传统疫苗是将病原体(细菌或病毒等）进行弱化、钝化或灭活而制成的，其使用效果不理想并且不安全，而且有不少病原体不能用这些方法制造疫苗。20世纪70年代以来，由于基因工程的成功应用，人们开辟了以基因工程技术生产疫苗的新途径，被称为第二代疫苗。进入20世纪80年代以后，第二代疫苗的研究与开发越来越受到重视。这些疫苗是应用基因工程技术生产的，大体的步骤是将抗原体基因与一定的载体DNA分子重组，然后转入宿主细胞(如大肠杆菌），通过发酵生产疫苗。这种新疫苗产量大，成本低，现在，研制、开发和正在试验的基因工程疫苗不断取得进展。美联社1981年9月2日报道，伦敦帝国癌症研究基金会的科学家利用基因工程技术制造了新的流感疫苗，其方法是，把流感病毒(抗原）基因插入细菌的遗传物质，并使细菌不断复制这种抗原物质，用来作为疫苗。这是较早的成功例子。现在流感疫苗已进行临床试验。经过10多年的研究，纽约大学的研究人员1984年首先用基因工程技术制造抗疟疾疫苗，并取得进展。他们在疟原虫孢子周围的物质中辨认出了一种简单的蛋白，用基因工程技术分离了这种孢子周围的基因，并把这个基因转入大肠杆菌，它便大批生产孢子周围蛋白，用这种蛋白来生产抑制孢子发育的疫苗，预防疟疾。澳大利亚科学家于1986年也取得了进展。墨尔本沃尔特和伊莱扎·霍尔医学研究所的一个试验小组发现，在被疟原虫感染的细胞表面存在着一种抗原。这种抗原称为里萨(RA—SA），已在实验室分离和复制出来，并作为新疫苗的主要成分。这个试验小组发现，人体免疫系统只对准里萨分子的非常小的区域。因此，这种疫苗能对人体产生强大而集中的免疫反应，从而使人体免受疟原虫感染。1986年9月澳大利亚科学家用这种疫苗在猴子身上试验获得了良好的效果，它使猴子免受疟疾感染。目前这种疟疾疫苗正在世界卫生组织(WHO）发起建立的联合公司，用于对人体进行试验。20世纪90年代，基因工程疫苗的研究热点转向癌症疫苗和艾滋病疫苗，美、日、欧各国均投入人力物务在这些领域竞争，并已取得相当的进展。第二化疫苗方兴未艾，人们又开始研制第三代疫苗——多价疫苗，即将多种疫苗集中一体，达到一针可预防多种传染病的目的。美国纽约州卫生部两位科学家于1986年10月研制了一种多价疫苗，即把疱疹、肝炎和流感的病毒引入现有的天花疫苗，试图制造出防疱疹、肝炎和流感的疫苗。一位病毒专家说，这种疫苗制造费用低廉，同时，只要对人注射一次这种疫苗，就能提供对好几种疾病的免疫力，预计多价疫苗将成为免疫技术的发展方向。总之，尽管有些基因疫苗最终走向市场还需要进一步的研究和实验，但我们具有足够的理由相信：基因工程疫苗将成为疫苗大军中的一支主力军。
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