作物种质资料种类达30余万份,位居世界第一。所有这些资源都为我国发展生命科学与生物技术提供了丰富材料。相对于世界上许多国家来说,这种优势是不可替代的,也是具有独占性的。 其次,广阔的市场需求也为我国发展生物技术及其产业提供了强大动力。在农业领域,我国作为世界上少有的农业大国和农产品需求大国,必须努力实现农业高产、优质、高效、生态、安全,必须科学、合理地利用农业资源、保护生态环境、提高农产品的科技含量和国际竞争力,如杂交优势利用、转基因技术、植物组织培养、生物肥料、生物农药等技术,都将在我国未来农业发展中发挥重要和显著的作用。在医药与健康领域,如何利用生物技术进一步提高我国13亿人口的医疗与健康,始终都将是一个重大而紧迫的科技命题。目前,对恶性肿瘤、心脑血管疾病等威胁我国人民健康的主要疾病还缺乏有效的治疗手段,因此发展基因治疗、组织工程、干细胞治疗、生物芯片等新兴诊断和治疗技术已显得日益重要和紧迫。在能源领域,利用生物技术开发可再生清洁能源,包括利用微生物发酵生产沼气技术、利用玉米等生产燃料酒精技术、利用废弃油转酯化生产生物柴油技术、生物制氢技术等,将为解决我国的后续能源,展现出极其广阔的发展前景。在环保领域,生物技术将成为环境污染治理和修复最具潜力的手段。目前,利用微生物对城市垃圾和污水、海洋石油污染等有害物质进行降解日趋广泛,生物脱硫、生物漂白、农药残留的生物降解以及土壤重金属污染的生物富集和清除等技术也将为环境保护带来重大效益。此外,生物技术在轻工、化工业领域也都具有广泛和重要的应用价值。因此,无论是用生物技术改造传统产业还是生物技术产业本身的发展都极具潜力和前景。 第三,中国蕴含丰富的传统文化理念将对我国生命科学和生物技术的发展产业重要的影响。中国传统的哲学思想和科学方法具有得天独厚的优势。从先秦诸子的天人同流、齐一之辨,到汉代董仲舒的“天人之际、合而为一”之说,再到宋明理学家的“万物一体”之论,强调整体、和谐、统一的辩证思维方式始终贯穿于中国古代思想史的全过程。早在新中国成立之初,毛泽东同志就曾说过:“在自然科学方面,我们也要做独创的努力,并且要用近代外国的科学知识和方法整理中国的科学遗产,直到形成中国自己的学派。”在生命科学和生物技术发展上,中国只有发挥自身的优势,形成自身的特色,才能在国际舞台上占领一席之地。 第四,经过多年来的不断努力,我国在生命科学和生物技术领域形成一支水平较高的研发队伍和相当的工作基础,创新和开发能力不断增强,具备了加快发展的基础和条件。早在20世纪60年代,我国科学家在世界上首次人工合成牛胰岛素;70年代,我国首创三系法杂交水稻技术,对解决中国粮食需求做出了重大贡献;80年代,我国又在人工合成酵母丙氨酸tRNA及其酶学、生物膜和蛋白质立体结构研究的部分领域取得了一批高水平成果,为生命科学的发展做出了历史性贡献。近年来,我国科学家又取得了一批令世人瞩目的研究成果。在生物技术基础研究方面,中国作为唯一的发展中国家参与了国际人类基因组计划,高效、准确地完成了1%的测序工作。中国科学家还独立完成了杂交水稻父本9311(籼稻)的基因组序列草图;在国际上首次定位和克隆了神经性高频耳聋基因、乳光牙本质Ⅱ型、汗孔角化症等遗传病的致病基因。在医药生物技术领域,一批基因工程药物和疫苗已经从实验室研究走向产业化,基因工程制药产业已初具规模,人工血液代用品即将进入临床研究,体细胞克隆和遗传病的基因诊断技术达到国际先进水平,B型血友病等6个基因治疗方案已进入临床疗效研究,肿瘤免疫治疗等技术也取得了重大进展。