在不影响的情况下，可以适当删除少量的参考文献（例如有的杂志要求同一观点参考文献尽量不超过2个，还有尽量引用最新或者最权威期刊的参考文献）；另外，实验方法部分可以适当引用，以压缩内容；还可以通过精简语句达到压缩的目的。。。希望能有所帮助
最好不删，编辑每天要改的稿件很多，不一定记得曾在那些地方提过修改意见，所以保留批注可以给编辑自己提个醒。当然，删了也没太大关系，因为编辑那里还有原文件，收到你修改稿后，他比较下文档就可以你知道哪里修改了。
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