正规毕业论文查重是不包括参考文献的，参考文献并不在毕业论文查重范畴内。可是毕业论文查重并不能够识别全部的参考文献，只有符合格式的参考文献才会被毕业论文查重识别出来，这也就意味着只有参考文献的格式规范且正确的时候，毕业论文查重才会将该部分参考文献排除出查。
引用格式正确，引用的内容不算在查重范围吧
以知网为例，知网查重是不包括参考文献的，参考文献并不在知网查重范围内。可是知网查重并不能识别全部的参考文献，只有符合格式的参考文献才会被知网识别出来，这也就意味和只有参考文献的格式规范且正确的时候，知网才会将该部分参考文献排除出查重范畴，所以只要格式正确规范，那么本科毕业论文查重就不会包括参考文献。
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