在农业生物技术领域,我国首创的杂交水稻技术已经推广到20多个国家,累计增产粮食3500多亿公斤;超级杂交稻研究又取得新的突破,每公顷产量突破吨,率先实现了国际上提出的超级稻指标;转基因抗虫棉花种植面积已近70万公顷,占棉花种植面积的40%,五年来累计为农民增收50多亿元;植物组织培养和快繁脱毒技术、动物胚胎技术、生物肥料、生物农药等正在农业生产中发挥越来越重要的作用。总之,我国目前已经在国际生命科学和生物技术部分领域中占据了一定的有利位置,具备了冲击国际前沿,争夺“制高点”的基础和实力。 三、我国生命科学和生物技术发展的对策思考 虽然我国在发展生物技术及其产业方面取得了可喜的成就,但与发达国家相比,我们在整体创新能力、科技投入、人才队伍、科技成果转化等方面都还有较大差距。如何有效地应对这一严峻挑战,将直接关系到我国生命科学和生物技术的发展,关系到我国能否在未来的全球竞争中赢得主动。 为此,我们应采取更加积极有效的措施,大力支持生命科学和生物技术研究,促进生物产业快速、健康地发展。首先,我们必须树立把握重大发展机遇的战略意识。在当今瞬息万变的国际环境下,抓住机遇对于一个国家加快发展至关重要。积极推进生命科学和生物技术及其产业的发展,决不只是一般意义上的市场份额问题,而是关系到我国国计民生和国家根本利益,关系到我国能否拥有未来国际竞争的主动权。其次,我们必须树立勇于争先的创新意识。在生命科学和生物技术的前沿领域,如果一味地步人后尘,就只能永远受制于人。充分发挥自身的特点和优势,充分利用已经形成的基础和能力,寻求新的突破和跨越,这是我们发展生命科学和生物技术的追求所在。第三,我们必须形成协调一致、贯彻始终的战略部署和政策扶持体系。生命科学和生物技术及其产业的发展是一个长期的过程,也是涉及到许多部门和地方的宏大事业。国家中长期科技发展规划应当把这一领域作为重点,进一步加强宏观调控,促进全社会相关创新资源的合理配置和高效利用,形成持续稳定的良好政策环境。 今后一个时期,促进我国生命科学、生物技术及其产业的快速健康发展,必须遵循三点基本方针:一是大力加强研究开发;二是积极推进产业化;三是高度重视并切实保障生物安全。今后5~10年,通过不懈努力,我们将实现如下目标:建立具有国际先进水平的生物技术创新体系;造就一支高水平、结构合理的科学技术队伍;培育和扶持一批新兴产业,使生物技术产品的年销售额达到3000亿元以上;使我国生物技术总体研究和开发水平达到或接近国际先进水平,在若干重要领域达到国际领先水平。我国生命科学和生物技术发展的重点主要包括以下几个方面: (1)切实加强基础研究,提高原始性创新能力。优先支持基因组学、蛋白质组学等学科及其相关的新理论、新方法的研究,重点支持生长发育的基因调控,外源基因高效表达调控、定点整合技术,生物多样性,人类重大疾病和重要动植物病(虫)害防治分子机理等方面的研究。 (2)大力发展关键技术和平台技术,积极改造传统产业,促进新兴产业的发展。优先支持优质、高产、抗逆动植物分子育种及关键技术,生物技术药物等重要生物制剂研制,干细胞及组织(器官)工程、生物芯片和生物信息、动植物生物反应器、高通量药物筛选、生物治疗和基因治疗等平台技术及关键技术,农业、环保等微生物制剂、生化工程及大规模发酵产物分离纯化等生产工艺及平台技术等方面的研究。 (3)积极推进科技成果的应用和转化。开发重大生物技术产品,培育一批企业或企业集团,提高国际竞争能力。