药学院建院以来,本着“构建完整的药学研究体系,在新兴领域异军突起”的发展方针,经多年发展和优化整合,在学科建设上取得了显著成绩。目前,药学院拥有药学一级学科博士点、博士后流动站;药学、中药学一级学科硕士点;药学、制药工程专业硕士学位点,药学、临床药学本科学位点;其中,药学一级学科包含药剂学、药理学、药物化学、药物分析学、微生物与生化药学、生药学、临床药学、药事管理等8个二级学科。2016年,在教育部第四轮学科评估中,药学学科进入A类学科,2017年被列为国家“双一流”建设学科;2017 US NEWS排名中,上海交大药理学与毒理学名列第28名,目前ESI药理学与毒理学排名稳居全球前千分之一,成为我国少数几个药理与毒理学科进入国际ESI排行榜前千分之一的学校。
药学院拥有“细胞工程及抗体药物”教育部工程研究中心、国家中医药管理局三级实验室、国家“重大新药创制”技术平台、“临床评价研究技术平台-临床药物动力学和药物代谢组”建设点、上海市高校生物技术和抗体药物重点实验室、上海市手性药物分子工程重点实验室、上海市大分子生物药物公共技术服务平台等重要平台,承担了国家重大科学研究计划、“973计划”、国家“重大新药创制”重大专项、“863计划”等众多国家及省部级重大重点项目、国内外横向合作项目。近六年来,授权发明专利百余项,发表SCI论文500 余篇,其中在Science,Nature Review Drug Discovery,Journal of Proteome Research,Cancer Research 等国际顶级期刊发表了数十篇有较大影响的学术论文。