学院充分利用热带、亚热带生物资源的优势,在水产养殖、农业、生物医药、生态环境等领域取得了多项重要理论与应用成果。近五年主持国家级各类科研项目721项,立项经费达2亿多元,其中“863”和“973”项目55项、国家自然科学基金项目110项(其中重点项目4项、国家杰出青年基金4项);获省部级以上奖励20余项,申请专利180项,授权专利58项。出版专著(包括教材)40多部,发表论文2000多篇,收录的SCI论文逐年上升,质量明显提高。2005年,学院发表SCI论文已达158篇,影响因子总数达76、平均42,位居全国高校同类院系前列。