我们必须立足于国家战略需求和市场需求,优先支持符合国家重大战略需求并具有我国优势和特色的技术成果转化,支持具有国际竞争力、经济效益显著的重大产品及设备、装置的开发。 (4)加强生物资源的保护和开发利用。从维护国家利益的高度出发,采取有效措施,加大我国生物资源的保护力度,建立和健全国家生物资源保护的法律、法规体系以及合理开发利用的研究、服务体系。 具体行动措施包括:一是实施专利战略,在产业发展和国际竞争中掌握主动权。通过国家重点科技计划的实施,努力产生更多的创新性研究成果:强化知识产权意识,获得一批具有重要应用前景的专利;遵循国际惯例和中国加入WTO后应承担的义务,尊重和保护国外的专利和知识产权,同时利用我国自身优势,通过平等互利的国际合作取得一批专利。二是实施人才战略,培养和造就一支高水平的生物技术研究开发和产业化队伍。制定激励措施,加速国内人才队伍培养;进一步加大对海外优秀留学人员的吸引力度;扩大国际合作,引进海外智力资源。通过以上方式,凝聚一批生物技术的拔尖人才。运用国际通行的管理办法和机制,构建具有国际一流水平的科学研究机构,吸引海外留学人员回国和以多种方式为国服务。三是实施标准战略,建立具有中国特色并符合国际惯例的生物技术产业标准体系。针对生物技术产业发展的需求,以新兴产业和产品为重点,研究制定相应的产品标准与生产工艺规范。同时运用GLP、GCP和GMP等国际标准,对现有生物技术研究开发和产业化体系进行更新改造,提高中国生物技术产业的国际竞争力。四是实施竞争力战略,培育在未来生物技术前沿领域能够有所作为的龙头企业。发展生物产业,开拓新的产品和市场,形成新的经济增长点,是国家发展生物技术的重要目的。通过机制创新,培育一批具有现代企业机制的,既有较强的市场开发能力和盈利能力,又有较强技术和产品创新能力的龙头企业。五是实施国际化战略,开拓中国生物技术的国际合作渠道和国际发展空间。本着“平等互利,成果共享,保护知识产权,遵从国际惯例”的原则,进一步拓宽生物技术领域的国际合作范围,引进和借鉴国际先进的理论、技术和管理经验。同时面向国际市场开发新产品,努力培育具有国际竞争能力的新兴生物技术产业。 在推动生命科学和生物技术及其产业发展中,我们将把保障生物安全作为重要前提,切实引导和促进生命科学研究、生物技术及其产业的快速健康发展,为全面建设小康社会、加速推进我国实现现代化的进程

基因芯片——“生物信息精灵”——浅谈数学、计算机在现代生命科学研究中的作用二十世纪是物理科学的世纪,而二十一世纪则是生命科学的世纪。生命科学,尤其是生物技术的迅猛发展,不仅与人类健康,农业发展以及生存环境密切相关,而且还将对其它学科的发展起到促进作用,所谓"今天的科学,明天的技术,后天的生产"。而生命科学的基础性研究是现代生物技术的源泉、科学和技术创新的关键。现代生物技术,是一门领导尖端科技的学科,正因如此,我很想知道它与数学——我得专业课,计算机等理论或技术是怎样有机的联系在一起的。基于此,我利用课余时间查阅了许多网站、书籍,并有了小小的收获。现就“基因芯片”技术,浅谈如下。一、基因芯片简介基因芯片,也叫DNA芯片,是在90年代中期发展出来的高科技产物。基因芯片大小如指甲盖一般,其基质一般是经过处理后的玻璃片。每个芯片的基面上都可划分出数万至数百万个小区。在指定的小区内,可固定大量具有特定功能、长约20个碱基序列的核酸分子(也叫分子探针)。由于被固定的分子探针在基质上形成不同的探针阵列,利用分子杂交及平行处理原理,基因芯片可对遗传物质进行分子检测,因此可用于进行基因研究、法医鉴定、疾病检测和药物筛选等。