做标记的地方应该就不算了吧。
我觉得毕业论文的附录一般不会去参与查重的即使有点重的话也不会太扣分太多。
参考文献应该不算，因为提供的参考文献主要用于确定正文中重复的地方是否属于引用。
一般的话，毕业论文查重只查论文的正文部分。附录的话一般来说是不参与查重的，只是查论文的正文。 这个不用过于担心，你努力把正文部分写好就行了。一般来说，通过论文的答辩和查重都是没有什么问题的，只要你认真修改，都是可以达到学校规定的要求的，加油！
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蘅芷菁苓
