注释是对文中内容的解释说明，参考文献是列出你的文章内容的最初来源，比如你的文章引用了某本书的一段话，你就要在参考文献部分把这本书的信息列出来，如书名 作者等。我觉得你老师的意思可能是让你标出你引用的部分具体在哪一章哪一节哪一页。
参考文献是引用人家已发表的观点或者文章或者实验结果等，需要在引用的那段话后面加[1][2]这样的上标，然后文章末尾列“参考文献”时与文中的上标相对应。参考文献有以下五个方面的作用：
上面有 可参考
注释是对论文中不详细的地方进行的解释,为了不影响篇幅所以单独列出引用是指论文中引用别人的观点,尊重知识产权，也为了不负责任，所以标明。参考文献是指本文写作过程中所学习过的文献，一般标注在文章末尾。注释一般放在说明位置，以括号标明。引用在论文中间标序号，然后在当页的页脚标出，也是脚注，参考文献列在论文的最后。
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