基因芯片技术具有无可比拟的高效、快速和多参量特点,是在传统的生物技术如检测、杂交、分型和DNA测序技术等方面的一次重大创新和飞跃。二、基因芯片技术生物芯片技术是于90年代初期随着人类基因组计划的顺利进行而诞生,它是通过像集成电路制作过程中半导体光刻加工那样的微缩技术,将现在生命科学研究中许多不连续的、离散的分析过程,如样品制备、化学反应和定性、定量检测等手段集成于指甲盖大小的硅芯片或玻璃芯片上,使这些分析过程连续化和微型化。也就是说将现在需要几间实验室、检验室完成的技术,制作成具有不同用途的便携式生化分析仪,使生物学分析过程全自动化,分析速度成千上万倍地提高,所需样品及化学试剂成千上万倍地减少。可以预见,在不远的将来,用它制作的微缩分析仪将广泛地应用于分子生物学、医学基础研究、临床诊断治疗、新药开发、司法鉴定、食品卫生监督、生物武器战争等领域。生物芯片技术是目前应用前景最好的DNA分析技术之一,分析对象可以是核酸、蛋白质、细胞、组织等。目前全世界用生物芯片进行疾病诊断还处于研究阶段,国外已将其用于观察癌基因及肌萎缩等一些遗传病基因的表达和突变情况。生物芯片技术还可以用于治疗,例如已开发出在4平方毫米的芯片上布满400根有药物的针,定时定量为病人进行药物注射。另外,科学家还在考虑制作定时释放胰岛素治疗糖尿病的生物芯片微泵及可以置入心脏的芯片起搏器等。生物芯片技术与组合化学相结合将开辟另一个极有价值的应用方向,即为新药研制提供超高通量筛选平台技术,这必将使新药研究开发和传统中药的成分评估获得重大突破。三、基因芯片的应用技术举例1、基因破译目前,由多国科学家参与的“人类基因组计划”,正力图在21世纪初绘制出完整的人类染色体排列图。众所周知,染色体是DNA的载体,基因是DNA上有遗传效应的片段,构成DNA的基本单位是四种碱基。由于每个人拥有30亿对碱基,破译所有DNA的碱基排列顺序无疑是一项巨型工程。与传统基因序列测定技术相比,基因芯片破译人类基因组和检测基因突变的速度要快数千倍。基因芯片的检测速度之所以这么快,主要是因为基因芯片上有成千上万个微凝胶,可进行并行检测;同时,由于微凝胶是三维立体的,它相当于提供了一个三维检测平台,能固定住蛋白质和DNA并进行分析。美国正在对基因芯片进行研究,已开发出能快速解读基因密码的“基因芯片”,使解读人类基因的速度比目前高1000倍。图1所示为一种内嵌基因芯片的基因检测装置。2、基因诊断通过使用基因芯片分析人类基因组,可找出致病的遗传基因。癌症、糖尿病等,都是遗传基因缺陷引起的疾病。医学和生物学研究人员将能在数秒钟内鉴定出最终会导致癌症等的突变基因。借助一小滴测试液,医生们能预测药物对病人的功效,可诊断出药物在治疗过程中的不良反应,还能当场鉴别出病人受到了何种细菌、病毒或其他微生物的感染。利用基因芯片分析遗传基因,将使10年后对糖尿病的确诊率达到50%以上。未来人们在体检时,由搭载基因芯片的诊断机器人对受检者取血,转瞬间体检结果便可以显示在计算机屏幕上。利用基因诊断,医疗将从千篇一律的“大众医疗”的时代,进步到依据个人遗传基因而异的“定制医疗”的时代。3、基因环保基因芯片在环保方面也大有可为。基因芯片可高效地探测到由微生物或有机物引起的污染,还能帮助研究人员找到并合成具有解毒和消化污染物功能的天然酶基因。这种对环境友好的基因一旦被发现,研究人员将把它们转入普通的细菌中,然后用这种转基因细菌清理被污染的河流或土壤。