论文在查重时，参考文献是不会算在里面的，但是前提是参考文献的格式得正确；引言是肯定要算在里面的。
一般参考文献查重的时候是要删除的，引用部分如果格式正确也是可以识别出来。你最后所有的部分，都不要超过学校的要求
以知网为例，知网查重是不包括参考文献的，参考文献并不在知网查重范围内。可是知网查重并不能识别全部的参考文献，只有符合格式的参考文献才会被知网识别出来，这也就意味和只有参考文献的格式规范且正确的时候，知网才会将该部分参考文献排除出查重范畴，所以只要格式正确规范，那么本科毕业论文查重就不会包括参考文献。
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