《基础医学与临床》现为中国科技核心期刊和中国医药卫生核心期刊,并一直稳居精品期刊和核心期刊要目总览行列,收录于国内众多重要检索系统及其数据库。2004年入选《中国科技期刊科技精品数据库》。2006年-2008年入选中国科协精品科技期刊工程资助项目(C类),获得国家级科技期刊奖励基金。中国科技论文与引文数据库(中国科学技术信息研究所)中国科学引文数据库(中国科学院文献情报中心)中文核心期刊要目总览(北京大学图书馆)中国生物医学文献光盘数据库(中国医学科学院医学信息研究所)中国生物医学期刊文献数据库(解放军医学图书馆)中国生物学文献数据库(中国科学院上海生命科学信息中心)中文科技期刊数据库(科学技术部西南信息中心)《中国学术期刊(光盘版)》(清华大学)2004年《中国知识资源总库》通过对近8000种期刊10年的引文分析与综合评价,本刊作为遴选出的500种优秀科技期刊之一,入选《中国科技期刊科技精品数据库》。