4、基因计算DNA分子类似“计算机磁盘”,拥有信息的保存、复制、改写等功能。将螺旋状的DNA的分子拉直,其长度将超过人的身高,但若把它折叠起来,又可以缩小为直径只有几微米的小球。因此,DNA分子被视为超高密度、大容量的分子存储器。基因芯片经过改进,利用不同生物状态表达不同的数字后还可用于制造生物计算机。基于基因芯片和基因算法,未来的生物信息学领域,将有望出现能与当今的计算机业硬件巨头――英特尔公司、软件巨头――微软公司相匹敌的生物信息企业。四、基因芯片的实际应用基因芯片在生命科学、医药研究、环境保护和农业等领域有极其重要的应用价值。在基因芯片的驱动下,人类正进入一个崭新的生物信息时代。1、在美国科学家第一次将一个他们称之为生物芯片的计算机芯片植入人体的细胞上,从而使人体细胞与计算机连接。这是美国科学家波利斯·鲁宾斯基(Boris Lubinsky)和他的同事黄永(译音)在3月份的美国《生物医学微设备》杂志中著文披露的。2、人体细胞外面包有一个细胞膜,该细胞膜具有使特定物质单向通过的功能。多年来,科学家们一直寻求找到用电冲击的方法,使所希望的物质进入细胞膜,但直 到目前为止,所用的方法有时成功,有时失败。而使用鲁宾斯基和黄永研究出来的 新方法,细胞膜由计算机得到一个信号,让某些物质进入到细胞中。随具体场合的 不同,这些物质可以是例如用来改变基因的遗传物质,也可以是药物或蛋白质。这样,就可以更好地使这些物质发生效力。鲁宾斯基等科学家打算研制出能对例如神经细胞和肌肉等人体组织发出指令的生物芯片,这样至少会使人所服用的药物发挥更大的效力。俄亥俄州立大学生物医学工程中心主任莫里罗·弗拉里称鲁宾斯基的这项发明是处在发展阶段早期的具有潜在作用的实验室工具。美国科学家们称,他们已经找到了一种能使人体细胞和电路进行交配的生物工程芯片,它能在医学和基因工程学方面发挥关键的作用。这种比头发还小还细的微型装置使健康人体细胞和电子芯片结合,通过电脑对芯片进行控制,科学家认为他们能够控制细胞的活动。电脑向细胞芯片发送电脉冲,激发细胞膜孔张开,并激活细胞。科学家希望能够大批量地生产这种细胞芯片,并能够把它们植入人体,取代或修正病变组织。领导这项研究的加州大学机械工程学教授鲍里斯·鲁宾斯基说:“细胞芯片还使科学家在复杂的基因治疗过程中更准确地进行控制,因为他们能够更准确地开启细胞孔。”鲁宾斯基还说:“我们在生物学领域里引入了工程学的精髓,我们完全可以在不影响周围其它细胞的情况下输入DNA、提取蛋白质以及注射药物。”该细胞芯片的出现与长期存在的一种理论有关,即一定量的电压能够穿透细胞膜。多年来,科学家一直在进行用电力轰击细胞试验的遗传研究,希望藉此引入新的疗法和基因物质。研究人员希望能最终制造出与激活不同的身体组织(从肌肉到骨骼到大脑)所需的准确的电压量相调合的细胞芯片。那样的话,将会有数以千计的细胞芯片用来治疗各种类型的疾病。3、用独创技术自行研制的中国第一片应用型基因芯片于近日在第一军医大学正式诞生。据第一军医大学有关负责人透露,该军医大研制成功的基因芯片,是中国首次应用一种创新的基因片扩增技术,率先攻克了内地同行在基因芯片研究中首先面临的快速经济地搜集数以万数基因探针难题,并巧妙运用新技术手段明显地降低成本。目前,该芯片已完成实验室工作,即将进入临床验证阶段,如果顺利,用於临床诊断的基因芯片可望不久投入批量生产。但到目前为止,全世界还没有实际用於临床应用诊断的基因芯片生产。