查重参考文献算的。一般老师是允许查重率为30%的，这个重合率就是给参考文献的。查重全称论文查重，论文原创性检测方法，指将写好的论文通过论文检测系统资源库的比对，得出与各大论文库的相似比。
以知网为例，知网查重是不包括参考文献的，参考文献并不在知网查重范围内。可是知网查重并不能识别全部的参考文献，只有符合格式的参考文献才会被知网识别出来，这也就意味和只有参考文献的格式规范且正确的时候，知网才会将该部分参考文献排除出查重范畴，所以只要格式正确规范，那么本科毕业论文查重就不会包括参考文献。
论文查重是会所有会籍网上现有的文献，然后进行查程序对比。超过一定比例的话，你论文可能需要重写。
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