建议使用word版提交查重，基本不会有什么问题，但pdf提交查重可能会出现乱码情况，这样可能会影响最终重复率的。
查重pdf总字数比word版的多。尾注和脚注一般在Word里知网系统是检测不到的，而在PDF里，知网系统会把它当成正文检测。PDF格式保密性强，如果在查重解析过程中，PDF文档里的内容识别不正确的话，会出现乱码，造成结果为0。PDF查重相对word来说是偏高的，具体数据会根据论文内容而变化。pdf格式的论文需要转化为文本，包括目录，所以目录是要进行检测对比的。另外，尾注和脚注一般在Word里查重系统是检测不到，而在PDF里，查重系统当成正文检测，因此PDF检测偏高。
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