在实验室里,将这几片比大拇指盖稍大的基因芯片,放在检测器上,与之相连的电脑屏幕上立刻出现了纵横交错的红红绿绿荧光点,出现的每个荧光点就是一个基因片断的点阵。只要取病人一滴血放在芯片检测卡上,经过分子杂交后,连上电脑就可以立刻显示出基因变化情况,并通过电脑把基因语言翻译成医生能读得懂的信息,从而对疾病做出准确的诊断。这种芯片的成功诞生,标志着疾病的诊断由细胞和组织水平推进到基因水平。它们的开发应用将在环境污染控制、动植物检疫、器官移植、产前诊断、药物筛选、药物开发等方面展示出广阔的前景。五、生命科学渐成IT公司关注焦点人类基因组工作草图绘毕的消息像打开了阿里巴巴宝藏的大门,以基因技术为核心的生命科学市场正吸引着越来越多的淘金者。近来,为这些淘金者生产“铁锨”的资讯科技(IT)公司的积极行动颇为引人注目。1、揭开基因之迷须破译大量数据人类基因组草图仅仅是读出了“生命之书”,而要真正读懂它,揭示所有基因编码所代表的信息,还必须破译浩如烟海的数据。在著名的英国桑格中心里,有关人类基因组的数据已经达到22万亿字节,是世界上首屈一指的美国国会图书馆藏书内容的两倍多。据这家中心估计,在未来两至三年内,与人类基因组有关的数据量还将上升到50万亿至100万亿字节。2、生命科学公司10%投资用于开发资讯科技为了解决处理数据所需的庞大计算能力的问题,世界上最大的12家生命科学公司目前把近10%的科研预算用于资讯科技投资,而且这个比例可能还将增长。据美国国际商业机器公司(IBM)估计,与生命科学有关的资讯科技市场将在今年达到35亿美元,到2003年达到90亿美元。3、市场潜力巨大一些著名的IT企业,已将眼光瞄准了这一潜力巨大的市场。例如,IBM已经决定投资1亿美元,用五年时间研制一种名为“蓝基因”的超级电脑。“蓝基因”的运算能力将是美国现有40台最快的超级电脑运算能力总和的40倍,它主要用于模拟人类蛋白折叠成特殊形状的过程。世界最大的个人电脑制造商美国康柏公司,也垂涎这块“肥肉”。4、康柏趁早下手培养未来客户基础已经成为生命科学领域电脑服务器主要供应商的康柏公司最近宣布,它将继续投资1亿美元,支持新兴生物技术公司,以培养未来的客户基础。其实,IT公司还远不止盯着这些近期利益。以基因研究为基础的生物经济可能在新世纪里成为新经济的重要组成部分,对此人们已经达成共识。5、行业标准制定者能享有巨大经济利益根据以往的经验,率先进入市场的公司大多能够成为行业标准的制定者,这些行业标准往往意味着巨大的经济利益。今年8月,德国狮生命科学公司的股票上市。由于投资者看中这家公司的基因次序检索系统(SRS)可能成为行业新标准,其股票价格在短短时间里迅速上涨了50%。6、政府支持基因研究IT公司进军生命科学领域,与各国政府对基因研究的支持密不可分。为了在基因组研究的下一个阶段——分析蛋白质结构的国际竞争中领先,不少国家积极采取措施,促进信息业与生物产业的结合。例如,日本不久前就组织了“官产学”大联合的“生物产业信息化研究共同体”,参加这个共同体除了制药、食品、生物、化学等与基因科学相关的企业外,还有不少电脑公司。小结:科学界公认,生物芯片技术将给下个世纪生命科学和医学研究带来一场革命。目前我国科学家正在加速研制这种可能快捷便利提取DNA,查找遗传基因特性的新技术。相信,这一现代生物与高科技联姻的成果将为二十一世纪的发展作出巨大的贡献!

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