中科院期刊分区依据也是基于一个期刊的影响因子，具体方法：根据13个大类学科，分别将各大类的SCI期刊由3年平均影响因子划分为1区(最高区)、2区、3区和4区四个等级。中科院分区的1区到4区的期刊数量不等，呈金字塔状分布。前5%为该类1区、6%～20% 为2区、21%～50%为3区，其余为4区。 除大类分区以外，中科院也参照汤森路透JCR 分区一样，把期刊分为176个具体学科，就是指的小类学科。 参照大类同样的算法对小类学科区分 3 4区 于是这就出现了前面讲的问题，一本期刊按中科院分区标准，在大类分区和小类分区不一致的情况。
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