可以。开题报告审核通过，指导老师要求修改，是很正常的事，按老师要求改就好了。开题报告的作用，是让指导老师和答辩老师看到这个研究是有意义的，你可以进行下去。
首先，不得不说，你的想法乱的很。1、论文查重后论文可以改，不过改后的论文依然要通过查重（你直接上交你之前的查重报告也是可以的，不过学校会有5%的抽查率，如果后面抽查到你，而你的重复率过高，你可以面临很大的问题）2、定稿以及答辩的稿子，都需要你按照导师及学校的要求进行装订成册，提前交给导师或者答辩当天上交给班长，统一进行答辩流程；3、文章不通顺，建议还是好好的修改下，答辩虽然是流程，但是如果文章太差，导师也是不会让你通过的；
可以修改的，学校的知网查重后还需要专家审论文，专家会对你的论文提出修改意见，最后答辩的时候，答辩的评委老师也可能会让你进行修改。所以，只要保证查重时的论文和提交审核的论文一致就可以了，后面还是可以修改的。
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