第一编辑室负责编辑出版海洋学、生物学、地质学、工程、外语等基础学科的图书。第二编辑室负责编辑出版海洋科普类、科幻类图书，同时还负责编辑基础科学、实用技术类图书。第三编辑室负责编辑出版海洋科学领域内的工具书，包括英汉汉英双语词典、海洋专业辞典、百科全书、年鉴、手册、图集、规范、标准、地方志及与海洋有关学科的科技类辞书，同时还负责新技术类图书的编辑工作。第四编辑室负责编辑出版科技专著和科学普及类读物。《海洋学报》编辑室负责《海洋学报》中文版和《海洋学报》英文版的组稿和编辑工作。海洋开发编辑室负责《海洋世界》、《海洋开发与管理》两刊的编辑出版和发行工作。国际部负责海洋出版社对外合作出版、版权贸易及友好往来的工作。美术设计编辑室负责图书的封面设计、版面设计、艺术插图及技术插图的绘制，负责编辑海洋管理和科普类图书。出版处负责图书的印制、校对、书刊出版后的工价审核及纸张材料的管理。发行处负责书刊的发行工作。市场开发部负责开发本社书刊营销市场的工作。办公室负责全社的行政管理、文秘档案及后勤服务等工作。业务计划处是一个集业务管理、组织协调为一体的综合职能部门，主要职责是：负责编辑编报和实施海洋出版社业务方面的长远规划和年度计划，制定社内与业务工作有关的各项规章制度；负责管理协调各生产部门及生产流程中的经营事宜，包括选题报批合同审核、版权贸易、书稿流程、稿费复核、图书质量检查等日常业务工作。财务处负责全社的财务工作。党委办公室负责全社的党务、青年团、妇女等方面的工作。海洋出版社印刷厂负责海洋版图书的印制工作。除上述机构外，还设有纸张仓储公司、海洋综合服务部等部门。
冬眠的羽毛
